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        糖酵解酶PFKM通過乳酸介導的H3K18乳酸化修飾激活NF-κB通路,促進腎纖維化的機制研究

        《Cellular and Molecular Life Sciences》:The glycolytic enzyme PFKM promotes renal fibrosis by activating the NF-κB pathway via lactate-mediated H3K18 lactylation

        【字體: 時間:2026年02月25日 來源:Cellular and Molecular Life Sciences 6.2

        編輯推薦:

          為解決慢性腎臟病(CKD)進展中腎纖維化的代謝與表觀遺傳調控機制不清的問題,研究人員圍繞糖酵解關鍵限速酶——肌肉型磷酸果糖激酶(PFKM)展開研究,揭示了其在腎纖維化中的作用。研究發現,PFKM在纖維化腎臟中表達上調,可通過驅動糖酵解重編程導致乳酸累積,進而介導組蛋白H3第18位賴氨酸乳酸化(H3K18la)修飾,從而激活RelA基因(NF-κB核心亞基)轉錄,最終加劇腎臟炎癥與纖維化。該研究闡明了PFKM介導的“糖酵解-乳酸-H3K18la-NF-κB”調控軸,為CKD的抗纖維化治療提供了新靶點。

          
        背景與問題的提出
        慢性腎臟病(CKD)正成為一個全球性的公共衛生挑戰,其進展至終末期腎。‥SRD)往往伴隨著腎臟功能的不可逆喪失。在這一進程中,腎纖維化扮演著“核心推手”的角色,表現為細胞外基質在腎間質中過度沉積、腎小管萎縮和炎癥細胞浸潤。雖然人們已意識到炎癥和代謝異常在其中至關重要,但連接代謝、表觀遺傳和炎癥的具體“橋梁”分子及其運作機制,仍是籠罩在迷霧中的未解之謎。
        近年來,細胞代謝方式的改變——即代謝重編程——在疾病發展中的作用越來越受關注。具體到腎臟,當腎小管上皮細胞受損時,它們會從依賴脂肪酸氧化的“節能模式”,切換到依賴糖酵解的“高速模式”,即使氧氣充足,也大量分解葡萄糖產生乳酸,這種現象類似于癌細胞中的“瓦博格效應”。這種代謝轉變被認為是驅動腎纖維化的重要一環。那么,這個“高速檔”是由誰、又是如何被卡住的呢?糖酵解通路中的關鍵“限速酶”們,自然是首要的懷疑對象。
        其中,肌肉型磷酸果糖激酶(PFKM)是糖酵解通路的核心限速酶之一,它像一道重要的閘門,調控著糖酵解的流速。已有研究暗示PFKM在腫瘤、心肌纖維化等疾病的代謝重編程中扮演著關鍵角色,但在腎纖維化這個“戰場”上,它是否出場、扮演何種角色,仍是一片空白。與此同時,一個2019年才被發現的新型表觀遺傳修飾——組蛋白乳酸化,正吸引著科學家的目光。乳酸,這個傳統上被認為是糖酵解“廢料”的分子,搖身一變成為了能通過修飾組蛋白來調控基因表達的“信號分子”。其中,組蛋白H3第18位賴氨酸的乳酸化(H3K18la)是目前研究最多、功能最為明確的位點之一,在多種纖維化和炎癥性疾病中被報道。一個大膽的猜想就此產生:在腎纖維化中,高表達的PFKM是否通過“猛踩油門”加速糖酵解,產生大量乳酸,乳酸又通過修飾H3K18la來改寫某些促纖維化、促炎癥基因的“劇本”,最終導致腎臟的“疤痕”形成?這正是本研究試圖揭示的、串聯“代謝-表觀遺傳-炎癥”的神秘軸心。
        研究方法概覽
