微生物群落，即生活在我們體內和周圍的微生物群落，在從人類健康到土壤肥力和氣候調節等各個方面都發揮著至關重要的作用。但是，研究這些微小的生命形式，尤其是在人體外的研究，面臨著一個巨大的挑戰：科學家如何在如此廣泛的環境和學科領域之間共享復雜的數據？

為了幫助解決這個問題，來自28個國家的近250名研究人員組成團隊，制定了一套名為STREAMS的新指南，STREAMS是“ 環境和宿主相關微生物組研究技術報告標準”（Standards for Technical Reporting in Environmental and host-Associated Microbiome Studies）的縮寫。STREAMS以STORMS（一份廣泛應用于人類微生物組研究的清單）的成功經驗為基礎，并將其擴展到涵蓋土壤、水、空氣、動物、植物甚至合成環境中的微生物。

STREAMS 指南的主要作者、密歇根州立大學微生物學、遺傳學和免疫學系博士生 Julia Kelliher 在《自然微生物學》雜志上發表的一篇新論文中解釋了新框架的必要性。

 Kelliher解釋說，STREAMS是一套報告指南，旨在幫助研究人員、學生和審稿人審閱有關環境、非人類宿主相關和合成群落的稿件。這些指南按照科學稿件的結構進行組織，有助于確保不會遺漏重要細節，例如許可信息或對重復數據的正確引用。

 Kelliher對STREAMS的期望很簡單：“我只是想幫助一些人，”她說，“特別是學生。我們制作了教程、用戶指南，甚至還有縮略語列表，以確保它易于使用。我希望它能讓他們的工作更輕松、更高效。”

“有了這些報告指南，從研究人員到審稿人再到出版商，每個人都能更有效地合作，” Kelliher說。

這些指導方針源于與美國微生物學會微生物大會合作舉辦的一次研討會，50 名參與者（包括研究人員、數據存儲庫代表、期刊編輯和資助機構）討論了環境微生物組研究中需要更好的報告標準。

 Kelliher說：“我們非常注重確保參與者在各個職業階段都具有多樣性。一些最好的想法來自那些正在收集元數據的早期職業研究人員，他們也很樂意參與其中。”

STREAMS包含67個清單項目，指導研究人員完成科學論文的每個部分，從而更輕松地清晰、一致地撰寫論文。它還采用機器可讀設計，這意味著計算機可以更高效地分析和比較研究。該指南與現有的元數據標準相一致，并包含一些功能，方便研究人員將數據提交到公共數據庫。

STREAMS 與其前身 STORMS 的一個主要區別在于研究范圍。STORMS 專注于人類微生物組，而 STREAMS 則著重解決環境和非人類宿主相關研究的獨特挑戰。“環境微生物組研究中有很多限制條件，這些限制條件無法直接應用于人類研究，”Kelliher 說。“術語、數據類型，甚至樣本采集方式——一切都不同。”

STREAMS團隊還新增了一些條目，以反映新興實踐，例如在研究中使用人工智能。“并非所有期刊都處于要求報告人工智能使用情況的同一階段，”她說。“我們希望確保STREAMS能夠解決這個問題。”

管理來自數百位貢獻者的意見絕非易事。 Kelliher親自審閱了超過1100條反饋，并整理成一份長達100頁的回復文件，以確保每一條評論都得到考慮。“這絕對是一個挑戰，”她說。“我們想讓參與者們感受到我們對每一條反饋都非常重視，而且我認為他們也確實感受到了這一點。”

STREAMS 被設計成一個“動態”資源。團隊計劃根據社區反饋定期更新它，他們已經在撰寫一篇論文，該論文使用大型語言模型來幫助解析指南。

 Kelliher進入STREAMS的道路可謂非同尋常。她最初接受的是神經科學和服裝設計方面的訓練，在斯基德莫爾學院讀大四時，一次偶然的機會讓她搬到了新墨西哥州，之后便在洛斯阿拉莫斯國家實驗室找到了工作。“當時我和幾位研究人員一起徒步旅行，他們說他們需要一名本科生參與一個微生物組項目，”她回憶道。“我去面試了，得到了這份工作，從那以后，我參與了大約十幾個生物科學項目。”

 Kelliher在洛斯阿拉莫斯國家實驗室工作了八年。本科畢業后，她在約翰·霍普金斯大學攻讀碩士學位，同時在實驗室兼職。現在，她一邊在洛斯阿拉莫斯工作，一邊在密歇根州立大學攻讀博士學位。“我還在讀博之余兼職，我可不推薦這么做，”她笑著說，“我總是感覺很累。”她還在新墨西哥州聯盟擔任聯合職務。該聯盟是由新墨西哥州三所研究型大學組成的非營利性機構，該項目通過該聯盟獲得美國國家科學基金會的資助。

她在洛斯阿拉莫斯國家實驗室的經歷，以及她參與的美國能源部大型項目（例如國家微生物組數據合作項目）的工作，使她能夠領導STREAMS計劃。她正與勞倫斯伯克利國家實驗室的資深作者Emiley Eloe-Fadrosh以及STREAMS指南的主要作者Chloe Mirzayi合作開展這項工作。