一種基于分裂DNA的新方法,用于激活CRISPR/Cas12a系統(tǒng),實現(xiàn)無需擴增、雙刺激響應(yīng)的miRNA-221檢測以及精確成像
《Talanta》:A new split DNA-based activation of CRISPR/Cas12a for amplification-free and dual-stimulus responsive detection and precise imaging of miRNA-221
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時間:2026年01月26日
來源:Talanta 6.1
編輯推薦:
CRISPR/Cas12a系統(tǒng)通過分DNA激活與APE1輔助實現(xiàn)miRNA-221的高靈敏度檢測和精準成像,避免擴增步驟并降低假陽性。
梁龍金|徐斌|肖世秀|穆曉梅|趙樹林|田建鳥
中國教育部藥用資源化學與分子工程重點實驗室,廣西藥用資源化學與分子工程重點實驗室,廣西師范大學特色藥用資源化學工程研究中心,化學與藥學學院,桂林541004,中國
摘要
CRISPR/Cas12a系統(tǒng)是一種廣泛應(yīng)用于生物傳感和分子診斷的基因編輯技術(shù)。然而,其核心組分的檢測和調(diào)控仍然具有挑戰(zhàn)性。因此,我們構(gòu)建了一種新的基于分裂DNA的激活方法來調(diào)控CRISPR/Cas12a,并在此基礎(chǔ)上開發(fā)了一種無需擴增和復雜設(shè)計的APE1輔助激活CRISPR/Cas12a系統(tǒng),用于miRNA檢測和精確成像。使用兩條分裂DNA作為激活劑,并將其嵌入兩個發(fā)夾結(jié)構(gòu)中。當APE1和miRNA-221同時被引入時,DNA邏輯門被激活,從而釋放決定性激活鏈,激活CRISPR/Cas12a系統(tǒng)的轉(zhuǎn)剪切活性,使熒光探針信號顯著增強。設(shè)計了不同的切割激活鏈發(fā)夾結(jié)構(gòu),并討論了它們對CRISPR/Cas12a轉(zhuǎn)剪切活性和激活效果的影響。該方法成功應(yīng)用于檢測細胞裂解物中的miRNA-221表達水平。miRNA-221的檢測限為9.71 pmol/L(信噪比=3)。同時,該方法還可用于不同細胞內(nèi)miRNA-221的精確成像,并能有效區(qū)分腫瘤細胞。本研究結(jié)合了分裂激活劑對CRISPR/Cas系統(tǒng)的調(diào)控與雙響應(yīng)DNA邏輯電路的優(yōu)勢。雙響應(yīng)激活設(shè)計有效減少了假陽性信號,提高了檢測和成像的準確性。這種方法為利用分裂DNA激活CRISPR/Cas系統(tǒng)進行核酸檢測和細胞成像提供了新的設(shè)計思路。
引言
CRISPR/Cas(規(guī)律間隔短回文重復序列相關(guān)Cas蛋白)系統(tǒng)是細菌和古菌中的適應(yīng)性免疫系統(tǒng)[1],[2],用于抵御噬菌體和質(zhì)粒等外源遺傳物質(zhì)的入侵。它是一種強大的基因編輯技術(shù),在生物醫(yī)學、農(nóng)業(yè)和工業(yè)領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用[3],[4]。CRISPR/Cas12a(Cpf1)是CRISPR-Cas系統(tǒng)的一個成員,屬于II類V型CRISPR-Cas系統(tǒng)[5],[6],[7]。CRISPR/Cas12a系統(tǒng)可以通過識別目標雙鏈DNA(dsDNA)或單鏈DNA(ssDNA)被激活,激活的Cas12a可以對周圍的ssDNA進行非特異性轉(zhuǎn)剪切[8],[9],[10],[11]。基于這一特性,它非常適用于核酸檢測。脫氧核糖核酸(DNA)可以直接被CRISPR/Cas12a識別和檢測,而對于類似miRNA的目標分子,則需要先進行逆轉(zhuǎn)錄成DNA,但這種檢測方法通常不夠靈敏,且需要核酸擴增,例如重組酶聚合酶擴增(RPA)[12]、鏈替換擴增[13]、實時熒光定量PCR(qRT-PCR)[14]、滾環(huán)擴增(RCA)[15]和環(huán)介導等溫擴增(LAMP)[16]。然而,由于CRISPR/Cas12a一旦被激活,會無差別地剪切周圍的ssDNA,這可能導致核酸擴增模板降解,從而降低擴增效果[17]。因此,CRISPR/Cas12a的激活和核酸擴增不能同時進行,通常需要分階段添加或逐步反應(yīng)來完成,這會增加污染風險并延長反應(yīng)時間。
