綜述:植物生長促進(jìn)微生物、CRISPR/Cas基因編輯技術(shù)以及人工智能/機器學(xué)習(xí)技術(shù)在緩解非生物脅迫和支持氣候適應(yīng)性農(nóng)業(yè)方面的綜合應(yīng)用:綜述
《Plant Gene》:Integrative approaches of plant growth-promoting microbes, CRISPR/Cas gene editing, and AI/ML technologies for abiotic stress alleviation and support climate-resilient agriculture: A review
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氣候變化與人類活動加劇了干旱、鹽漬化等非生物脅迫,威脅全球糧食安全。植物生長促進(jìn)微生物(PGPMs)通過合成植物激素、積累滲透物質(zhì)及增強抗氧化活性,幫助作物應(yīng)對脅迫。CRISPR/Cas技術(shù)精準(zhǔn)編輯微生物和植物基因,提升抗逆性。人工智能與機器學(xué)習(xí)結(jié)合多組學(xué)數(shù)據(jù),優(yōu)化精準(zhǔn)農(nóng)業(yè)管理。整合生物學(xué)、基因編輯與計算技術(shù),構(gòu)建系統(tǒng)化解決方案,推動氣候適應(yīng)型農(nóng)業(yè)發(fā)展。
阿南德·庫馬爾(Aanand Kumar)|梅揚克·巴斯卡爾(Mayank Bhaskar)|阿納米卡·庫什瓦哈(Anamika Kushwaha)|阿努帕姆·拉瓦特(Anupam Rawat)|拉達(dá)·拉尼(Radha Rani)
印度普拉亞格拉杰莫蒂拉爾·尼赫魯國家技術(shù)學(xué)院(Motilal Nehru National Institute of Technology, Prayagraj)生物技術(shù)系
摘要
人類活動的大量增加導(dǎo)致了氣候變化和環(huán)境污染的加劇,嚴(yán)重擾亂了全球生態(tài)系統(tǒng)和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)力。食物生產(chǎn)的可持續(xù)性受到非生物因素的威脅,這些因素在當(dāng)今農(nóng)業(yè)中越來越普遍,如鹽分、干旱、極端溫度(高溫和低溫)、重金屬毒性以及合成污染。因此,開發(fā)具有抗逆性和生態(tài)可持續(xù)性的農(nóng)業(yè)方法變得至關(guān)重要。促植物生長微生物(Plant Growth Promoting Microbes, PGPMs)通過合成植物激素、調(diào)節(jié)滲透壓物質(zhì)、增強抗氧化活性以及提高養(yǎng)分吸收能力,為改善土壤健康和提高植物耐逆性提供了有前景的可持續(xù)選擇;贑RISPR/Cas的基因組編輯技術(shù)的最新發(fā)展使得能夠精確修改有益微生物和耐逆植物的基因,大大加速了抗逆品種的培育。人工智能(AI)和機器學(xué)習(xí)(ML)利用環(huán)境數(shù)據(jù)、多組學(xué)信息和成像技術(shù),實現(xiàn)了精準(zhǔn)農(nóng)業(yè)中的實時脅迫監(jiān)測、預(yù)測建模和資源優(yōu)化。鑒于氣候變化的威脅,PGPMs、CRISPR驅(qū)動的基因改良以及AI驅(qū)動的分析方法為減輕非生物脅迫、改善土壤、植物和地下微生物之間的復(fù)雜關(guān)系以及提高農(nóng)業(yè)生產(chǎn)力提供了全面而長期的策略。除了減少生態(tài)足跡外,這種綜合方法還指明了在氣候不確定時代實現(xiàn)具有抗逆性的農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)和全球糧食安全的方向。
引言
