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        新霉素敏感的腸道細菌衍生的蕓香甾醇介導了軍用冬蟲夏草多糖的抗肥胖作用

        《Food Research International》:Neomycin-sensitive gut bacteria-derived brassicasterol mediates the anti-obesity effects of cordyceps militaris polysaccharide

        【字體: 時間:2026年02月05日 來源:Food Research International 8

        編輯推薦:

          李斯特菌檢測新方法:結合等溫擴增LAMP、CRISPR/Cas12a和側流層析試紙技術,實現單細胞靈敏度檢測,無需儀器,適用于資源有限地區。

          
        伊琳娜·V·薩芬科娃(Irina V. Safenkova)| 瑪麗亞·V·卡米昂斯卡婭(Maria V. Kamionskaya)| 塔蒂亞娜·S·謝爾切尼亞(Tatyana S. Serchenya)| 奧列格·V·斯維里多夫(Oleg V. Sviridov)| 鮑里斯·B·詹季耶夫(Boris B. Dzantiev)| 阿納托利·V·熱爾杰夫(Anatoly V. Zherdev)
        俄羅斯科學院生物技術研究中心A.N.巴赫生物化學研究所,莫斯科,俄羅斯

        摘要

        單核細胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)是一種重要的食源性病原體,與高死亡率相關,尤其是在脆弱人群中,因此需要不僅高度敏感且快速,而且適用于資源有限環境的診斷方法。在這項研究中,我們開發了一種結合側向流動測試(LFT)的等溫擴增檢測方法,用于可靠地檢測單核細胞增生李斯特菌。設計了兩種檢測格式并進行比較:(1)環介導等溫擴增(LAMP)結合LFT檢測熒光素和生物素標記的擴增產物;(2)LAMP結合CRISPR/Cas12a,使用LFT檢測帶有三種熒光素標記的切割叉形探針。這兩種LFT格式都使用了金納米顆粒和抗熒光素抗體(anti-FAM)的共同結合物,但在測試區固定策略上有所不同:LAMP使用鏈霉親和素(streptavidin),而LAMP–CRISPR/Cas12a使用抗FAM。在測試的12種(引物-標記物)組合中,確定了最有效的一種,但LAMP–LFT格式的靈敏度受到高信號變異性的限制。相比之下,LAMP–CRISPR/Cas12a檢測方法針對LAMP擴增產物,并使用引導RNA,其檢測限為0.9個拷貝/反應——與LAMP–LFT相比,可檢測的DNA濃度提高了20,000多倍——并且與基于熒光的檢測技術相當。LAMP–CRISPR/Cas12a–LFT檢測方法首次被報道用于檢測經過熱裂解(95°C下10分鐘)后的單核細胞增生李斯特菌細胞,單細胞檢測限為0.2個細胞/反應(在緩沖液中),分析時間為80分鐘。這些結果展示了該方法在復雜食品基質中無設備檢測食源性病原體的潛力。

