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基因組純化之Promega篇 多樣化的選擇[選購寶典]
【字體: 大 中 小 】 時間:2011年05月26日 來源:生物通
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生物通小編這次就帶大家巡一巡眾多品牌的基因組DNA純化產品,并教大家如何挑選適合自己的純化產品。 第一站是Promega。關于基因組DNA的純化,Promega提供了豐富的產品。若是一一介紹,恐怕大家看了更暈。那么,生物通先給大家介紹兩款經典產品,然后再從不同樣品類型入手,并結合樣品起始量和通量,分別介紹最新產品。
第一站我們要介紹的是Promega公司。在生物技術這個年輕的領域中,Promega公司進駐中國已有26年的歷史,可不是一般的長。而且,相對于其他進口品牌,該公司產品價格親民。在物價飛漲的今天,這一點更是難能可貴。
回到正題,關于基因組DNA的純化,Promega提供了豐富的產品。若是一一介紹,恐怕大家看了更暈。那么,生物通先給大家介紹兩款經典產品,然后再從不同樣品類型入手,并結合樣品起始量和通量,分別介紹最新產品。
經典產品之一:Wizard® 基因組DNA純化試劑盒
此試劑盒是基于經典的沉淀法,可從全血、組織培養細胞、動物及植物組織、酵母、革蘭氏陽性及革蘭氏陰性細菌中提取基因組DNA,純化方法簡單、快速。
操作過程也是經典的4步。首先是裂解細胞和細胞核。對于全血的DNA提取,這一步則包括裂解紅細胞,接著裂解白細胞和細胞核。如果需要,在這一步可加入RNase消化。接著通過鹽沉淀步驟去除胞內蛋白。之后,通過異丙醇沉淀濃縮基因組DNA,并通過乙醇洗滌。純化得到的DNA可用于擴增反應、限制性酶切消化和膜雜交等多種應用。
這一試劑盒能夠勝任多種材料,對樣品的起始量要求也很廣。以全血為例,低至50 μl,高至10 ml都OK。因此,的確是實驗室的不錯選擇。價格方面,500次(每次300 μl全血)試劑盒的價格為2,742元,單次不到5.5元。
采用Wizard® 基因組DNA純化試劑盒從不同起始材料中純化DNA的產量如下:
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來源 |
起始樣品量 |
DNA產量 |
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全血 |
300 μl |
5-15 μg |
|
1 ml |
25-50 μg | |
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10 ml |
250-500 μg | |
|
96孔板,50 μl/孔 |
0.2-0.7 μg | |
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組織培養細胞 |
106-107細胞 |
5-30 μg |
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鼠肝 |
11 mg |
15-20 μg |
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鼠尾 |
0.5 |
10-30 μg |
|
昆蟲細胞 |
5×106細胞 |
16 μg |
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植物葉組織 |
40 mg |
7-12 μg |
|
細菌培養液 |
108-1010細胞 |
5-20 μg |
|
酵母 |
1.9×108細胞 |
4.5-6.5 μg |
經典產品之二:Wizard® Magnetic 96 食品DNA 純化系統
此系統可從多種天然和加工食物中純化出DNA,包括谷物種子、谷物粉、大豆、大豆粉和豆奶、薯片、巧克力及含巧克力的食品、蛋黃和植物油等。從這些樣品中純化出的DNA 可用于轉基因作物(GMO)的序列測定。
純化過程使用了MagneSil® 順磁性顆粒,僅需極少的離心,也不需有機溶劑抽提,快速簡便,僅用常規方法1/3 的時間即可完成。此試劑盒的價格為13,203元/400次。
除了這兩個經典產品,Promega近幾年也推出了不少新產品,可滿足你的“三高”要求——純度高、產量高、通量高。生物通將按照樣品類型一一介紹。
組織
我們都知道,若DNA樣品有酒精殘留,可能會抑制下游的酶解反應。為解決這一問題,Promega推出了ReliaPrep™ 組織基因組DNA小提系統。它提供了完整即用的方法,可從高達25mg組織、1個口腔拭子、或1cm的剪斷鼠尾中純化得到高純度的gDNA。整個操作過程僅需30分鐘或更短,無需酒精洗滌或沉淀即可得到完整的gDNA,適合基因分型、芯片和測序等苛刻應用。
這個試劑盒采用的是柱提法,也是簡單的4步。首先破碎起始材料,釋放DNA;然后讓DNA與ReliaPrep™結合柱結合;利用洗滌液去除雜質;最后是洗脫。不過此洗滌液不同于以往的70%乙醇,也就避免了乙醇殘留所帶來的問題。此外,系統中的試劑都以即用型提供,無需添加或配制。
血液
