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AGBT 2021:空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)新品薈萃(上)
【字體: 大 中 小 】 時(shí)間:2021年03月10日 來(lái)源:生物通
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2021年度的基因組生物學(xué)與技術(shù)進(jìn)展大會(huì)于3月1日至3日在線上舉行。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)以及單細(xì)胞領(lǐng)域的進(jìn)展備受關(guān)注。NanoString、10x Genomics、Vizgen、PacBio等公司紛紛介紹了他們的最新產(chǎn)品。
2021年度的基因組生物學(xué)與技術(shù)進(jìn)展大會(huì)(AGBT 2021)于3月1日至3日在線上舉行。AGBT大會(huì)被認(rèn)為是基因組科學(xué)與技術(shù)領(lǐng)域最高水平的峰會(huì)之一。眾多科學(xué)家和供應(yīng)商參加了上周的會(huì)議,并分享了他們的最新工作和技術(shù)進(jìn)展。
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)近年來(lái)進(jìn)展迅速,為人們了解復(fù)雜組織提供了獨(dú)特視角,去年也被《Nature Methods》雜志評(píng)為2020年度技術(shù)(Method of The Year)。因此,空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)以及單細(xì)胞領(lǐng)域的進(jìn)展備受關(guān)注。10x Genomics、NanoString、Vizgen、PacBio等公司紛紛介紹了他們的最新產(chǎn)品。
10x Genomics
10x Genomics的應(yīng)用團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)人Sarah Taylor此次在會(huì)上重點(diǎn)介紹了Chromium單細(xì)胞平臺(tái)、Visium空間基因組學(xué)平臺(tái),以及未來(lái)即將推出的原位分析平臺(tái)。
在1月份舉辦的摩根大通醫(yī)療健康年會(huì)上,10x Genomics曾表示將推出高通量的Chromium X單細(xì)胞分析平臺(tái),以及能夠處理固定細(xì)胞的Chromium樣本制備試劑盒。Taylor表示,這兩個(gè)產(chǎn)品都有望在2021年下半年推出。
此外,她表示Chromium平臺(tái)還能助力高通量的抗體發(fā)現(xiàn),這種技術(shù)稱(chēng)為BEAM(barcode enabled antigen mapping)。利用BEAM技術(shù),用戶(hù)可在單次實(shí)驗(yàn)中分離不同物種的多個(gè)抗原的高特異性抗體。軟件方案可在數(shù)天內(nèi)從血液或淋巴結(jié)中分離出抗原特異性的抗體。BEAM技術(shù)有望在2022年上半年推出。
在空間基因組學(xué)方面,Taylor重申了2022年上半年將會(huì)交付Visium CytAssist儀器(將標(biāo)準(zhǔn)的組織學(xué)玻片轉(zhuǎn)換成與Visium兼容的玻片)以及Visium HD平臺(tái)(迄今為止最高分辨率的空間平臺(tái))。用戶(hù)一直都期待Visium空間基因表達(dá)技術(shù)能與FFPE樣本兼容。據(jù)介紹,Visium for FFPE試劑盒將在幾個(gè)月內(nèi)交付。
10x Genomics還會(huì)基于之前收購(gòu)的ReadCoor和Cartana公司,開(kāi)發(fā)出一款原位分析平臺(tái),適用于那些清楚自己的分析目標(biāo)并希望以單分子分辨率關(guān)注特定目標(biāo)的研究人員。該解決方案將會(huì)整合硬件、軟件和試劑,實(shí)現(xiàn)多重的多組學(xué)分析,同時(shí)檢測(cè)轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析物。
Vizgen
Vizgen公司的首席執(zhí)行官Terry Lo在AGBT大會(huì)上介紹了最新開(kāi)發(fā)的MERSCOPE平臺(tái)。這個(gè)平臺(tái)將單細(xì)胞和空間基因組學(xué)分析整合在一個(gè)系統(tǒng)中,提供了一個(gè)從樣本制備到數(shù)據(jù)可視化的簡(jiǎn)化流程,可廣泛應(yīng)用在基礎(chǔ)生物學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域。據(jù)介紹,MERSCOPE平臺(tái)不僅能提供整張組織切片的空間背景,還能提供靈敏的單細(xì)胞基因表達(dá)譜分析。
MERSCOPE平臺(tái)是基于大名鼎鼎的MERFISH(多重抗誤差熒光原位雜交)技術(shù)。這項(xiàng)技術(shù)由霍華德-休斯醫(yī)學(xué)研究所的莊小威博士開(kāi)發(fā)。Vizgen公司在2019年獲得了該技術(shù)的許可證。
MERSCOPE平臺(tái)利用組合標(biāo)簽和連續(xù)成像來(lái)提高檢測(cè)通量,并通過(guò)抗誤差條形碼策略來(lái)抵消單分子標(biāo)記的錯(cuò)誤。它能夠?qū)φ麎K組織開(kāi)展空間基因表達(dá)分析,并以納米級(jí)的分辨率來(lái)解析單個(gè)轉(zhuǎn)錄本。每次運(yùn)行可分析數(shù)十萬(wàn)個(gè)細(xì)胞中的數(shù)百個(gè)基因,而無(wú)需使用測(cè)序。Lo表示,Vizgen的可視化軟件能夠?qū)⑺袌D像處理成易于使用的輸出文件。這些文件可通過(guò)Vizgen的工具查看,也可以利用其他工具進(jìn)行分析。
Lo表示,MERSCOPE平臺(tái)將在2021年夏天正式發(fā)售。(生物通 薄荷)
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