        引言

        微生物食品安全仍然是一個緊迫的全球性挑戰,細菌病原體對公共健康和食品系統穩定性構成重大風險(Madilo等人,2024年;Unnevehr,2022年)。單核細胞增生李斯特菌是最危險的食源性病原菌之一,由于其能夠在冷藏溫度下繁殖并在食品加工環境中持續存在,因此屬于需要控制的五大食源性病原菌之一(歐洲食品安全局和歐洲疾病預防控制中心,2023年;Tuytschaever等人,2023年;Vidovic等人,2024年)。當單核細胞增生李斯特菌進入人體時,會引起李斯特菌病,癥狀從惡心到腦膜炎不等(Wai等人,2020年)。單核細胞增生李斯特菌對免疫系統較弱的人、孕婦、嬰兒和老年人尤其危險(歐洲食品安全局,2025年)。當衛生和流行病學標準未得到執行時,單核細胞增生李斯特菌經常存在于食品生產中并污染食品(Vidovic等人,2024年)。南非最大的食源性疾病暴發歸因于單核細胞增生李斯特菌(Olanya等人,2019年),導致數百人死亡,這突顯了快速、準確和可獲得的診斷工具的迫切需求。盡管有現有的監管努力,但食源性病原體在供應鏈中的持續存在往往與監測不足、衛生習慣差以及食品處理人員缺乏意識有關。因此,敏感可靠的診斷系統對于及時檢測和預防污染至關重要,有助于提高微生物安全性和公共健康保護。
        大多數法規要求在即食食品中檢測非常低的細胞濃度(100 CFU/g),或零容忍水平(25克中未檢測到),這一點得到了美國食品藥品監督管理局(FDA)、美國農業部食品安全檢驗服務局(FSIS)和歐盟委員會(EC)的支持(2024年11月20日的委員會法規(EU)2024/2895號,修訂了關于單核細胞增生李斯特菌的法規(EC)第2073/2005號;Farber等人,2021年)。通過選擇培養基上的細胞生長和分析,可以確保適當的靈敏度(Jones & D'Orazio,2013年)。所選方法的靈敏度可以顯著減少細胞生長所需的時間。因此,PCR和等溫擴增方法可以在反應中達到單細胞的靈敏度(Kabiraz等人,2023年;Osek等人,2022年),從而大大縮短了細胞生長所需的時間。
        由于等溫擴增方法的發展,食源性病原菌的分子診斷技術取得了顯著進展,這些方法可以在固定溫度下指數級增加目標DNA的拷貝數(Feng等人,2025年)。其中最流行的等溫擴增類型是環介導等溫擴增(LAMP),該方法使用四到六個引物在恒定溫度下復制目標DNA,無需熱循環儀,從而實現快速高效的擴增。LAMP可以在30-60分鐘內達到與PCR相當的靈敏度(Nagamine等人,2002年)。對于單核細胞增生李斯特菌,已知有幾種有效的LAMP系統可以檢測反應中的單個細胞(Cho等人,2014年;M.-J. Tang等人,2011年)。然而,LAMP檢測系統容易產生假陽性反應(Kim等人,2023年)。為了降低這些風險,可以使用CRISPR(成簇規律間隔短回文重復序列)/Cas12a(CRISPR相關的內切酶Cas12a)系統,該系統可以識別雙鏈擴增產物(Zhou等人,2024年)。Cas12a是一種RNA引導的內切酶,可以特異性結合與短引導RNA(gRNA)互補的DNA序列并切割附近的單鏈DNA探針。這使得能夠分子識別LAMP產物并將DNA的存在轉化為可測量的信號。CRISPR/Cas12a具有雙重功能:它利用引導(g)RNA-Cas12a內切酶復合物來識別LAMP擴增產物中的特定DNA目標,并通過Cas12a對單鏈DNA探針的內切活性提高靈敏度。報道的一種單核細胞增生李斯特菌檢測系統結合了LAMP-CRISPR/Cas12a擴增和熒光檢測(Lee等人,2023年)。
        除了靈敏度和特異性之外,快速、非儀器化的分析結果評估能力在單核細胞增生李斯特菌檢測中也是一個關鍵方面。在這方面,側向流動測試(LFT)作為一種特別可靠的工具脫穎而出。LFT是一種基于紙張的檢測方法,其中標記的核酸產物被捕獲在硝酸纖維素條上的特定區域,產生可見的顏色變化。這允許在沒有專用設備的情況下直接進行視覺檢測,使其適用于快速現場診斷(Younes等人,2024年)。最初作為免疫測定技術建立的LFT,由于等溫擴增方法的發展,越來越多地用于簡單和快速的核酸檢測(Budd等人,2023年;Lapee-e等人,2025年)。LFT檢測相比使用紫外線照射的非儀器化熒光檢測具有多個優勢,包括有控制區、正負樣本之間的清晰視覺區分、將分析結果存儲在測試條中、無需紫外線光源和黑暗環境。用于單核細胞增生李斯特菌檢測的LAMP-LFT測試系統基于將熒光素和生物素標簽引入引物,然后通過特異性抗熒光素抗體(anti-FAM)和鏈霉親和素在擴增產物中識別它們(Ledlod等人,2020年;Srisawat等人,2022年;Wachiralurpan等人,2017年)。在這些系統中,測試區的信號強度直接與樣本中存在的擴增產物數量相關。然而,LAMP-LFT的靈敏度通常低于使用儀器熒光檢測的方法,如SYBR GREEN染色。這種矛盾是由于LAMP擴增產物的異質性造成的,它們由包含重復目標序列的不同長度的擴增產物混合而成。較短的標記擴增產物比長的擴增產物更有利于LFT檢測(Safenkova, Kamionskaya, Zherdev, & Dzantiev,2025年)。將LFT檢測與LAMP-CRISPR/Cas12a系統結合可以克服傳統LAMP-LFT的局限性,因為CRISPR/Cas能夠識別短和長擴增產物中的DNA目標。然而,據我們所知,之前尚未有報道用于單核細胞增生李斯特菌檢測的LAMP-CRISPR/Cas12a-LFT測試系統。
        缺乏用于單核細胞增生李斯特菌檢測的LAMP-CRISPR/Cas12a-LFT系統可能與傳統單鏈DNA探針的局限性有關,這種探針被激活的Cas12a切割后通過LFT檢測(Chen等人,2018年)。關鍵問題是檢測依賴于非切割探針在第一個結合區的完全結合,從而阻止金納米顆粒結合物遷移到第二個結合區。然而,存在一些結合物可能繞過第一個結合區并在第二個結合區結合,導致假陽性結果。因此,切割探針對于在測試區形成復合體并不是必需的。因此,這種分析方案削弱了LFT作為無儀器檢測方法的可靠性。幾項研究提出了替代傳統單鏈DNA探針的方案,以克服這些局限性(Ivanov, Safenkova, Zherdev, & Dzantiev,2022年;Safenkova, Kamionskaya, Ivanov等人,2025年;Y. Tang等人,2022年;Zuo等人,2025年)。基于這些研究,我們選擇了一種在5′端帶有三個FAM標簽、3′端帶有生物素標簽的叉形單鏈DNA(15dT)探針(三腳架探針)(Safenkova, Kamionskaya, Ivanov等人,2025年)。在探針被激活的Cas12a切割并與未切割探針分離后,帶有三個FAM標簽的切割部分在LFT的夾心格式中容易被檢測到(熒光素特異性抗體既固定在測試區也固定在金納米顆粒表面)。因此,帶有三個標簽的切割部分是測試區形成可檢測復合體的不可或缺的組成部分,確保信號強度與目標DNA濃度之間的直接相關性。
        在這項研究中,我們開發了一種基于LAMP、CRISPR/Cas12a、叉形探針和LFT的無設備生物傳感器,用于高度敏感和特異性地檢測單核細胞增生李斯特菌(示意圖見圖1)。分析包括幾個步驟:樣品制備、DNA目標(hlyA基因)的LAMP擴增、CRISPR/Cas12a識別擴增產物中的雙鏈DNA目標并切割叉形探針、磁分離以去除未切割的探針,以及LFT檢測切割后的叉形探針。在樣本中存在單核細胞增生李斯特菌的情況下,測試區和控制區都會出現在測試條上;相反,在沒有單核細胞增生李斯特菌的情況下,只有控制區可見。據我們所知,這是首次報道使用LAMP-CRISPR/Cas12a-LFT進行快速、無儀器檢測單核細胞增生李斯特菌。此外,這項研究的發現首次使得可以使用同一組LAMP引物比較LAMP-LFT和LAMP-CRISPR/Cas12a-LFT的效力。開發的LAMP-CRISPR/Cas12a-LFT檢測方法已在牛奶樣本上成功測試。

