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        綜述:性狀發展中的技術進步:從常規育種和非定向誘變到精準基因組編輯

        《Genome》:Technological advances in trait development: from conventional breeding and untargeted mutagenesis to precision genome editing

        【字體: 時間:2026年01月10日 來源:Genome 1.7

        編輯推薦:

          本綜述系統梳理了從傳統選擇育種、突變育種到轉基因及CRISPR/Cas9等基因組編輯技術的作物性狀改良發展歷程,重點介紹了加拿大在主要作物(如小麥、油菜、大豆等)育種中的應用案例與成功經驗。文章強調了整合多種育種策略對于挖掘作物遺傳潛力、應對全球糧食安全挑戰的重要性,為植物生物技術領域的科研人員與育種家提供了全面參考。

          

        摘要

        植物生物技術通過實現精準高效的作物改良策略,徹底改變了現代農業。本綜述探討了選擇育種、突變育種和精準育種的演變歷程,重點介紹了它們在加拿大農業領域的應用。常規選擇育種在開發高產、抗病栽培品種方面發揮了重要作用,而通過物理和化學誘變進行的突變育種則引入了寶貴的遺傳多樣性。轉基因育種的出現允許直接插入外源基因,從而開發出具有耐除草劑、抗蟲害和改善營養成分的作物。然而,對監管限制和公眾接受度的擔憂推動了基因組編輯工具的快速采用,這些工具能夠在不引入外源DNA的情況下進行精確修飾。加拿大在應用這些生物技術創新方面發揮了關鍵作用,成功開發了轉基因油菜、CRISPR編輯的小麥、抗逆大豆以及改良了抗逆性和產量的燕麥和大麥栽培品種。雖然每種育種方法都有其獨特的優勢和局限性,但整合常規和分子技術對于最大化遺傳潛力、確保農業發展和有效應對糧食安全挑戰至關重要。

        引言

        作物性狀改良一直是農業的基本方面,塑造了人類種植和利用植物獲取食物、纖維和各種應用的方式。歷史上,早期農民進行初步選擇,選擇具有理想性狀的植物,如更大的籽粒、改良的口味和更強的環境脅迫抗性。這種早期的選擇形式為后來成為植物育種科學奠定了基礎。隨著時間的推移,美索不達米亞、埃及和中國的文明發展了早期的育種技術,包括異花授粉和種子保存,以提高作物性能。
        19世紀格雷戈爾·孟德爾遺傳原理的發現為植物育種提供了科學基礎,使研究人員能夠理解性狀如何從一代傳給下一代。這一知識通過允許育種者系統地操縱遺傳性狀,徹底改變了作物改良。在整個20世紀,雜交育種、誘導突變和分子標記等進步促進了高產、抗病和氣候適應性作物的開發。20世紀中期的綠色革命技術通過引入高產的小麥和水稻栽培品種,并輔以現代灌溉和施肥實踐,進一步加速了農業生產力的提高。
        隨著20世紀末和21世紀初生物技術的出現,植物育種進入了一個精準的新時代。基因工程允許在不同物種之間直接轉移理想基因,導致具有除草劑抗性和昆蟲耐受性等性狀的轉基因(GM)作物的商業化。最近,像成簇規律間隔短回文重復序列(CRISPR)和CRISPR相關蛋白(Cas)這樣的基因組編輯技術,通過能夠在DNA水平上進行靶向修飾而不引入外源基因,進一步優化了作物改良策略。
        本綜述旨在探討通過三種關鍵方法學進行的作物性狀發展進程:選擇育種、突變育種和精準育種。通過考察它們在加拿大背景下的原理、方法和成功案例,本文旨在提供關于植物生物技術如何繼續塑造現代農業的全面分析。討論將重點介紹加拿大對這些進步的貢獻,展示小麥、油菜、燕麥和大豆等主要作物的顯著改進。最終,本綜述旨在強調不斷發展的育種技術在確保加拿大糧食安全、增強作物韌性和促進可持續農業實踐方面的影響。