人口快速增長、城市化和工業(yè)化導(dǎo)致了全球變暖和氣候變化,帶來了嚴(yán)重的非生物脅迫,如干旱、鹽堿化和極端溫度,這些因素顯著降低了作物產(chǎn)量(Kumar和Rani,2025年)。預(yù)計與氣候相關(guān)的脅迫將使全球產(chǎn)量減少70%,由于預(yù)計到2050年全球人口將達(dá)到100億,這將危及糧食安全。這種增長加上盡管可耕地面積減少但仍需將糧食產(chǎn)量提高60-100%的需求(FAO,2024年),構(gòu)成了重大挑戰(zhàn)。城市擴張、土壤侵蝕和沙漠化使可耕地面積從1961年的16億公頃減少到2022年的14億公頃,每年損失約1200萬公頃(Viana等人,2022年;IPCC,2023年)。
過度使用合成農(nóng)用化學(xué)品(如化學(xué)肥料和農(nóng)藥)導(dǎo)致了嚴(yán)重的土壤肥力喪失和環(huán)境破壞。全球化肥消耗量,主要是氮(N?)、磷(P)和鉀(K),急劇增加:從1965年的4630萬噸增加到2021年的1.954億噸,其中氮肥占化肥總消耗量的一半以上(Adalibieke等人,2023年;FAO,2024年)。同樣,2022年全球農(nóng)藥使用量超過了200萬噸,其中除草劑占47.5%,殺蟲劑占29.5%,殺菌劑占17.5%。中國、美國和印度是這些化學(xué)品的主要消費國(Bhaskar等人,2023年;Pappalardo等人,2022年;Sharma等人,2019年)。人口增長、城市化和工業(yè)化的加速引發(fā)了全球變暖和氣候變化,造成了極端非生物脅迫,如水資源短缺、鹽分脅迫、高溫和低溫,這些因素對全球植物產(chǎn)量產(chǎn)生了巨大影響(Kumar和Rani,2025年)。預(yù)計與氣候相關(guān)的脅迫將在未來幾年導(dǎo)致全球作物產(chǎn)量減少70%,而在2050年人口達(dá)到100億的世界中,將很難確保糧食安全,因為需要將糧食產(chǎn)量提高60-100%,而可用的農(nóng)業(yè)面積卻在減少(FAO,2024年)。此外,由于城市發(fā)展、土壤退化和沙漠化,可耕地面積從1961年的16億公頃減少到2022年的14億公頃,每年損失約1200萬公頃(Viana等人,2022年;IPCC,2023年)。過度使用合成農(nóng)用化學(xué)品導(dǎo)致土壤肥力喪失和環(huán)境惡化。
此外,2022年全球農(nóng)藥使用量超過200萬噸,其中除草劑占47.5%,殺蟲劑占29.5%,殺菌劑占17.5%。中國、美國和印度是農(nóng)藥消費最多的國家(Bhaskar等人,2023年;Pappalardo等人,2022年;Sharma等人,2019年)。這些化學(xué)品的過度使用釋放了溫室氣體,導(dǎo)致土壤酸化,減少了有機碳,并擾亂了養(yǎng)分循環(huán),損害了土壤健康和作物產(chǎn)量(Pahalvi等人,2021年)。此外,森林砍伐和化石燃料燃燒預(yù)計將在2100年使大氣中的二氧化碳濃度達(dá)到800 ppm,這可能會加速溫度上升并降低主要谷物的產(chǎn)量,從而進(jìn)一步惡化全球糧食安全(IPCC,2023年;Nunes,2023年)。世界上超過95%的人口依賴大米、小麥和玉米等主食作為主要食物來源。因此,提高產(chǎn)量對于糧食安全、社會和經(jīng)濟穩(wěn)定至關(guān)重要(FAO,2024年;Asma等人,2023年)。然而,全球氣候變化、水資源短缺和進(jìn)一步的環(huán)境退化阻礙了作物產(chǎn)量的提高(Waqas等人,2019年;IPCC,2023年)。干旱脅迫、鹽分脅迫、高溫和低溫脅迫擾亂了所有關(guān)鍵的生理和生化過程,包括光合作用和呼吸作用、養(yǎng)分吸收以及抗氧化防御機制,導(dǎo)致植物生長和產(chǎn)量受到抑制(Hasanuzzaman等人,2020年)。
