Micromonospora屬菌株屬于革蘭氏陽性、需氧、絲狀放線菌，通常形成橙色菌落，在孢子形成過程中會變為紅色、棕色或黑色（1）。這類菌廣泛分布于土壤和與植物相關的生態位中，以產生結構多樣的次級代謝產物而聞名，包括抗生素和水解酶（2, 3）。它們豐富的生物合成基因簇（BGCs）使其成為天然產物發現和生物技術研究的首選對象。

Micromonospora屬PTRAS2菌株是從一株桑樹的根際土壤中分離得到的（地理坐標：25.6072°N, 88.1303°E；采樣日期：2025年4月6日；采樣時間：上午10:30（IST時間）。將10克土壤樣本懸浮在90毫升無菌0.9% NaCl溶液中，進行系列稀釋后接種到淀粉酪蛋白瓊脂培養基上（成分：淀粉10.0克、KNO₃ 2.0克、NaCl 2.0克、K₂HPO₄ 2.0克、MgSO₄·7H₂O 0.05克、CaCO₃ 0.02克、FeSO₄ 0.01克、酪蛋白0.3克、瓊脂20.0克、蒸餾水1升，pH值7.0），并在30°C下培養4-5天（3）。通過多次劃線培養純化單菌落。在第三次傳代后選取一個形態穩定的菌落進行進一步分析，該菌落可連續傳代12代，并保存在-80°C、20%甘油環境中。

使用標準酚-氯仿方法從該單菌落中提取基因組DNA（4）。利用KAPA HyperPlus試劑盒（Roche #07962428001）制備雙端文庫，并在Illumina NovaSeq 6000平臺上進行測序。使用Qubit 4.0和LabChip GX Touch對文庫進行定量和插入片段長度評估。測序產生了29,570,242條讀段（平均長度2 × 150 bp）。原始讀段通過FastQC v.0.11.9進行質量檢測，并使用Fastp v.0.23.4進行預處理（參數：--length_required 50 --correction --trim_poly_g --cut_front --cut_tail --qualified_quality_phred 30 --unqualified_percent_limit 30 --averageQUAL 30）。處理后的讀段使用Unicycler v.0.4.4進行de novo組裝（7）。使用CheckM2 v.1.0.1評估基因組完整性和污染情況（8），并利用BV-BRC v3.54.6進行注釋（9）。除非另有說明，所有軟件工具均使用默認參數。最終組裝得到的基因組包含82個contig，平均長度為756,057 bp，平均堿基對含量（N₅₀）為4。該基因組全長7,677,193 bp，G+C含量為73.7%，平均測序深度為577.75倍。共注釋出6,839個編碼序列，包括5個rRNA基因和59個tRNA基因。使用CGView生成了基因組環狀圖（圖1）（10）。

基因組分析發現該菌含有多種生物合成基因簇，包括多酮類、非核糖體肽以及核糖體合成和翻譯后修飾的肽類。部分基因簇與已知生物合成系統（如loseolamycin A1/A2、SapB和chromomycin A3）具有高度相似性，表明該菌具有產生新型生物活性化合物的潛力。此外，該基因組還攜帶抗菌抗性基因（如qacG和vanW），以及來自Streptomyces venezuelae的rox同源基因，提示可能存在利福霉素修飾基因的水平轉移。該基因組還包含一個明確的I-E型CRISPR-Cas系統及多個CRISPR陣列，體現了其基因組的可塑性和適應性，以及通過抗菌抗性和適應性免疫實現生存的雙重策略。

Pankaj Mandal感謝Swami Vivekananda Merit-cum-Means獎學金的支持（申請編號：WBP241720165040）。