生物通報道 來自美國和孟加拉的研究人員近日利用全基因組測序，發現了霍亂弧菌（Vibrio cholerae）分離株中存在的遺傳變異。這些霍亂弧菌是在海地霍亂爆發時采集的。這篇題為“Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains”的論文發表于6月18日的《PNAS》在線版上。

在2010年1月份海地發生地震之后，海地北部安迪伯尼特省沿海地區在10月份爆發了霍亂。截至去年12月份，海地政府報告了52萬多個病例。迄今為止，海地霍亂疫情已造成近7000人死亡，被認為是現代歷史上一個國家所遭受最為嚴重的霍亂疫情。

在這項研究中，研究小組對采集自海地霍亂患者的76個霍亂弧菌分離株進行了測序。通過這些基因組的互相比較以及與8個霍亂弧菌參考菌株的比較，研究人員能夠發現海地分離株與其他地方菌株之間的相互關系。

他們的系統發育分析也強調，在相當短的時間內采集的分離株存在豐富的遺傳多樣性。實際上，考慮到他們發現的多樣性程度，研究人員認為，需要更加全面的霍亂弧菌序列數據庫，以便在未來預防和追蹤霍亂。

通訊作者Rita Colwell及其同事認為：“在霍亂疫情的早期（三周內），群體中已累積了大量的基因組多樣性，非常快。”Colwell是美國馬里蘭大學的研究人員，也是馬里蘭病原體檢測軟件公司CosmosID的創始人。

隨后的序列分型和系統發育研究也在霍亂弧菌中發現了一些遺傳學線索，它們導致疫情爆發，但最初爆發菌株的來源仍是個有爭議的問題，一些人認為它來自海地地震后的尼泊爾維和部隊，而另一些人則認為可能來自南亞。

作者指出，盡管以前報告中的分子和基因組數據已經被解讀為霍亂弧菌是由外來訪客引入的，但目前仍未作出明確的來源歸屬聲明。

研究小組單獨使用Illumina的全基因組測序或結合使用羅氏454測序，對分離自泰國、孟加拉及其他地方的8個參考菌株以及海地疫情爆發時的76個分離株進行了測序。后者包含了從霍亂弧菌O1血清型分離的47個菌株，以及從非O1/O139血清型分離的27個菌株。O1血清型與其他霍亂疫情相關。

當研究人員比較了最近測序的數據和27個公開發布的霍亂弧菌基因組序列時，他們發現了海地分離株中存在的遺傳多樣性程度。他們還發現了一些線索，表明海地O1菌株與來自津巴布韋、贊比亞、泰國和孟加拉的所謂“El Tor”菌株有著共同的遺傳學特征。

同時，系統發育分析表明，幾乎所有非O1/O139血清型與一些過去發現的O1血清型緊密成簇，提示這些菌株與另一個霍亂弧菌譜系的菌株共享一個遺傳骨架。（生物通 薄荷）

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原文檢索：

Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains

Published online before print June 18, 2012, doi:10.1073/pnas.1207359109
PNAS June 18, 2012