在這種情況下,促植物生長微生物(PGPMs)作為一種高效且環(huán)保的替代傳統(tǒng)方法(包括化學(xué)處理和傳統(tǒng)育種)而受到關(guān)注。這些生活在根際的有益細(xì)菌通過促進(jìn)養(yǎng)分吸收、控制植物激素產(chǎn)生、生成滲透壓物質(zhì)以及增強抗氧化防御,使植物能夠在惡劣條件下茁壯成長。當(dāng)植物與這些微生物協(xié)同作用時,它們更能耐受非生物脅迫并提高產(chǎn)量(Abdelaal等人,2021年;Akhreim等人,2024年;Anas等人,2025年)。除了改善植物健康外,PGPMs還能通過增強土壤的物理和化學(xué)性質(zhì)來恢復(fù)土壤肥力。這有助于促進(jìn)有益微生物群落的形成,使農(nóng)業(yè)系統(tǒng)在氣候變化期間更具適應(yīng)性和可持續(xù)性(Vurukonda等人,2024年)。與生物技術(shù)相結(jié)合,利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)進(jìn)行靶向基因組編輯,可以加速培育抗逆品種(Chavhan等人,2025年)。此外,通過利用多組學(xué)、表型組學(xué)和環(huán)境數(shù)據(jù)流進(jìn)行實時評估,人工智能(AI)和機器學(xué)習(xí)(ML)技術(shù)以及物聯(lián)網(wǎng)(IoT)和遙感平臺在精準(zhǔn)農(nóng)業(yè)中的應(yīng)用變得至關(guān)重要(Mansoor等人,2025年)。通過結(jié)合使用PGPMs的微生物接種、CRISPR的功能基因組學(xué)以及由AI/ML支持的精準(zhǔn)系統(tǒng),提供了一種綜合的、協(xié)同的方法,以減輕非生物脅迫、增強植物-微生物-土壤相互作用、優(yōu)化資源利用效率并在多變的氣候條件下維持作物產(chǎn)量(Chavhan等人,2025年;Abdelaal等人,2021年)。與僅關(guān)注PGPMs進(jìn)展、CRISPR/Cas基因組編輯或AI/ML應(yīng)用的現(xiàn)有文獻(xiàn)不同(Ansabayeva等人,2025年;Akhreim等人,2024年;Baburao等人,2023年),本綜述提出了一個統(tǒng)一的概念框架,整合了生物、遺傳和計算策略來應(yīng)對非生物脅迫。該框架闡明了微生物介導(dǎo)的脅迫調(diào)節(jié)如何指導(dǎo)基因組編輯目標(biāo),CRISPR工程化特征如何為基于AI/ML的預(yù)測建模生成高分辨率數(shù)據(jù)集,以及算法驅(qū)動的見解如何指導(dǎo)田間條件下微生物和遺傳方法的合理應(yīng)用。通過整合這些傳統(tǒng)上相互獨立的方法,將非生物脅迫緩解重新定義為一種系統(tǒng)級、數(shù)據(jù)驅(qū)動的過程,而不僅僅是一系列獨立的解決方案。這種綜合視角為下一代抗逆農(nóng)業(yè)奠定了基礎(chǔ),這種農(nóng)業(yè)在機制上是有依據(jù)的、可擴展的,并能適應(yīng)環(huán)境變化。
部分摘錄
促植物生長(PGP)微生物
根際,通常稱為根系,是一個充滿活力和動態(tài)的區(qū)域,是許多對植物發(fā)育、生存和整體健康至關(guān)重要的細(xì)菌的家園。這些有益細(xì)菌,稱為PGPMs,是幫助植物應(yīng)對干旱、鹽分和高溫等環(huán)境脅迫的天然伙伴(Vurukonda等人,2024年)。主要的屬包括Bacillus、Rhizobium、Pseudomonas、Azospirillum以及叢枝菌根真菌(AMF)
鹽分脅迫及其對土壤和植物的影響
鹽分是一種主要的非生物脅迫,嚴(yán)重?fù)p害了全球植物的生長和產(chǎn)量。它既由自然過程引起,也由增加土壤中可溶性鹽分(尤其是NaCl)的人類活動引起(El-Ramady等人,2024年)。在全球范圍內(nèi),有13.81億公頃(占總土地的10.7%)受到鹽分脅迫的影響,由于氣候變化導(dǎo)致的降水和蒸散模式的變化,這一數(shù)字可能會繼續(xù)增加(FAO,2024年)。
干旱脅迫對植物的影響
多種因素導(dǎo)致土壤干旱,如灌溉用水不足、降雨量不足、空氣溫度過高或過低以及鹽分含量過高(Bastos等人,2021年)。干旱脅迫會降低植物的形態(tài)、生理和生化特性,從而降低作物產(chǎn)量(Wahab等人,2022年)。干旱條件會導(dǎo)致植物細(xì)胞膨脹和分化受到抑制。