        選擇(常規)育種

        選擇育種,也稱為人工選擇,是一個有意選擇具有理想性狀的植物進行繁殖,以產生具有增強特性的后代的過程。與自然選擇不同,選擇育種是一個人為驅動的過程,旨在改善作物性狀,如產量、抗病性、耐旱性和營養成分。這種技術幾個世紀以來一直是農業的基礎,并且繼續是現代作物改良的基石。
        選擇育種在塑造加拿大農業景觀方面發揮了根本作用。加拿大早期的育種工作主要側重于使作物適應該國多樣化的氣候條件,確保更高的產量并增強對疾病的抗性。加拿大最早的重要育種計劃建立于19世紀末和20世紀初,重點集中在谷物作物上,如小麥和大麥。
        加拿大植物育種最早的成功案例之一是1904年由查爾斯·桑德斯爵士開發的侯爵小麥。這個栽培品種將紅菲特小麥的早熟性與硬紅加爾各答小麥的高谷物品質相結合,使其非常適合加拿大短暫的生長季節。侯爵小麥顯著提高了小麥產量,并為該國現代小麥育種計劃奠定了基礎。
        多年來,加拿大的植物育種工作擴展到包括油籽、豆類和飼料作物,這是由對更高生產力和氣候適應性的需求驅動的。20世紀70年代加拿大研究人員開發的油菜是一項里程碑式的成就,改變了油籽產業。選擇育種的進步,包括分子標記和基因組選擇的使用,進一步加速了作物改良工作,使加拿大成為作物性狀發展的先驅。

        成功案例在加拿大

        加拿大通過選擇育種為農業創新做出了重大貢獻,增強了作物的可持續性和經濟增長。加拿大農業最早的成功故事之一是小麥育種,其歷史可以追溯到1842年紅菲特小麥的引入,這是一個非常適合加拿大挑戰性氣候的栽培品種。這一發展為現代小麥育種工作奠定了基礎,最終在1904年發布了侯爵小麥栽培品種。侯爵小麥通過提供早熟和高質量谷物,徹底改變了加拿大小麥生產,為持續改進樹立了先例。如今,加拿大科學家仍然處于小麥育種的前沿,開發優化產量、提高品質并具有強大抗病性的新栽培品種。
        加拿大在選擇育種方面的另一個顯著成就是油菜,這是在20世紀60年代和70年代通過對油菜籽的廣泛研究開發出來的。加拿大研究人員成功消除了不良化合物,如芥酸和硫代葡萄糖苷,創造了一種食品級油籽,不僅取代了傳統的油菜籽,而且成為該國最有價值的作物之一。油菜生產現在遍布加拿大數百萬英畝的土地,為農業經濟和全球植物油市場做出了實質性貢獻。
        同樣,曾經在加拿大是次要作物的大豆,由于耐寒栽培品種的進步而經歷了指數級增長。在20世紀70年代,加拿大研究人員引入了如OAC Eclipse這樣的栽培品種,其特點是生長季節較短,使大豆生產能夠擴展到安大略省西南部以外。如今,大豆作為玉米生產者的關鍵輪作作物,是加拿大主要的食用油來源,展示了選擇育種在使國家農業景觀多樣化方面的變革力量。
        大麥育種也取得了顯著進展,特別是在改善麥芽品質和抗病性方面。如CDC Copeland和AC Synergy等高性能栽培品種的開發確保了加拿大大麥符合釀造行業的嚴格標準,同時保持了強大的農藝特性。這鞏固了加拿大作為國內和國際市場高質量麥芽大麥領先生產商的聲譽。
        同時,燕麥育種成功地復興了表現出卓越適應性和營養效益的舊栽培品種。傳統燕麥栽培品種,如AC Mustang,由于其韌性和市場生存能力而重新獲得重視,證明選擇育種可以在提高其性能的同時維持舊遺傳系的價值。如CDC Dancer等高質量燕麥栽培品種的引入通過提供改進的抗銹病性和優越的營養成分,進一步推動了該行業的發展,幫助加拿大燕麥在全球市場中獲得吸引力。
        這些育種成就共同凸顯了加拿大對農業創新的承諾,確保其農業產業在不斷變化的全球格局中保持競爭力、韌性和可持續性。

