背景

由人類遷移和旅行引發(fā)的輸入性瘧疾病例對(duì)瘧疾消除工作構(gòu)成了重大挑戰(zhàn)。基因組學(xué)方法對(duì)于區(qū)分本地傳播和輸入性感染至關(guān)重要。馬來(lái)西亞的沙撈越州就是一個(gè)典型的例子，該地區(qū)在應(yīng)對(duì)瘧原蟲輸入帶來(lái)的壓力下仍致力于瘧疾的消除工作。

結(jié)果

在這項(xiàng)研究中，我們分析了2008年至2010年間從存檔的全血樣本中獲得的21株惡性瘧原蟲（Plasmodium falciparum）分離株，并將其與來(lái)自中非（518株）、東非（849株）、非洲之角（25株）、大洋洲（349株）、南美洲（75株）、南亞（404株）、東南亞（5,182株）和西非（2,116株）的9,518株公開可獲取的分離株進(jìn)行了比較。通過應(yīng)用納米孔測(cè)序和群體基因組學(xué)分析，我們發(fā)現(xiàn)大多數(shù)病例（n=13/15）很可能起源于馬來(lái)西亞以外的流行地區(qū)，這一結(jié)論得到了患者旅行史和感染多次性的支持。這些發(fā)現(xiàn)以及藥物耐藥性特征與疑似來(lái)源地區(qū)的歷史流行病學(xué)情況一致。值得注意的是，有兩名患者的基因組證據(jù)表明其感染來(lái)源與他們報(bào)告的旅行史不符，這凸顯了傳統(tǒng)流行病學(xué)方法的局限性。通過譜系分析，僅發(fā)現(xiàn)兩例病例存在聚集現(xiàn)象，說(shuō)明大多數(shù)感染可能是孤立的引入事件，而非持續(xù)性的本地傳播。

結(jié)論

總體而言，我們的研究結(jié)果展示了瘧疾基因組學(xué)在區(qū)分輸入性病例和本地感染病例方面的強(qiáng)大能力，并強(qiáng)調(diào)了其在維持瘧疾消除工作中的關(guān)鍵作用，尤其是在位于主要遷移和勞動(dòng)力交流通道地區(qū)的重要性。