《Plant Communications》:Targeted editing of TaROD1 confers disease resistance to both Fusarium head blight and powdery mildew in wheat without growth penalty
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本研究針對小麥赤霉病(FHB)抗性遺傳基礎狹窄、過度依賴Fhb1單一基因座的問題,通過CRISPR/Cas9技術靶向編輯小麥免疫負調控因子TaROD1,成功創制了同時兼具赤霉病和白粉病雙重抗性且農藝性狀無顯著變化的突破性種質,為小麥廣譜抗病育種提供了新策略。
小麥作為全球最重要的糧食作物之一,其安全生產始終面臨著多種病害的嚴重威脅。其中,由禾谷鐮刀菌(Fusarium graminearum)引起的赤霉病(Fusarium Head Blight, FHB)不僅造成產量大幅下降,還會產生真菌毒素污染谷物,直接危害人畜健康。盡管育種家們已經付出了數十年的努力,但赤霉病的有效防控依然是個世界性難題。目前,小麥抗赤霉病育種主要依賴于一個名為Fhb1的關鍵數量性狀位點(QTL),該位點自發現以來已成為全球抗赤霉病育種計劃的基石。然而,這種過度依賴單一抗性基因的策略存在巨大風險,一旦病原菌發生適應性變異導致Fhb1抗性失效,將對全球小麥生產安全構成嚴重威脅。因此,挖掘新的抗病基因資源、開發不依賴于Fhb1的廣譜持久抗病新策略,是小麥育種領域的迫切需求。
在植物與病原菌的長期博弈中,植物進化出了精妙的多層防御機制。然而,在沒有病原菌侵染時持續激活免疫反應會消耗大量能量,導致生長受阻,即產生所謂的“生長代價”(fitness penalty)。為了平衡抗病與生長,植物體內存在一類被稱為“免疫抑制子”(immune suppressor)的調控元件,它們負責在平時“踩剎車”,避免免疫系統過度激活。對這些抑制子進行精準的遺傳操作,被認為是培育廣譜抗病作物品種的有效途徑。此前,在水稻中的研究發現,一個名為ROD1(Suppressor of npr1-1 Induced 1)的基因是關鍵免疫負調控因子。敲除OsROD1會導致活性氧(Reactive Oxygen Species, ROS)的持續積累,觸發自身免疫反應,從而賦予水稻對稻瘟病、白葉枯病和紋枯病等多種主要病害的廣譜抗性。進一步機制研究表明,ROD1蛋白能夠與OsTIR(Toll/Interleukin-1 Receptor)蛋白相互作用,抑制其酶活性和后續免疫激活代謝物pRib-AMP的產生。當植物感知到病原菌入侵時,ROD1會通過蛋白酶體途徑被降解,從而解除對OsTIR-pRib-AMP通路的抑制,激活廣譜抗性。這些發現確立了ROD1作為水稻免疫調控核心“感病基因”(susceptibility gene)的地位,使其成為遺傳改良提高作物抗病性的理想靶點。然而,ROD1基因在小麥這一重要谷物中的功能及其抗病育種潛力尚屬未知。
為了回答上述問題,研究人員在《Plant Communications》上發表了題為“Targeted editing of TaROD1 confers disease resistance to both Fusarium head blight and powdery mildew in wheat without growth penalty”的研究論文。該研究首次在小麥中揭示了TaROD1的功能,并通過先進的基因編輯技術,成功創制了兼具赤霉病和白粉病雙重抗性且不犧牲產量的新型小麥材料,為小麥抗病育種開辟了新路徑。
本研究主要運用了幾個關鍵技術方法:首先,通過生物信息學分析鑒定了小麥中的TaROD1同源基因;其次,利用CRISPR/Cas9基因組編輯技術,在“Fielder”小麥品種中對三個TaROD1同源基因(TaROD1-4A, TaROD1-7A, TaROD1-7D)進行同步敲除,并篩選獲得純合突變體;然后,通過溫室和田間試驗系統評估了突變體的抗病性(針對赤霉病菌F. graminearum和白粉病菌Blumeria graminis f. sp. tritici, Bgt)和關鍵農藝性狀;最后,采用RNA測序(RNA-seq)技術比較野生型和突變體在病原菌侵染不同時間點的轉錄組變化,并利用組織化學染色和定量方法檢測了活性氧(ROS)積累。