        突變育種

        自從20世紀30年代第一個煙草突變栽培品種發布以來,使用物理、化學、生物或轉基因技術進行誘變誘導已成為植物育種和功能基因組學的重要工具。聯合國糧農組織/國際原子能機構-突變栽培品種數據庫報告稱,在70多個國家的225種植物物種中,已有超過3275個突變栽培品種正式發布供商業使用。從基礎科學的角度來看,突變提供了一個工具,可以使用正向遺傳學或反向遺傳學來研究基因功能,并創造遺傳變異。從應用的角度來看,突變育種利用植物自身的遺傳構成,模擬自然自發突變過程,以增加多樣性并引入新的潛在有用的表型。
        突變育種涉及突變誘導、檢測和驗證。盡管突變誘導具有成本效益、快速、成熟和穩健的特點,但主要挑戰是檢測新誘導的突變。突變發生的頻率非常低;因此,需要創建非常大的突變群體(數千個個體植物)才能實現有用突變的檢測。此外,當突變處于雜合狀態時,可能不會引起任何可檢測的表型變化,這使得傳統的篩選方法效率低下,并且可能遺漏許多有價值的突變體。
        盡管有其優勢,突變育種在可擴展性和精確性方面面臨挑戰。使用傳統技術生產、處理和分析大型突變群體需要大量的努力和資源。盡管高通量基因分型和基因組測序的進步改善了突變的檢測,但對大群體進行全基因組測序對許多作物來說仍然成本高昂。研究人員通常依賴表型篩選,這可能耗時且在識別有益突變方面效率較低。然而,當與現代分子工具結合時,突變育種仍然是作物改良的有力方法。

        成功案例在加拿大

        在加拿大,突變育種導致了具有增強農藝性狀的改良小麥栽培品種的開發,包括除草劑抗性以及對鐮刀菌頭疫病和銹病的改良抗性。例如,Pozniak和Hucl(2004)對小麥栽培品種CDC Teal使用EMS誘變,誘導出賦予對咪唑啉酮類除草劑抗性的基因,為加拿大春小麥提供了一種替代雜草控制系統。此外,由S. Kagale博士領導的研究人員,在加拿大基因組研究與開發計劃下,使用伽馬輻射開發了一個基于CDC Stanley的缺失了Ph1位點的小麥品系。該缺失消除了與野生近緣種雜交的遺傳障礙,增強了加拿大條件下的育種潛力,并提高了在多變氣候下的產量穩定性。
        類似地,化學和物理誘變,例如使用EMS,在開發具有提高含油量和降低不良化合物水平的油菜栽培品種方面發揮了關鍵作用,使它們更能適應環境脅迫和害蟲。
        突變育種也推動了加拿大大麥和扁豆生產的發展。圭爾夫大學的Lukens和Navabi教授應用EMS誘變,開發了具有增強耐旱性和早熟性的大麥栽培品種,使其能夠在多樣化的環境中種植。同樣,扁豆中的突變育種通過化學誘變誘導AHAS基因的點突變,引入了除草劑耐受性,并通過常規育種整合。
        這些成功突顯了突變育種在加強加拿大農業方面的重要作用。誘變與先進基因組工具(例如MutMap)的整合將繼續優化育種計劃,確保加拿大作物在全球市場中保持競爭力。隨著研究人員改進突變檢測技術并開發用于全基因組篩選的成本效益策略,突變育種有望為作物改良和可持續農業實踐做出進一步貢獻。

