lncRNA研究近來非常火熱，但由于研究領域太前沿，成熟的技術方法、實驗工具不多，很多研究者不知如何下手。cis調控就是其中一個重要方向，基因有限公司的實驗技術和生物信息學團隊與基因芯片界領頭羊Affymetrix的全轉錄組芯片技術強強聯手，在差異表達分析，RNA剪切分析等等數據基礎上，再推出lncRNA cis調控分析，助您輕松打開lncRNA功能探究之門，深入探索lncRNA調控機制。

長鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類轉錄本長度超過200 nt的RNA分子，它們不編碼蛋白，直到2007年隨著HOTAIR（HOX轉錄反義RNA）的功能被發掘，這個“潘多拉魔盒”終于被慢慢打開，研究發現lncRNA的表達受到發育調控，具有組織和細胞特異性，相當一部分lncRNA只位于細胞核內。近年有關lncRNA的研究更是越來越火熱，能在表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等水平參與蛋白編碼基因表達。

什么是lncRNA cis調控？

簡單地講，cis調控就是指非編碼RNA對臨近mRNA的一種轉錄激活與表達調控方式。研究發現，基因調控可能以順式（cis）或反式（trans）作用形式發生。其中cis調控主要依賴順式作用元件(cis-acting element)進行，順式作用元件是指存在于基因旁側序列中能影響基因表達的序列，包括啟動子、增強子、調控序列和可誘導元件等，它們的作用是參與核內基因表達的調控，順式作用元件通常轉錄為非編碼RNA，如lncRNA。2014年4月研究人員Christopher K. Glass在Cell子刊Trends in Biochemical Sciences上發表綜述，對ncRNA 調控機制做出闡述。

為什么把cis調控規定在Mbps范圍內呢？

這其實涉及到染色體的3D結構，由于染色體DNA并非線性存在于細胞核內，而是經由折疊形成3D結構，線性距離上相距kbps、Mbps級別的DNA堿基，在空間結構上很有可能是相互接近的，目前一些主流看法認為1Mbps是一個合適的單位，即認為1Mbps之內距離會較頻繁的出現cis調控。

如何高通量預測lncRNA cis調控？

Affymetrix的全轉錄組芯片，包括人的（HTA）、大鼠（RTA）、小鼠（MTA），不僅在每個外顯子上設計探針，也在可變剪切位點設計探針，帶來深入的編碼和非編碼轉錄本研究，是目前為止市面上真正意義上的全轉錄組水平的芯片，支持基因水平、外顯子水平和可變剪切水平的研究。基因有限公司與Affymetrix合作，針對全轉錄組芯片的上述特點，整合目前FANTOM5項目大數據的研究結果，深挖芯片數據的生物學信息，推出lnc RNA cis調控分析，目的在于幫助生物研究工作者快速從海量表達分析數據中挖掘出有意義的潛在基因間cis調控關系。

該表格中默認包含了HTA2.0芯片上經生物信息學分析后所有可能進行cis調控的lncRNA-mRNA關系及其他信息。其中兩個外部數據庫超鏈接必須重點介紹（Table 1，紅色圈出部分）：

1. UCSC Trackplot：每一個潛在的lncRNA-mRNA調控對，都提供一個UCSC Track鏈接，用以觀察該基因座上的基因組特征圖，用以輔助判斷是否存在cis調控。其中有價值的信息如相對位置關系、mRNA對應的基因模型、表觀遺傳修飾信號如何、有哪些轉錄因子結合位點、已知功能SNP位點等。

2. Overlapping Enhancer：標識出lncRNA包含的已知eRNA區域，點擊超鏈接即可在數據庫中直接查看該eRNA的相對位置、已知表達強相關的編碼基因等信息。

lncRNA cis調控整體研究思路

近年來在一些高影響力的雜志文獻中已經涌現出對lncRNA功能及作用的報道, 很多都是在mRNA差異表達實驗數據的基礎上通過生物信息學分析找到cis調控的目標lncRNA，并進行后續功能驗證。比如去年6月《Nature Communications》上的一篇文章，作者通過lncRNA cis調控分析發現了單核細胞系受細菌脂多糖應激后一個與炎癥反應相關的基因lL1β相鄰小于5kbp的距離的兩條lncRNA——lL1β-eRNA和lL1β-RBT46，其中一條還是eRNA，然后通過QPCR，chip-seq，細胞亞定位分析，Knock down等實驗驗證了該lncRNA的功能。

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