為了解決上述問題,研究人員嘗試通過控制crRNA的釋放來調(diào)節(jié)Cas12a的活性,以減少CRISPR/Cas的背景泄漏并實現(xiàn)一步檢測。例如,修改crRNA鏈中的光不穩(wěn)定基團[18],或使用與crRNA雜交的寡核苷酸鏈來阻斷crRNA的識別[19],[20],[21]。這一過程需要優(yōu)化crRNA上光不穩(wěn)定基團的位置以及寡核苷酸鏈與crRNA的比例;不當?shù)奈恢煤捅壤龝绊戦]合效果。另一種策略是通過調(diào)整crRNA的結(jié)構(gòu)來調(diào)節(jié)crRNA與Cas12a的結(jié)合活性。通過延長crRNA的5'端或3'端來閉合crRNA,從而抑制Cas12a的活性[22],[23],[24],并通過目標分子釋放crRNA作為開關(guān)來激活Cas12a以實現(xiàn)信號釋放。但使用延長的RNA會導致復雜的二級結(jié)構(gòu)形成和較高的合成成本。因此,迫切需要一種更簡單、更通用的激活劑閉合方式,能夠在目標暴露后迅速恢復CRISPR/Cas12a系統(tǒng)的功能,而無需對crRNA結(jié)構(gòu)進行復雜和嚴格的修飾。
最近,羅某和耿某等人發(fā)現(xiàn)分裂DNA激活劑可以表現(xiàn)出協(xié)同效應(yīng)[25],[26],[27],通過分裂DNA的協(xié)同作用激活Cas12a的轉(zhuǎn)剪切活性,從而實現(xiàn)高信號釋放?啄车难芯啃〗M發(fā)現(xiàn)了CRISPR/Cas12a的“RESET”效應(yīng),即當激活鏈形成完整的發(fā)夾結(jié)構(gòu)時,會抑制其激活CRISPR/Cas12a系統(tǒng)的能力[28],[29];诖,在本文中,我們設(shè)計了隱藏在兩個發(fā)夾結(jié)構(gòu)莖部的分裂CRISPR/Cas12a系統(tǒng)激活劑,目標miRNA的堿基互補配對使發(fā)夾結(jié)構(gòu)打開,從而暴露出一半的激活鏈。另一半激活鏈通過APE1(Apurinic/apyrimidinnic內(nèi)切酶1)的剪切作用被釋放,釋放出的兩條分裂激活鏈可以特異性結(jié)合crRNA形成完整的激活鏈并激活CRISPR/Cas12a,從而快速實現(xiàn)信號釋放。這種多刺激響應(yīng)和分裂激活的CRISPR/Cas系統(tǒng)為精準診斷和成像研究領(lǐng)域的基因編輯系統(tǒng)提供了新的范例。
材料
本實驗中的所有寡核苷酸鏈均通過高效液相色譜(HPLC)純化。寡核苷酸鏈、一次性吸頭、離心管、DEPC水和LbCas12a均購自上海桑工生物技術(shù)有限公司。MCF-7、MDA-MB-231、MCF-10A和HK-2細胞購自上海生物研究所。實驗中使用的DNA鏈溶解在Tris-HCl中,濃度為100 μM;RNA鏈
原理設(shè)計
miRNA-221在多種腫瘤(如乳腺癌、肝癌和肺癌)中異常表達,其表達水平通常升高,通過檢測miRNA-221的表達有助于腫瘤的早期診斷。本文中,miRNA-221被用作目標模型,設(shè)計了基于APE1的裂解DNA激活Cas12a的啟動方法用于miRNA-221的表達分析,其原理如圖1所示。根據(jù)miRNA-221的序列,我們設(shè)計了探針H1、H2
結(jié)論
在本研究中,我們構(gòu)建了一種基于Cas12a的APE1輔助分裂DNA激活策略,并將其應(yīng)用于miRNA-221的表達分析。利用發(fā)夾結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性,巧妙地將DNA激活鏈隱藏在發(fā)夾結(jié)構(gòu)中,實現(xiàn)了對Cas12a的精確活性調(diào)控。這種雙響應(yīng)激活設(shè)計(AND邏輯門方法)減少了假陽性信號,從而提高了檢測的準確性,該方法簡單、快速且成本低
CRediT作者貢獻聲明
徐斌:驗證、軟件、資源。
梁龍金:撰寫——初稿、方法學、研究、數(shù)據(jù)管理、概念化。
田建鳥:撰寫——審閱與編輯、監(jiān)督、項目管理、資金獲取。
趙樹林:撰寫——審閱與編輯、監(jiān)督。
穆曉梅:撰寫——審閱與編輯、監(jiān)督、概念化。
肖世秀:可視化、驗證、資源。
競爭利益聲明
作者聲明沒有已知的競爭性財務(wù)利益或個人關(guān)系可能影響本文的研究工作。
致謝
本研究得到了國家自然科學基金(編號:22564006)、廣西自然科學基金(2025GXNSFBA069022)、廣西研究生教育創(chuàng)新項目(XYCSR2024087)、廣西師范大學八桂學者、廣西大學青年科研能力提升項目(2024KY0061)的支持。
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