        精準育種:轉基因和基因組編輯

        植物育種中生物技術方法的出現代表了農業的范式轉變,使科學家能夠以前所未有的精確度操縱植物基因組。傳統的育種方法,如選擇育種和雜交,歷史上在開發改良作物栽培品種方面發揮了重要作用,但它們存在局限性,包括育種周期長以及無法引入無關物種的性狀。隨著分子生物學和基因工程的進步,現代育種技術,如轉基因和基因組編輯,徹底改變了具有增強性狀作物的開發。
        生物技術植物育種的旅程始于DNA作為遺傳物質的發現以及重組DNA技術的發展,這使得在不同生物體之間轉移基因成為可能,從而產生了第一批轉基因植物。農桿菌介導的轉化的早期突破允許科學家將外源DNA引入植物基因組,從而在20世紀80年代產生了第一批轉基因作物。到了20世紀90年代, commercially available GM crops such as herbicide-tolerant soybeans and insect-resistant maize had entered the global market, changing agricultural landscapes worldwide.
        轉基因,或轉基因育種,是指將來自無關生物體的外源基因(轉基因)插入植物基因組以賦予新性狀的過程。這種技術已被廣泛應用于開發抗害蟲、除草劑、疾病和環境脅迫的作物。一個突出的例子是Bt作物,它含有來自蘇云金芽孢桿菌的基因,能產生殺蟲蛋白,顯著減少了農藥使用。另一個例子是黃金大米,經過工程化改造以生產維生素A,解決發展中國家的微量營養素缺乏問題。
        盡管轉基因育種取得了成功,但公眾對轉基因生物(GMO)的擔憂和監管障礙導致了對遺傳修飾替代技術的探索。基因組編輯,特別是CRISPR-Cas系統,已成為一種強大的工具,允許在植物現有DNA內進行精確修飾,而不引入外源基因。在CRISPR技術廣泛采用之前,早期的基因組編輯方法如鋅指核酸酶(ZFN)和轉錄激活因子樣效應物核酸酶(TALEN)在21世紀初被開發出來。這些工具允許科學家對DNA進行位點特異性修飾,但成本高昂且技術復雜。2012年開發的CRISPR-Cas9通過提供更快、更便宜、更精確的植物基因編輯方法,徹底改變了基因組編輯。CRISPR能夠實現靶向基因敲除、插入或修飾,從而獲得如疾病抗性、耐旱性和提高產量潛力等性狀。值得注意的是,基因組編輯作物在一些國家通常繞過GMO法規,因為它們不引入外源DNA。雖然強大,但作物中的基因編輯污染可能導致脫靶突變或生態干擾,例如基因流向非目標群體,可能影響生物多樣性或作物性狀。強大的安全協議可以有效管理這些風險,以確保可持續農業。
        轉基因或基因組編輯的過程涉及幾個關鍵步驟:基因發現、基因修飾、轉化、再生以及篩選與驗證。測序技術的進步極大地促進了基因發現和篩選,使得能夠精確識別用于作物改良的靶基因。同時,基因組修飾正隨著CRISPR變體(如堿基編輯和先導編輯)的創新而接近完美,允許更精確和高效的編輯。然而,轉化和再生仍然是重大挑戰,因為許多植物物種仍然難以進行遺傳修飾。

