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        DIL-CRISPR:一種用于減輕昆蟲基因編輯中G0期嵌合體致死性的實用方法

        《Insect Biochemistry and Molecular Biology》:DIL-CRISPR: a practical approach to mitigate G 0 mosaic lethality in insect gene editing

        【字體: 時間:2026年01月13日 來源:Insect Biochemistry and Molecular Biology 3.7

        編輯推薦:

          基因組編輯中G0代嵌合致死問題通過稀釋CRISPR/Cas9注射試劑(DIL-CRISPR)有效緩解,以煙粉虱Met1基因為例驗證了稀釋濃度與存活率、生殖系編輯效率的平衡關系。

          
        西澤秀梨|大門隆明
        日本京都大學農學研究生院應用生物科學系,京都606-8502

        摘要

        在昆蟲中進行基因組編輯通常是通過將基因組編輯試劑注入早期胚胎來實現的,這樣產生的第0代(G0)個體會成為基因鑲嵌體。因此,針對那些其基因破壞會導致鑲嵌體致死的基因進行編輯具有挑戰性,因為大多數或所有的G0個體往往無法存活到成年,從而阻礙了編輯等位基因在生殖細胞中的傳遞。在這里,我們提出了一種簡單實用的方法——DIL-CRISPR,通過系統性地稀釋CRISPR/Cas9注射混合物來減輕G0的鑲嵌體致死性。以煙草切根蟲Spodoptera litura和幼蟲激素受體基因Met1作為基準,我們證明了稀釋注射混合物可以降低幼蟲-蛹期鑲嵌體表型的嚴重程度,并以劑量依賴的方式提高G0的存活率。擴增子測序進一步顯示,隨著稀釋程度的增加,體細胞突變頻率下降,而生殖細胞突變率仍然足以建立突變系。值得注意的是,我們檢測到體細胞和生殖細胞編輯效率之間存在顯著差異,這可能反映了高度編輯的致死鑲嵌體在達到成年之前就被選擇性地淘汰了。因此,我們得出結論,DIL-CRISPR提供了一種可靠的方法來平衡G0的存活率和生殖細胞編輯效果,將一種經驗性的稀釋實踐轉化為一種可推廣的策略。總體而言,這種方法為生成具有鑲嵌體致死基因的突變系提供了實用的解決方案,并且適用于多種昆蟲物種,有助于在非模式昆蟲中進行功能遺傳學研究。

        引言

        基因組編輯技術的發展使得我們能夠詳細研究各種動物、植物和微生物的基因功能(Carroll, 2014; Knott and Doudna, 2018; Ran et al., 2013)。在昆蟲中,基因組編輯通常是通過將CRISPR/Cas9等基因組編輯工具注入早期胚胎來進行的(Ahmed et al., 2025; Bassett and Liu, 2014; Bassett et al., 2013; Daimon et al., 2014)。由于昆蟲胚胎在注射時處于合胞胚階段,并且會發生表面切割,因此產生的G0(第0代)個體會成為攜帶野生型(wt)和多個突變等位基因混合物的基因鑲嵌體(Ahmed et al., 2025; Daimon, 2015; Daimon et al., 2014)。
        一般來說,體細胞鑲嵌型的G0個體提供了一個評估目標基因非細胞自主功能的有用機會,而無需建立穩定的突變系(Ahmed et al., 2025; Daimon, 2015; Daimon et al., 2014; Zhang and Reed, 2017)。這種G0鑲嵌體方法允許在單一代內評估表型(Mazo-Vargas et al., 2022; Yoda et al., 2014; Zhang and Reed, 2016)。然而,對于許多項目來說,建立可遺傳的基因組編輯系仍然是必要的,因為基因固定的突變等位基因能夠支持詳細且可重復的表型分析。
        先前的研究表明,當破壞那些其缺失會導致G0鑲嵌體致死的基因時,會遇到一個主要障礙(Daimon, 2015; Daimon et al., 2014; Sollazzo et al., 2024; Wu et al., 2018)。對于這類基因,G0個體的體細胞鑲嵌現象會阻止其發育成可育的成蟲,因為大多數或所有的G0個體都會因鑲嵌體致死表型而死亡。在產生高編輯效率的實驗條件下,這一難題尤為突出。盡管在研究非模式昆蟲的研究人員中這一點被廣泛認可(Daimon, 2015; Sollazzo et al., 2024; Wu et al., 2018; Zhang and Reed, 2017),但這個“G0致死問題”僅被間接提及,尚未建立通用解決方案。
        在G0體細胞鑲嵌體分析中,人們采用了一種經驗性方法來處理與目標基因破壞相關的致死現象。例如,Zhang和Reed(2017)描述了降低注射的Cas9核糖核蛋白(RNPs)濃度可以減少蝴蝶的鑲嵌體致死性。此外,在家蠶Bombyx mori中,我們之前在嘗試建立抗變態轉錄因子基因Krüppel homolog 1Kr-h1)的生殖細胞突變系時遇到了困難,因為所有的G0幼蟲都死于幼蟲-蛹期鑲嵌體,沒有存活的成蟲出現(Daimon et al., 2014)。后來,我們通過將轉錄激活因子樣內切酶mRNAs的注射混合物稀釋至1/100來建立了可遺傳的突變系(T.D.,未發表的結果)。盡管有這些觀察結果,但這種稀釋策略尚未經過系統測試。因此,目前尚不清楚它是否能夠可靠地支持從存活的G0成蟲中恢復可遺傳的突變。在沒有定量分析稀釋如何影響體細胞和生殖細胞編輯結果的情況下,這種稀釋方法仍然只是一種缺乏明確技術或理論基礎的實踐。
        在本研究中,我們旨在提供技術和概念基礎,以克服昆蟲基因組編輯中的G0鑲嵌體致死性。我們研究了稀釋Cas9 RNP注射混合物是否可以減輕G0的致死性,并使下一代能夠恢復生殖細胞突變。為此,我們使用了煙草切根蟲Spodoptera litura作為模型物種,并針對鑲嵌體致死基因Met1Methoprene-tolerant 1)進行實驗,該基因編碼一種幼蟲激素(JH)受體(Daimon et al., 2015; Konopova and Jindra, 2007)。通過系統地稀釋Cas9 RNP注射混合物,我們評估了稀釋對G0存活率、體細胞鑲嵌表型和生殖細胞突變率的影響。此外,我們還定量評估了G0體細胞和生殖細胞中的編輯效率,以確定稀釋如何調節編輯結果。
        我們的結果清楚地表明,稀釋可以減輕G0的鑲嵌體致死性。稀釋增加了能夠存活到成年并成功將編輯等位基因傳遞給后代的G0個體的比例。隨著稀釋程度的增加,體細胞和生殖細胞的編輯效率都下降了,這表明稀釋可以在減少致死性體細胞編輯的同時保持足夠的生殖細胞編輯,從而確保可遺傳的傳遞。綜上所述,我們發現DIL-CRISPR(一種通過稀釋CRISPR/Cas9注射混合物創建的方法)提供了一種簡單、實用且可推廣的方法來解決G0致死性問題。