        材料與試劑

        引物、標記引物、探針和gRNA(序列見表S1第1節,補充信息(SI)),由Lumiprobe(莫斯科,俄羅斯)定制合成。Taq聚合酶、聚合酶緩沖液、核苷酸、電泳用DNA標記物和Cleanup Standard DNA提取試劑盒從Evrogen(莫斯科,俄羅斯)購買。Q5聚合酶、Cas12a和NEB 2.1r緩沖液從New England Biolabs(馬薩諸塞州伊普斯威奇,美國)獲得。BioMaster LAMP SYBR試劑盒用于LAMP

        LFT-LAMP和LFT-CRISPR的制備和表征

        為了檢測LAMP擴增產物,組裝了用于夾心格式測試的LFT-LAMP條,其中測試區形成可見信號表示形成了由鏈霉親和素、雙標記(Bio和FAM)擴增產物和金納米顆粒(GNP)–抗FAM結合物組成的復合體(圖2A)。為了檢測被激活的Cas12a切割的叉形探針,還組裝了用于夾心格式測試的LFT-CRISPR條,其中可視化的復合體

        結論

        單核細胞增生李斯特菌是一種高優先級的食源性病原體,需要具有高靈敏度和特異性的檢測系統。快速的質量控制食品和最小化對昂貴實驗室設備的依賴也是必不可少的。為了滿足這些關鍵需求,我們開發了一種LAMP–CRISPR/Cas12a–LFT檢測方法,用于無儀器、高靈敏度地檢測單核細胞增生李斯特菌,檢測限為每反應0.2個細胞。牛奶樣本的總檢測時間

        CRediT作者貢獻聲明

        伊琳娜·V·薩芬科娃(Irina V. Safenkova):撰寫——原始草稿、可視化、方法學、研究、正式分析。瑪麗亞·V·卡米昂斯卡婭(Maria V. Kamionskaya):撰寫——審閱與編輯、可視化、研究、正式分析。塔蒂亞娜·S·謝爾切尼亞(Tatyana S. Serchenya):撰寫——審閱與編輯、研究、正式分析。奧列格·V·斯維里多夫(Oleg V. Sviridov):撰寫——審閱與編輯、監督、資金獲取、概念化。鮑里斯·B·詹季耶夫(Boris B. Dzantiev):撰寫——審閱與編輯、驗證、監督。阿納托利·V·熱爾杰夫(Anatoly V. Zherdev):撰寫——審閱與

        利益沖突聲明

        作者聲明他們沒有已知的競爭財務利益或個人關系可能影響本文報告的工作。

        致謝

        該研究得到了俄羅斯科學基金會(編號23-46-10011)(部分用于CRISPR/Cas12a的gRNA表征和帶有側向流動測試檢測的檢測方法的開發)和白俄羅斯基礎研究基金會(編號X23RNF-185)(部分用于引物表征和帶有熒光檢測的測試方法的開發)的財政支持。
        作者感謝Sergey F. Biketov博士(奧博倫斯克應用微生物學和生物技術國家研究中心)
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