R-loop是由轉(zhuǎn)錄的RNA鏈與打開的雙鏈DNA其中一條鏈發(fā)生堿基互補(bǔ)配對，形成RNA-DNA雜合鏈，同時使未配對的另一條DNA鏈游離在外組成的三方結(jié)構(gòu)。R-loop分布廣泛，占哺乳動物基因組的 5%，經(jīng)常出現(xiàn)在基因組的啟動子CGI和轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)。已有研究表明，R-loop在調(diào)節(jié)基因表達(dá)、DNA 復(fù)制以及 DNA 和組蛋白修飾等方面均發(fā)揮著重要作用，具有重要的生物學(xué)功能。

Nat Genetics (IF 38.33): Antisense lncRNA通過形成R-loop影響coding RNA轉(zhuǎn)錄

Antisense lncRNA是與coding RNA轉(zhuǎn)錄方向相反，轉(zhuǎn)錄位置部分重合的長鏈非編碼RNA，通�？梢皂樖秸{(diào)控臨近c(diǎn)oding RNA的轉(zhuǎn)錄。2019年Nature Genetics發(fā)表的文章發(fā)現(xiàn)，antisense lncRNA TARID通過形成R-loop影響臨近c(diǎn)oding RNA TCF21啟動子去甲基化，進(jìn)而調(diào)控TCF21表達(dá)和癌癥進(jìn)程。

TCF21是與一種抑癌基因，在多種癌癥中表達(dá)下調(diào)，它具有頭對頭反義lncRNA TARID（TCF21 antisense RNA inducing demethylation）。TARID轉(zhuǎn)錄過程會在TCF21啟動子附近形成R-loop，被R-loop識別蛋白GADD45a結(jié)合，GADD45a進(jìn)而招募去甲基化酶TET1，促進(jìn)DNA去甲基化來增強(qiáng)TCF21轉(zhuǎn)錄，影響細(xì)胞周期。

Antisense lncRNA TARID通過形成R-loop調(diào)控TCF21啟動子DNA去甲基化及轉(zhuǎn)錄

DRIP-seq全新發(fā)布！

DRIP-seq（DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing）利用特異性識別DNA:RNA雜合鏈的S9.6抗體對包含R-loop結(jié)構(gòu)的 DNA 鏈進(jìn)行富集，后續(xù)通過DNA測序來實現(xiàn) R-loop分析，側(cè)重于通過NGS在基因組水平上檢測R-loops結(jié)構(gòu)的分布，并通過生物信息學(xué)分析在不同的領(lǐng)域從中挖掘出更多有用的信息。

DRIP-seq優(yōu)勢

▪ 嚴(yán)格的質(zhì)控體系：設(shè)置陰性對照組和陽參，以控制文庫質(zhì)量。
▪ 穩(wěn)定性高：實驗操作穩(wěn)定性高，減少實驗操作帶來的誤差。
▪ 靈活度高：能夠直接對有基因組信息的物種進(jìn)行R-loop測序。
▪ 提供數(shù)據(jù)可視化，豐富的注釋信息與文章發(fā)表級別的圖譜

康成生物/數(shù)譜生物全新推出DRIP-Seq技術(shù)服務(wù)！歡迎了解更多：www.aksomics.com，或撥打數(shù)譜生物熱線400-886-5058/021-64451989