摘要

背景

本研究對(duì)從食用橄欖發(fā)酵過(guò)程中分離出的 Lactiplantibacillus pentosus LP309 菌株進(jìn)行了深入的基因組學(xué)和功能特性分析。該微生物使用三種下一代測(cè)序平臺(tái)（Illumina、PacBio 和 Oxford Nanopore Technologies (ONT)）進(jìn)行了測(cè)序，并評(píng)估了多種組裝和修飾策略。比較了不同方法的組裝性能和注釋質(zhì)量指標(biāo)，最終選擇了最完整的混合組裝結(jié)果（Illumina + ONT）用于全面的基因組特征分析。

結(jié)果

該菌株的完整染色體長(zhǎng)度為 3,523,074 bp，加上 8 個(gè)質(zhì)粒，總基因組長(zhǎng)度達(dá)到 3,743,370 bp，包含 3,448 個(gè)編碼序列（CDS），體現(xiàn)了 LP309 菌株的基因組復(fù)雜性。基于平均核苷酸同一性的分類學(xué)鑒定確認(rèn)了其物種歸屬，而功能注釋則預(yù)測(cè)存在兩個(gè)細(xì)菌素合成簇和兩個(gè)胞外多糖合成簇。此外，還發(fā)現(xiàn)了 150 多個(gè)與該菌株的益生菌特性和技術(shù)潛力相關(guān)的基因，包括參與黏附、耐酸應(yīng)激、維生素合成和碳水化合物代謝等過(guò)程的基因。安全性評(píng)估表明該菌株不存在與毒力、抗生素抗性或獲得性抗菌素抗性相關(guān)的基因。移動(dòng)基因組分析發(fā)現(xiàn)了 4 個(gè)噬菌體、133 個(gè)插入序列和 4 個(gè)基因組島，未檢測(cè)到整合子。

結(jié)論

這項(xiàng)計(jì)算機(jī)模擬研究揭示了 LP309 強(qiáng)大的技術(shù)應(yīng)用潛力和益生菌特性，使其成為食品和生物技術(shù)行業(yè)中安全且功能多樣的候選菌株。