用于溫度脅迫管理和緩解的PGPMs
溫度對植物生長和產(chǎn)量有重要影響,極端高溫或低溫會導(dǎo)致顯著的形態(tài)、生理和生化紊亂,從而導(dǎo)致全球作物產(chǎn)量下降(圖3)。最近的研究估計,在未來二十年里,平均氣溫每年將上升約0.20°C,威脅到小麥、水稻和玉米等主糧作物的產(chǎn)量,可能導(dǎo)致產(chǎn)量下降24%-52%(Khan等人,2020年)。PGPMs通過增強
利用CRISPR進(jìn)行的功能基因組學(xué)以增強植物適應(yīng)性和耐逆性
成簇規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(CRISPR)系統(tǒng)最初是在原核生物中作為一種適應(yīng)性免疫機制被發(fā)現(xiàn)的,現(xiàn)已成為植物精確基因組工程的強大平臺(Devi等人,2023年)。在大約一半的細(xì)菌和大多數(shù)古菌基因組中,CRISPR位點以短重復(fù)-間隔序列陣列的形式組織,這些序列作為與外來遺傳元素相互作用的歷史記錄,從而賦予序列特異性免疫利用AI和機器人技術(shù)進(jìn)行氣候抗逆農(nóng)業(yè)中的非生物脅迫監(jiān)測
機器學(xué)習(xí)和人工智能(ML)通過實現(xiàn)數(shù)據(jù)驅(qū)動、預(yù)測性和適應(yīng)性農(nóng)業(yè)系統(tǒng),正在改變非生物脅迫的管理方式。將AI模型與物聯(lián)網(wǎng)傳感器、遙感和高通量成像技術(shù)相結(jié)合,有助于實時監(jiān)測植物健康、土壤濕度和環(huán)境參數(shù),支持精準(zhǔn)農(nóng)業(yè)框架(Baburao等人,2023年)。像Precision Agriculture Counselor和Agro-Optimizer這樣的先進(jìn)平臺利用物聯(lián)網(wǎng)和AI的融合來實現(xiàn)當(dāng)前的局限性和綜合挑戰(zhàn)
盡管在PGPMs、CRISPR/Cas基因組編輯和AI/ML技術(shù)用于減輕非生物脅迫方面取得了顯著進(jìn)展,但它們大多獨立發(fā)展,限制了這些技術(shù)的實際應(yīng)用效果。因此,對現(xiàn)有瓶頸、機制差異和實際整合進(jìn)行關(guān)鍵評估對于充分發(fā)揮它們在氣候抗逆農(nóng)業(yè)中的潛力至關(guān)重要。
結(jié)論與未來展望
氣候變化和人類活動的加劇導(dǎo)致了干旱、鹽分脅迫和高溫等非生物脅迫的增加,這對農(nóng)業(yè)構(gòu)成了威脅。這需要向更加抗逆和環(huán)保的農(nóng)業(yè)系統(tǒng)轉(zhuǎn)變。計算技術(shù)、遺傳技術(shù)和生物技術(shù)的結(jié)合滿足了這一需求。PGPMs在根際發(fā)揮作用,通過促進(jìn)養(yǎng)分吸收、平衡植物激素水平以及通過調(diào)節(jié)滲透壓物質(zhì)和增強抗氧化活性來加強植物的抗逆能力。
CRediT作者貢獻(xiàn)聲明
阿南德·庫馬爾(Aanand Kumar):撰寫——審稿與編輯、撰寫——初稿、驗證、方法論、正式分析、數(shù)據(jù)管理、概念化。梅揚克·巴斯卡爾(Mayank Bhaskar):撰寫——審稿與編輯、撰寫——初稿、方法論、概念化。阿納米卡·庫什瓦哈(Anamika Kushwaha):撰寫——審稿與編輯、監(jiān)督。阿努帕姆·拉瓦特(Anupam Rawat):撰寫——審稿與編輯、正式分析。拉達(dá)·拉尼(Radha Rani):撰寫——審稿與編輯、監(jiān)督、研究、正式分析、概念化。
未引用的參考文獻(xiàn)
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Gavrilescu,2021年
Guo等人,2024年
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利益沖突聲明
作者聲明他們沒有已知的可能會影響本文所述工作的競爭性財務(wù)利益或個人關(guān)系。