生物通報道：RNA測序可以檢測人類和其他生物的基因表達情況。最近這一方法在生物科學和醫學研究中非常流行，而且正在逐漸走向臨床應用。與之前的方法相比，RNA測序的優勢是便于研究選擇性剪切形成的基因異構體或轉錄本。

那么RNA測序到底可不可靠呢？日前，由美國FDA牽頭的測序質量控制（SEQC）項目對RNA測序的準確性、可重現性和信息含量進行了綜合性評估，并將初步調查結果發表在近日的Nature Biotechnology雜志上。石樂明教授是這篇文章的通訊作者之一。

研究團隊使用RNA參照樣本，在全球多個實驗室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平臺上進行了檢測。（深圳華大基因、復旦大學、華東師范大學等單位參與了這一項目。）研究人員主要是評估RNA測序在接頭區域和差異性表達譜中的表現，并將其與芯片和定量PCR（qPCR）進行比較。

研究人員發現，所有測序深度都會出現未注釋的外顯子-外顯子連接區域，其中80%以上都得到了qPCR的驗證。用RNA測序檢測相對表達可以得到準確且可重復的結果，但RNA測序和芯片都不能提供精確的絕對測量，而且研究用到的平臺都存在基因特異性的偏好，包括qPCR。（延伸閱讀：轉錄組研究：從芯片到RNA-Seq）

數據分析的算法也會對RNA測序產生很大影響，不同算法生成的轉錄本數據差異很大。研究顯示，赫爾辛基大學和曼徹斯特大學開發的BitSeq能生成最可靠的結果，這一方法以概率建模為基礎。

這項研究獲得的完整SEQC數據集擁有超過10Tb讀取，為評估RNA測序分析提供了寶貴的資源。

作者簡介：

石樂明 教授，復旦大學藥學院藥物基因組學研究中心主任，博士生導師，國家特聘專家（國家“****”入選者）。

1985年湖南大學化學化工系分析化學本科畢業，理學學士；1988年中國科學技術大學近代化學系計算化學研究生畢業，理學碩士；1991年中國科學院過程工程研究所（原化工冶金所）計算化學博士研究生畢業，工學博士，后留所任助理研究員（1991年）和副研究員（1993年）。1994年赴美國，先后在凱斯西儲大學（研究助理）、美國國立健康研究院腫瘤研究所（訪問學者）、美國食品和藥品管理局（FDA）、美國家用（惠氏）及巴斯夫等機構和公司任（資深）研究科學家職務。2001年作為原創人之一加入深圳微芯生物科技有限責任公司，任信息學部主任，負責計算機輔助藥物分子設計并參與創建了基于化學基因組學的創新藥物研發和篩選平臺。2003年作為資深研究員重新加入美國FDA，為阿肯色醫科大學兼職研究教授，其研究成果為FDA制定藥物基因組學的指南文件提供了科學依據； 2011年加入復旦大學藥學院，創建藥物基因組學研究中心。一直從事化學信息學、生物信息學、藥物基因組學和個體化用藥等方面的研究工作，發表學術論文150多篇（其中8篇發表于Nature Biotechnology）；獲4項創新藥物化合物美國專利授權，其中兩個化合物已進入中國I/II/III期臨床試驗，一個化合物進入美國I期臨床試驗。擔任Expert Reviews of Molecular Diagnostics和BMC Research Notes編委。

生物通編輯：葉予

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