TaROD1同源基因的鑒定與突變體創制
研究人員首先在小麥基因組中鑒定出三個水稻OsROD1的同源基因,分別位于4A、7A和7D染色體上,命名為TaROD1-4A、TaROD1-7A和TaROD1-7D。蛋白序列比對和結構預測(AlphaFold)顯示,小麥和水稻的ROD1蛋白在序列和核心結構上具有較高的保守性。值得注意的是,這三個TaROD1基因在接種赤霉病菌后均表現出顯著的轉錄誘導,這與水稻中OsROD1的表達模式相似,暗示它們可能在小麥免疫中扮演類似的負調控角色。為了驗證這一假設,研究團隊利用CRISPR/Cas9技術,設計了兩條向導RNA(sgRNA)靶向三個TaROD1同源基因的保守編碼區,在“Fielder”品種中成功獲得了編輯效率高、且三個同源基因均發生移碼突變或大片段缺失的純合突變體株系(如#55-2, #55-3-2, #61-4-3)。脫靶效應分析表明這些突變體是干凈的。
TaROD1敲除顯著增強對赤霉病和白粉病的抗性
抗病性表型鑒定是本研究的核心。在抽穗期進行赤霉病接種試驗發現,與野生型相比,Tarod1突變體小麥的病小穗擴展速度顯著減慢,病小穗數量和嚴重度明顯降低,表現出極強的赤霉病抗性。幼苗期的接種試驗同樣證實了突變體對赤霉菌的抗性增強,病原菌生物量定量分析表明突變體中的真菌定殖量顯著減少。更為重要的是,研究還發現Tarod1突變體對另一種重要葉部病害——白粉病也表現出顯著增強的抗性。白粉病菌落變小,但寄主細胞死亡并未顯著增加,表明這種抗性并非由NLR(Nucleotide-Binding Site Leucine-Rich Repeat)介導的免疫過度激活引起,可能是一種更為溫和持久的抗性機制。
TaROD1敲除不引起生長代價
一個成功的抗病育種策略必須確保不犧牲作物的產量和農藝性狀。令人振奮的是,在正常生長條件下,Tarod1突變體在株高、分蘗數、穗長、每穗小穗數、千粒重、粒寬、粒長以及單株產量等一系列關鍵農藝性狀上與野生型相比均無顯著差異。這表明敲除TaROD1所帶來的抗性增益并未伴隨明顯的生長代價,這一點與水稻中敲除OsROD1導致嚴重生長缺陷形成了鮮明對比,研究者推測六倍體小麥的基因組冗余性可能緩沖了這種副作用。
無轉基因殘留突變體的田間驗證
為了推進其育種應用,研究人員進一步分離獲得了不含轉基因成分的Tarod1純合突變體株系(#55-3-12)。在自然田間條件下,該株系生長發育正常,雖然籽粒略有變小,但由于每穗粒數有所增加,其單株產量與野生型持平。更重要的是,田間赤霉病抗性評價再次證實了該無轉基因突變體具有顯著增強的抗病性,展現了其直接應用于育種實踐的潛力。
TaROD1調控抗病性的可能機制
為了深入探究Tarod1突變體抗性增強的分子機制,研究者對接種赤霉病菌后不同時間點(0, 24, 48小時)的野生型和突變體材料進行了轉錄組比較分析。結果顯示,在接種48小時后,突變體中上調表達的基因顯著富集在“胞外區域”、“對生物刺激的響應”和“氧化還原酶活性”等GO(Gene Ontology)類別中。胞外區域是植物-病原互作的前沿陣地,其中許多基因編碼病原菌相關(Pathogenesis-Related, PR)蛋白等抗菌物質。熱圖分析顯示,多個胞外區域相關基因(如PR1s)在突變體中的表達水平顯著高于野生型。此外,幾丁質(chitin,真菌細胞壁成分)激發處理后,突變體穎殼中的活性氧(ROS)爆發明顯增強。這些結果表明,TaROD1功能的喪失可能使小麥植株處于一種“預激活”(primed)的免疫狀態,當病原菌入侵時,能夠更快、更強地啟動免疫反應,特別是胞外防御和氧化爆發,從而有效遏制病原菌的擴展。
綜上所述,本研究首次證實了TaROD1是小麥中一個關鍵的免疫負調控因子,其功能在谷物間具有保守性。通過精準的基因編輯技術敲除TaROD1,能夠同時賦予小麥對赤霉病和白粉病這兩種毀滅性病害的強大抗性,且不犧牲農藝產量,打破了抗病性常伴隨生長代價的瓶頸。尤為重要的是,該研究揭示的抗病機制獨立于目前廣泛使用的Fhb1位點,為小麥抗病育種提供了新的基因資源和育種策略。將TaROD1編輯與Fhb1等現有抗性基因聚合,有望產生疊加效應,培育出具有更持久、更廣譜抗病性的小麥新品種,對于保障全球小麥生產的穩定和安全具有重大意義。未來的工作重點將是在更大規模、多環境下的田間試驗中進一步驗證這些優異種質的抗病性和適應性,推動其走向實際應用。