Promega提供了ReliaPrep™、Wizard®以及Maxwell® 三個系列的gDNA純化試劑盒,能夠從哪怕最具挑戰性的血液樣品中提取基因組DNA。前面提到的經典產品Wizard® 基因組DNA純化試劑盒就能從50 μl–10 ml全血中提取gDNA。
若血液量較少,你還可以試試ReliaPrep™血液基因組DNA小提系統。它的特點同上,無需酒精洗滌,即可從多達200μl血液或體液中始終如一地提取到純凈的完整基因組DNA。基因組DNA可以從新鮮的或冷凍的血液中制備,在不到40分鐘內可得到4–10μg的預期DNA產量,當然這取決于血液樣品中的白細胞數目。
若血液量較多,ReliaPrep™大容量高通量gDNA提取系統則更為合適。它能以規格可調的模式從3-10ml血樣中提取基因組DNA。該方法無需繁瑣的離心步驟,也無需使用有毒試劑,而這些是沉淀提取法所固有的。ReliaPrep™大容量高通量gDNA提取系統已在Hamilton Robotics MICROLAB® STARplus液體處理工作站中實現自動化,可以一次性處理96個樣品。對于一次最多32個樣品的低通量gDNA提取,可以使用ReliaPrep™ 32 LV HSM的手動模式,由用戶手動進行移液。
上面介紹的這些產品大部分采用手動操作來提取gDNA。隨著人們對速度、質量的要求不斷提高,有些實驗室也開始嘗試使用自動化的純化系統。Maxwell® 16儀器便是Promega公司近年來推出的一款純化儀。
Maxwell® 16儀器可自動純化高質量DNA、RNA、病毒總核酸和重組蛋白,均衡性好,省時省力,可滿足多種下游應用。純化的介質為順磁性顆粒,能夠實現對目標分子的最佳捕獲、洗滌以及洗脫。與傳統的硅膠膜方法相比,磁珠帶來了更高的結合量和更干凈的洗脫。將樣品或樣品裂解物直接加入預先裝有試劑的試劑筒內,即可按“開始”鍵,啟動純化程序。試劑盒與自動純化程序均經過優化,能夠從特定樣品中純化出最高質量的目標用于下游實驗。
Maxwell®16自動純化儀有兩種配置可供選購:用于得到最大產量的SEV (Standard Elution Volume,標準洗脫體積,200-400μl),和用于得到最高濃度的LEV(Low Elution Volume,低洗脫體積,30-100μl)。此外,SEV和LEV儀器均可配置Flexi Method 固件,用戶可以自行構建Maxwell® 16自動純化儀的程序,做進一步的性能優化。
Maxwell® 16自動純化儀預置有純化程序,試劑盒內有預先裝有各步驟試劑的條形試劑筒,這些程序與試劑盒最大限度地增加了操作的簡便程度。在18-50分鐘內(取決于樣品的類型),該自動純化儀可處理1-16個樣品。有了Maxwell® 16,你就可以有更多時間去完成其他更具創造性的工作。
目前,Promega提供了以下試劑盒,可用于Maxwell® 16自動純化儀。
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名稱 |
用途 |
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從血液中自動化提取DNA(低洗脫體積) | |
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從血液中自動化提取DNA | |
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從細胞中自動化提取DNA | |
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從組織中自動化提取DNA | |
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從鼠尾中自動化提取DNA | |
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從FFPE樣品中自動化提取DNA(低洗脫體積) | |
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從細胞中自動化提取DNA(低洗脫體積) | |
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從血清、血漿或其他樣品中自動化提取病毒總核酸 | |
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從口腔拭子中自動化提取DNA | |
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從FFPE樣品中自動化提取DNA(低洗脫體積) | |
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從3-10ml血樣中提取基因組DNA |
若您對于選擇什么樣的純化產品還是心里沒底,那么可以登陸Promega英文網站。它上面有個小工具—核酸純化產品選擇器,通過幾個簡單的問答(如樣品量和通量),就可以推薦適合的產品,相當方便。當然,你也可以點擊此處索取gDNA純化的相關資料。(生物通 余亮)
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