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通過單細胞和批量轉錄組學技術識別和驗證調節吞噬作用的因子,作為腦出血潛在的預后和診斷生物標志物
《The FASEB Journal》:Identification and Validation of Phagocytosis-Regulating Factors as Potential Prognostic and Diagnostic Biomarkers for Intracerebral Hemorrhage Through Single-Cell and Bulk Transcriptomic
【字體: 大 中 小 】 時間:2025年12月05日 來源:The FASEB Journal? 4.2
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腦出血(ICH)致死致殘率高,本研究通過整合單細胞轉錄組與 bulk 數據挖掘,發現ANXA2、ANXA5、MGAT1和VASP四項生物標志物與免疫浸潤及預后顯著相關,并揭示其通過ceRNA網絡調控的表達機制。
腦內出血(ICH)是全球導致死亡和殘疾的主要原因之一。盡管治療方法有所進步,但仍然缺乏可靠的預后生物標志物。雖然吞噬作用調節與ICH的發病機制有關,但其在診斷和預后方面的潛力尚未得到充分探索。識別與吞噬作用調節相關的基因(PRGs)作為生物標志物,可能會為ICH的研究提供新的見解。我們使用了來自Gene Expression Omnibus(GEO)數據庫的多個數據集來研究吞噬作用調節因子在ICH中的作用。我們對轉錄組數據進行了基因集變異分析(GSVA),以評估ICH組織中的吞噬作用調節情況。單細胞RNA測序(scRNA-seq)用于探討特定細胞中PRGs的活性。隨后我們使用機器學習方法進行特征選擇。通過CIBERSORT算法評估了免疫細胞浸潤程度。通過基因集富集分析(GSEA)進一步分析了所識別生物標志物的生物學功能,并構建了一個競爭性內源性RNA(ceRNA)網絡,以揭示mRNAs、miRNAs和lncRNAs之間的相互作用。GSVA分析顯示,與正常腦組織相比,ICH中的吞噬作用調節活性顯著增強。利用機器學習方法,我們確定了四個關鍵生物標志物——ANXA2、ANXA5、MGAT1和VASP——它們在ICH的診斷和預后中具有潛在意義。免疫細胞浸潤分析與所識別的生物標志物之間存在相關性。GSEA突顯了這些生物標志物在多種生物過程中的作用。此外,ceRNA網絡揭示了復雜的調控相互作用,其中miRNAs和lncRNAs調節了所識別生物標志物的表達。這四個生物標志物為早期檢測提供了有希望的候選指標,并可能有助于了解ICH恢復期間的預后情況。這些生物標志物與免疫細胞浸潤和吞噬作用調節相關,為ICH的發病機制提供了新的見解,并可能成為潛在的治療靶點。
作者聲明沒有利益沖突。
本研究中的數據和材料可應相應作者的要求提供。
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