背景

之前已經對ONT（Oxford Nanopore Technologies）測序技術在檢測植物病毒和類病毒方面的能力進行了評估。其優勢，如更長的讀取長度和實時分析能力，使其與經過廣泛驗證的Illumina平臺在常規病原體檢測中的應用上具有競爭力。隨著ONT測序技術的持續發展和改進，以及舊設備和試劑的停產，有必要重新對比這些測序平臺，尤其是在柑橘研究領域，目前相關研究較為有限。

結果

本研究比較了Oxford Nanopore Technologies（ONT）使用MinION流動細胞進行的測序技術與Illumina在NovaSeqX平臺上的測序技術在檢測柑橘中三種病毒和三種類病毒方面的能力。兩種技術均能通過參考依賴性和獨立性方法識別所有病原體。雖然Illumina測序技術重新展現了之前的高靈敏度、高覆蓋率和準確性，但ONT測序技術通過更長的讀取長度彌補了病原體讀取數量較少和測序深度較低的問題，從而實現了與Illumina相當的可接受基因組覆蓋率和序列識別度。此外，將來自同一樣本的不同ONT條形碼數據集的數據合并處理，提高了與Illumina結果的可比性，因為庫制備、樣本加載和流動細胞方面的微小差異可能會導致測序數據顯著減少。同時，還研究了參考基因表達譜以評估內部對照并檢查異常樣本。ONT平臺的檢測周期也比Illumina測序更短。

結論

ONT測序技術在小規模常規病原體檢測中可能具有優勢。它有潛力準確檢測病原體并發現新的病毒因子。這種Illumina與ONT平臺之間的比較突顯了各自技術的優勢，并為高通量測序（HTS）在植物健康監測和生物安全程序中的應用提供了新的見解。