        植物轉化

        植物轉化技術的進步顯著提高了遺傳修飾的效率和精確度。穩定轉化對于開發具有可遺傳性狀的轉基因作物至關重要,而瞬時轉化廣泛用于研究中的快速功能分析。
        將外源DNA轉移到植物細胞中仍然是一個挑戰,但由于保護性的細胞壁,但幾種遞送方法如基因槍法和農桿菌介導的轉化已被開發出來。農桿菌介導的轉化是最廣泛使用的技術,因為其效率高且能夠產生單拷貝插入,對基因組干擾最小。這個過程依賴于位于輔助質粒上的毒力(vir)基因,這些基因促進轉移DNA(T-DNA)轉移到植物基因組中。T-DNA,兩側為左邊界(LB)和右邊界(RB),被隨機整合到植物基因組中。
        為了優化植物轉化,研究人員修改了農桿菌載體。傳統的雙元載體系統將T-DNA與毒力基因分開,允許在整合到植物基因組之前更容易地操作和克隆轉基因。這些載體經過進一步改進,以實現在大腸桿菌中的更高拷貝數、增加與不同農桿菌菌株的兼容性以及提高轉化效率。然而,挑戰依然存在,包括多個T-DNA整合、骨架載體摻入和轉基因沉默。多次插入可能使遺傳模式復雜化,干擾內源基因,并通過植物RNA干擾(RNAi)途徑增加基因沉默的可能性。
        為了解決這些問題,開發了低拷貝雙元載體以提高整合保真度并最小化骨架載體摻入。進一步的進展包括農桿菌中的染色體T-DNA發射點,這促進了單位點插入。最近,設計了雙元細菌人工染色體載體和轉化感受態人工染色體載體,以轉移大的DNA構建體(高達150 kb),同時保持低拷貝數,確保在農桿菌和大腸桿菌中的轉基因穩定性。構建大的轉基因仍然具有技術挑戰性,因為克隆位點有限且大質粒連接效率低。幾種先進的克隆系統,包括Gateway、IIS型限制性內切酶位點、Gibson Assembly和ZFN,已被用于高效的轉基因組裝。此外,體內基因組裝已成為一種有前途的替代方案,利用酵母中的同源重組或大腸桿菌中的Cre/LoxP重組酶技術。GAANTRY系統利用整合酶/重組酶方法,允許在 disarm 的毒力質粒內直接組裝大的T-DNA構建體,解決了傳統雙元載體遇到的穩定性問題。
        盡管有這些進步,許多作物物種仍然難以轉化。主要挑戰是從轉化組織中再生可育植物,這個過程依賴于生長素/細胞分裂素比率進行體細胞器官發生或胚胎發生。雖然一些物種能有效再生,但其他物種需要額外的遺傳調節因子。形態發生因子如Babyboom(BBM)、WUSCHEL(WUS)和生長調節因子4(GRF4)及其輔因子GRF相互作用因子1(GIF1)已被成功用于提高再生率,特別是在難以轉化的物種中。
        為了確保穩定的轉基因整合,使用了選擇標記基因。如nptII(新霉素磷酸轉移酶II)等抗性盒提供了對卡那霉素的中等選擇壓力,而hpt(潮霉素磷酸轉移酶)則用潮霉素提供更嚴格的選擇。此外,報告基因有助于識別轉化組織。RUBY盒產生紅色甜菜紅素用于非破壞性篩選,而β-葡萄糖醛酸酶(GUS)和熒光蛋白(GFP、RFP)提供成功轉化的視覺確認。除了傳統的體外再生,體內穩定轉化策略正在成為有效的替代方案。這些方法消除了對廣泛組織培養的需求,減少了與產生轉基因植物相關的時間和復雜性。

