今天的文章將圍繞m6A甲基化的整體研究思路展開，詳細(xì)解析m6A課題設(shè)計(jì)中兩個(gè)重點(diǎn)思路，一起來學(xué)習(xí)吧~

關(guān)于m6A甲基化的研究，目前有多種思路可供選擇。無論是前期開展預(yù)實(shí)驗(yàn)還是申請(qǐng)基金，可以從如下圖1中的研究流程圖展開。當(dāng)然根據(jù)研究方法或研究思路可以與本文所述內(nèi)容有所不同，針對(duì)所提的研究方法可以根據(jù)自身實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)進(jìn)行延伸和拓展。

 圖1 m6A甲基化研究思路流程圖

思路1 老數(shù)據(jù)二次挖掘

第一步：先從原有的表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中，挖掘到差異表達(dá)的甲基化酶；
第二步：對(duì)挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等進(jìn)行qPCR驗(yàn)證，并進(jìn)行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平發(fā)生改變；
第三步：在細(xì)胞（動(dòng)物模型可選）中對(duì)這些酶進(jìn)行敲低和過表達(dá)，進(jìn)行常規(guī)的qPCR和WB檢測相關(guān)酶表達(dá)情況，并用LC-MS/MS法檢測RNA整體m6A水平；
第四步：繼續(xù)對(duì)這些敲低和過表達(dá)的細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序/小RNA測序或表達(dá)譜芯片/小RNA芯片，分析哪些基因出現(xiàn)差異表達(dá)變化和可變剪切變化；
第五步：找到甲基化酶調(diào)控的靶基因，進(jìn)行敲低和過表達(dá)，看甲基化酶缺陷的細(xì)胞或動(dòng)物模型表型能否補(bǔ)救；
第六步：在確定上一步靶基因確實(shí)受到甲基化酶調(diào)控后，對(duì)靶基因上的motif進(jìn)行點(diǎn)突變后進(jìn)行驗(yàn)證；
第七步：鑒定新型的甲基化酶（可選）。

思路2 研究甲基化修飾差異基因

第一步：直接進(jìn)行m6A-seq和轉(zhuǎn)錄組測序，找到時(shí)間順序或差異表達(dá)的基因并用qPCR、WB等方法驗(yàn)證，此外找到m6A有差異的基因；
第二步：對(duì)甲基化酶進(jìn)行敲低和過表達(dá)，檢測RNA整體的m6A水平，之后可進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組或小RNA測序等方法檢驗(yàn)甲基化酶敲低和過表達(dá)對(duì)mRNA或miRNA整體的影響，并著重研究第一步中感興趣的m6A有差異的靶基因；
第三步：對(duì)靶基因進(jìn)行敲低或過表達(dá)，是否能夠?qū)�甲基化酶異常表達(dá)后的表型進(jìn)行恢復(fù)；
第四步：對(duì)靶基因上motif進(jìn)行點(diǎn)突變后進(jìn)一步確認(rèn)直接受到甲基化酶調(diào)控；
第五步：鑒定新型的甲基化酶（可選）。

今天的內(nèi)容講完啦，大家記得收藏好慢慢學(xué)習(xí)哦~

下期預(yù)告：m6A甲基化整體研究思路之m6A相關(guān)SCI論文發(fā)表要求分類匯編