        為了回答上述問題,研究人員構建了多層次的實驗體系。首先,他們通過分析來自CKD患者的臨床基因表達數據庫(GEO),尋找PFKM表達與纖維化標記物的相關性。在體內,他們利用葉酸(FA)腹腔注射建立了小鼠腎纖維化模型,并通過腎實質原位注射攜帶腎小管上皮細胞特異性啟動子(KSP1.3)的9型腺相關病毒(AAV9)載體,精準地在小鼠腎小管中實現PFKM的敲低或過表達,以探究其因果作用。在體外,他們使用轉化生長因子-β1(TGF-β1)刺激人腎小管上皮細胞(HK-2)來模擬纖維化環境。研究綜合運用了組織學染色、代謝分析(檢測乳酸水平、細胞外酸化率和耗氧率)、轉錄組測序(RNA-seq)、以及新型的表觀基因組學技術(CUT&Tag和染色質免疫共沉淀-定量聚合酶鏈反應,ChIP-qPCR)來深入探索其分子機制。
        研究結果與分析
        1. PFKM在人與小鼠纖維化腎臟中顯著上調
        通過分析GSE175759和GSE66494等臨床數據庫,研究人員發現,在IgA腎病、糖尿病腎病等CKD患者的腎組織中,PFKM的信使RNA水平顯著高于對照組,并且與纖維化核心標志物纖連蛋白(FN)、III型膠原α1鏈(Col3a1)等的表達呈顯著正相關。在FA誘導的小鼠腎纖維化模型中,PFKM的mRNA和蛋白水平隨著纖維化進展而時間依賴性上調,在第14天達到峰值,其表達主要定位于腎小管,且升高趨勢與天狼星紅染色顯示的膠原沉積增加同步。這提示PFKM與腎纖維化的發生發展密切相關。
        2. PFKM促進FA誘導的小鼠腎纖維化
        通過功能獲得與功能喪失實驗,研究人員明確了PFKM在腎纖維化中的“促纖維化”作用。具體來說,在FA誘導的纖維化小鼠中,特異性敲低腎小管上皮細胞的PFKM,能夠顯著減輕腎小管損傷和腎間質膠原沉積,降低血清肌酐和尿素氮水平,同時下調纖維化標志物α-平滑肌肌動蛋白(α-SMA)、FN的表達,而上皮標志物E-鈣粘蛋白(E-cad)的表達則得以恢復。相反,在腎小管中過表達PFKM則會加劇FA誘導的上述所有纖維化表型和腎功能損傷。這些結果強有力地證明,PFKM是腎纖維化的一個正向調控因子。
        3. PFKM驅動糖酵解重編程以促進腎纖維化
        機制探索的第一步,研究人員證實了PFKM的“代謝驅動”功能。在FA誘導的纖維化小鼠腎臟和TGF-β1刺激的HK-2細胞中,PFKM的敲低能夠降低乳酸含量,并下調糖酵解相關基因(如缺氧誘導因子-1α, HIF-1α;己糖激酶2, HK2;乳酸脫氫酶A, LDHA)的表達。細胞能量代謝分析(Seahorse)顯示,PFKM敲低可以部分恢復TGF-β1所抑制的線粒體耗氧率(OCR),并減弱其增強的細胞外酸化率(ECAR,代表糖酵解水平)。而過表達PFKM則產生完全相反的效果,加劇了糖酵解重編程。更重要的是,當使用糖酵解抑制劑2-脫氧-D-葡萄糖(2-DG)干預時,PFKM過表達所加劇的纖維化表型被顯著抑制,這表明PFKM的促纖維化作用是糖酵解依賴性的。
        4. PFKM通過激活NF-κB通路加劇腎臟炎癥
        為了探尋PFKM下游的信號通路,研究人員對小鼠腎組織進行了RNA-seq分析。基因集富集分析(GSEA)顯示,在PFKM敲低的纖維化小鼠腎臟中,炎癥反應通路,特別是核因子-κB(NF-κB)信號通路被顯著下調。后續實驗驗證了這一發現:PFKM敲低能夠降低纖維化腎臟中促炎因子(如IL-1β、TNF-α、IL-6)和NF-κB通路關鍵基因(Rela, Relb, Ikbkb)的mRNA水平,并減少NF-κB通路中關鍵蛋白的磷酸化激活(如p-IκBα, p-IKKα/β, p-P65)。免疫組化也顯示PFKM敲低減少了腎臟中IL-1β的表達和巨噬細胞(F4/80陽性)浸潤。反之,PFKM過表達則增強NF-κB通路激活。在細胞實驗中,NF-κB抑制劑BAY 11-7082能夠逆轉PFKM過表達導致的α-SMA和IL-1β水平升高,證實了PFKM的促炎作用依賴于NF-κB通路的激活。