        基因組精確修飾

        轉基因隨機整合到植物基因組中對轉基因表達和穩定性提出了挑戰。為了確保穩定和可預測的轉基因表達,開發了位點特異性整合策略。一種方法,迭代位點特異性整合系統(ISSI),使用Cre重組酶和?C31整合酶成功實施。該方法能夠在預先引入的attP重組位點進行轉基因疊加,同時移除選擇標記。然而,attP位點的初始放置仍然依賴于隨機T-DNA整合,需要在進一步修飾之前篩選最佳插入位點。
        精確基因組修飾的一個重大突破是CRISPR/Cas系統。CRISPR在精確度、效率和成本效益方面超越了以前的基因組編輯工具。源自II型細菌適應性免疫系統,CRISPR通過將外源核酸片段作為感染遺傳記憶整合到細菌基因組中而起作用。這些片段作為間隔區存儲在CRISPR陣列中,在后續感染時被轉錄成CRISPR RNA(crRNA)。crRNA與Cas核酸酶復合物,識別并切割cDNA序列,使其成為強大的基因組編輯工具。
        CRISPR/Cas9,最廣泛使用的變體,利用化膿性鏈球菌的Cas9內切酶產生位點特異性DNA斷裂。設計向導RNA(gRNA)——與靶基因互補的17-20個核苷酸序列——是第一步,用于將Cas9引導到基因組中的特定位點。原間隔區相鄰基序(PAM)序列對于Cas9結合至關重要,在不同Cas9變體之間有所不同;例如,SpCas9識別5'-NGG-3'。一旦Cas9引入雙鏈斷裂(DSB),植物細胞通過兩種途徑之一修復損傷:非同源末端連接(NHEJ)或同源定向修復(HDR)。NHEJ是一個容易出錯的過程,通常導致小的插入或缺失(indel),從而導致基因敲除。相反,HDR通過使用同源修復模板能夠精確插入所需序列。然而,HDR在植物中的效率顯著低于NHEJ,限制了其用于精確基因插入的應用。
        為了提高CRISPR效率,在gRNA表達和Cas蛋白優化方面進行了改進。gRNA通常在Pol III啟動子下轉錄,而Cas9在強組成型啟動子(如RPS5A)下表達,以確保在分生組織和種系細胞中的穩健活性。此外,帶有核定位信號的密碼子優化的Cas9變體提高了誘變效率。例如,內含子化的玉米Cas9(zCas9i)顯著增加了突變頻率,允許在T0代回收純合突變。除了標準基因組編輯,基于CRISPR的工具已擴展到堿基編輯、先導編輯、轉錄調控、表觀遺傳修飾和RNA靶向。這些新的應用有望進一步增強作物改良策略,為開發高產、氣候適應性和營養增強的植物栽培品種提供解決方案。

        加拿大在性狀發展的生物技術應用方面的成功故事

        加拿大在應用生物技術方法增強作物性狀方面一直是全球領導者,確保更高的產量、對生物和非生物脅迫的抗性以及改善的營養成分。在轉基因和基因組編輯作物的開發和商業化方面取得了若干重大成功,特別是在小麥、油菜和大豆方面。
        最顯著的例子之一是轉基因油菜,它是通過基因工程開發以提高除草劑抗性。自20世紀90年代引入以來,耐除草劑油菜栽培品種顯著提高了作物效率并減少了雜草控制勞動力。如今,加拿大仍然是世界上頂級的油菜生產國之一,該國種植的幾乎所有油菜都是轉基因的。加拿大研究人員已成功使用CRISPR/Cas9編輯小麥基因組,以開發具有增強抗病性的栽培品種。類似地,基因組編輯已應用于大豆,以研究參與白霉病抗性的基因,并應用于燕麥,其中優化的方法改善了性狀發展。

        未來展望

        生物技術進步繼續改變植物育種,選擇育種、突變育種和精準育種各自提供獨特的優勢和挑戰。選擇育種仍然是接受最廣泛、監管最少的途徑,提供作物性狀的漸進式改進。然而,它通常需要長的育種周期,這可能會延遲理想特性的引入。突變育種加速了遺傳變異,但涉及隨機突變,需要大量篩選以識別有益性狀。相比之下,包括轉基因和基因組編輯在內的精準育種提供了最靶向的改進,以更少的意外遺傳變化提供快速的性狀增強。然而,監管挑戰和公眾認知仍然是廣泛采用的障礙。
        展望未來,這些方法的整合可能在可持續農業中發揮關鍵作用。合成生物學和表觀遺傳修飾的進步可能會進一步擴大精準育種的潛力,使得能夠在不改動DNA序列的情況下微調基因表達。非GMO基因組編輯技術(如堿基編輯和先導編輯)的發展可能有助于規避監管障礙,提高工程化作物的接受度。
        加拿大強大的研究基礎設施使該國成為植物生物技術的領導者。對基因組編輯、轉化技術和監管科學的持續投資將推動作物改良的進步,加強加拿大對全球糧食安全和可持續性的貢獻。
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