        章節片段

        昆蟲

        我們維持了一種野生型(wt)的Spodoptera litura實驗室品系[Ishihara品系(Cheng et al., 2017)(鱗翅目:夜蛾科)(Maruoka et al., 2024; Shirai et al., 2021)。簡要來說,幼蟲在人工飼料(Kuwanohana或Insecta-LFS)上飼養,溫度為25 ± 1 °C,光照周期為12L:12D。蛹被鑒定性別,成蟲則提供10%的蜂蜜溶液。

        Cas9和sgRNA的制備

        我們從Integrated DNA Technologies (IDT)購買了Cas9蛋白(Alt-R S.p. Cas9 Nuclease V3,目錄號#1081058)。

        Met1基因受損的幼蟲中G0鑲嵌體致死性

        我們選擇S. litura作為模型物種,因為它具有六個幼蟲齡期(圖1A),并且有高質量的全基因組序列(Cheng et al., 2017)和成熟的胚胎顯微注射方法(Maruoka et al., 2024; Shirai et al., 2021)。我們選擇Met1基因是因為其基因破壞預計會導致幼蟲致死,這一點在之前的家蠶Bombyx mori研究中也有報道(Daimon et al.,

        討論

        我們的研究結果表明,稀釋Cas9 RNP注射混合物(我們稱之為DIL-CRISPR)提供了一種簡單實用的方法來減輕G0的鑲嵌體致死性。此外,通過調整注射混合物的濃度,可以平衡G0的鑲嵌體致死性和生殖細胞突變率,從而為建立生殖細胞突變系提供合理的策略。
        為了驗證這種方法,我們使用Met1作為基準基因。鱗翅目昆蟲擁有兩個同源的Met

        CRediT作者貢獻聲明

        大門隆明:撰寫——審稿與編輯,撰寫——原始草稿,可視化,監督,資金獲取,正式分析,數據管理,概念化。西澤秀梨:撰寫——原始草稿,方法學,研究,數據管理

        數據可用性

        擴增子測序數據集已存放在FigShare上,DOI為https://doi.org/10.6084/m9.figshare.30773864。原始數據包含在手稿中。如需更多支持數據,可向相應作者索取。

        利益沖突聲明

        我們聲明沒有利益沖突。

        致謝

        我們感謝Shirai Yu在卵顯微注射方面的指導,感謝Zefu Wan在顯微注射實驗中的協助,以及Daimon實驗室成員們的寶貴討論。這項工作得到了JSPS KAKENHI(編號24H00511, 24K21869, 22K19179, 20H02999)的支持,部分還得到了日本內閣府跨部門Moonshot農業、林業和漁業研究與發展計劃(編號JPJ009237)的支持(T.D.)。
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