        5. PFKM通過乳酸介導的H3K18la修飾激活NF-κB通路
        最后,研究揭示了連接“代謝”與“表觀遺傳/炎癥”的關鍵環節。研究人員發現,在FA誘導的纖維化腎臟中,組蛋白H3K18la的修飾水平顯著升高,而PFKM敲低可使其降低。免疫熒光顯示H3K18la的升高主要發生在高表達PFKM的腎小管上皮細胞中。為了在全基因組范圍內找到H3K18la的調控靶點,研究人員采用了CUT&Tag技術。分析發現,在FA誘導的小鼠腎臟中,H3K18la的結合峰在基因啟動子區域顯著富集。特別值得注意的是,在NF-κB家族的核心基因中,Rela(編碼p65蛋白)的啟動子區域出現了顯著的H3K18la結合峰。這一發現被ChIP-qPCR實驗進一步證實:FA誘導增強了H3K18la在Rela啟動子區域的富集,而PFKM敲低則抑制了這種富集。在細胞水平,當敲低PFKM時,H3K18la和p-P65的水平下降,而補充外源性乳酸可以部分逆轉這種下降。這完整地串聯起了整個通路:PFKM驅動糖酵解產生乳酸,乳酸作為前體促進了H3K18la修飾,該修飾特異性地富集于Rela基因啟動子,激活其轉錄,進而導致NF-κB通路持續活化,最終加劇炎癥和纖維化。
        結論與討論
        本研究系統性地揭示了糖酵解關鍵酶PFKM在腎纖維化中的新型致病機制。研究首次證實,PFKM在纖維化腎臟的腎小管上皮細胞中高表達,并通過一個清晰的“糖酵解-乳酸-H3K18la-NF-κB”級聯軸心,驅動腎纖維化的進展。具體而言,PFKM上調驅動了糖酵解重編程和乳酸積累;累積的乳酸促進了組蛋白H3K18la修飾;該修飾通過直接結合并激活NF-κB核心亞基Rela的轉錄,導致NF-κB通路持續活化,從而加劇腎臟炎癥與纖維化。
        這一發現具有多重重要意義。理論意義上,它創新性地將代謝酶、表觀遺傳修飾和經典炎癥通路串聯起來,為理解腎纖維化乃至其他器官纖維化的“代謝-表觀遺傳-炎癥”交互對話提供了全新的模型和實驗證據。與之前報道的PFKFB3通過H4K12la調控NF-κB的工作相比,本研究突出了PFKM和H3K18la這一組合的特異性,反映了代謝酶與組蛋白修飾位點相互作用的多樣性。轉化意義上,PFKM在CKD患者腎組織中表達升高且與纖維化程度相關,提示其有潛力作為疾病進展的生物標志物。更重要的是,PFKM作為上游的驅動分子,成為干預這一多環節致病軸心的潛在新靶點。盡管目前尚無PFKM的特異性抑制劑,但已有研究(如骨髓間充質干細胞外泌體來源的miR-21a-5p)展示了靶向PFKM改善纖維化的可能性,為開發細胞靶向遞送等新型治療策略指明了方向。
        當然,本研究也存在一些局限性,例如結論需要在其他腎纖維化模型(如單側輸尿管梗阻模型)中進一步驗證,使用腎小管特異性PFKM基因敲除小鼠將能提供更確鑿的證據,且其他乳酸化修飾位點可能的作用也有待探索。盡管如此,這項工作無疑為深入理解腎纖維化的復雜機制打開了又一扇窗,并為未來開發針對代謝異常的抗纖維化療法奠定了重要的理論基礎。本研究結果已發表在《Cellular and Molecular Life Sciences》期刊上。
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