外周血單細(xì)胞圖譜揭示肢端型黑色素瘤患者抗PD-1治療相關(guān)不良事件的免疫特征:以CD8+ T細(xì)胞分化失衡為核心的機(jī)制與標(biāo)志物探索
《Frontiers in Immunology》:Single-cell profiling of PBMCS reveals an immune signature of irAEs in anti-PD-1-treated acral melanoma patients
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這篇綜述性研究通過(guò)單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)深入解析了肢端型黑色素瘤(acral melanoma)患者在接受抗PD-1(anti-PD-1)免疫治療后,發(fā)生免疫相關(guān)不良事件(irAEs)的外周血免疫細(xì)胞特征。文章首次系統(tǒng)地描繪了伴隨irAEs出現(xiàn)的CD8+ T細(xì)胞分化失衡,即毒性(cytotoxic)T細(xì)胞(高表達(dá)GZMB, NKG7)擴(kuò)增,而過(guò)渡性(transitional)T細(xì)胞(高表達(dá)GZMK)收縮的現(xiàn)象,并提出了過(guò)渡性/毒性CD8+ T細(xì)胞比率作為潛在的生物標(biāo)志物(biomarker),為理解irAEs的發(fā)病機(jī)制和臨床風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)提供了新視角。
引言
以抗PD-1為代表的免疫檢查點(diǎn)抑制劑(ICIs)已徹底改變了晚期黑色素瘤的治療格局,但其所引發(fā)的免疫相關(guān)不良事件(irAEs)已成為影響患者治療與生活質(zhì)量的重要臨床挑戰(zhàn)。irAEs的病理生理機(jī)制尚不完全清楚,尤其在肢端型黑色素瘤這一亞型中。針對(duì)irAEs的預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物仍很缺乏。外周血單核細(xì)胞(PBMCs)作為系統(tǒng)性免疫反應(yīng)的微創(chuàng)監(jiān)測(cè)窗口,是探索與療效和毒性相關(guān)循環(huán)標(biāo)志物的寶貴資源。本研究旨在利用單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)技術(shù),全面刻畫接受抗PD-1單藥(主要為特瑞普利單抗,toripalimab)治療的肢端型黑色素瘤患者中,與irAEs發(fā)生相關(guān)的免疫特征。
結(jié)果
患者特征與irAEs
本研究納入了八名黑色素瘤患者:三名在ICI治療后發(fā)生irAEs(AE組),三名治療后未發(fā)生irAEs(NAE組),以及兩名未接受治療的對(duì)照患者(UNT組)。觀察到的具體irAEs包括惡心、嘔吐、疲勞(使用帕博利珠單抗pembrolizumab后)、皮疹和白癜風(fēng)(使用特瑞普利單抗后)以及紅斑性丘疹(使用特瑞普利單抗后)。NAE組患者均接受特瑞普利單抗治療。
抗PD-1治療引起PBMC組成的系統(tǒng)性改變
對(duì)總計(jì)54,793個(gè)高質(zhì)量PBMCs進(jìn)行單細(xì)胞分析。與NAE組和UNT組相比,AE組CD4+T細(xì)胞頻率降低,而CD8+T細(xì)胞頻率增加。NAE組則表現(xiàn)出更高的NK細(xì)胞頻率和更低的單核細(xì)胞頻率。將數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化至總T細(xì)胞后,AE組的CD8+T細(xì)胞頻率最高,CD4+T細(xì)胞頻率最低。與治療前相比,治療后(AE和NAE組)T細(xì)胞中PDCD1(PD-1)表達(dá)降低,而CTLA4, TIGIT, LAG3, HAVCR2(TIM-3)及轉(zhuǎn)錄因子TOX表達(dá)增加,且這些效應(yīng)在AE組中更為明顯。總之,抗PD-1治療與PBMC內(nèi)T細(xì)胞亞群平衡的改變相關(guān),表現(xiàn)為CD8+T細(xì)胞增加和CD4+T細(xì)胞減少,這一轉(zhuǎn)變?cè)贏E組最為顯著。
細(xì)胞毒性T細(xì)胞和增殖性T細(xì)胞的擴(kuò)增是irAE患者的特征
對(duì)T細(xì)胞進(jìn)行亞分析,鑒定出11個(gè)不同的亞群:三個(gè)CD4+T細(xì)胞亞群、三個(gè)CD8+T細(xì)胞亞群、調(diào)節(jié)性T細(xì)胞(Tregs)、γδ T細(xì)胞(gdT)、黏膜相關(guān)恒定T細(xì)胞(MAIT)、增殖性T細(xì)胞及其他未指定T細(xì)胞。通過(guò)經(jīng)典標(biāo)志物,將CD8 T_2定義為過(guò)渡性/效應(yīng)記憶樣CD8+T細(xì)胞(表達(dá)GZMK),CD8 T_3定義為終末效應(yīng)/細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞(表達(dá)CX3CR1, GZMB等)。分析顯示,AE組處于G2/M期的細(xì)胞比例略高,增殖性T細(xì)胞的頻率也較NAE組增加。與治療前和NAE組相比,抗PD-1治療后AE組中CD8 T_3(細(xì)胞毒性)細(xì)胞的頻率增加,而CD8 T_2細(xì)胞的頻率降低。CD8 T_2與CD8 T_3細(xì)胞的比率在AE組中相比UNT組大幅下降。這些結(jié)果表明,T細(xì)胞向細(xì)胞毒性和增殖性表型增強(qiáng)的傾向與AE組患者發(fā)生irAEs存在機(jī)制上的聯(lián)系。
細(xì)胞毒性和GZMK+過(guò)渡性基因程序定義了不同的CD8+T細(xì)胞狀態(tài)
差異表達(dá)基因和基因集變異分析(GSVA)表明,CD8 T_3(細(xì)胞毒性)簇富含GNLY, FGFBP2, GZMB, NKG7等細(xì)胞毒性標(biāo)志物,其細(xì)胞毒性評(píng)分也最高。CD8 T_2(過(guò)渡性)簇以GZMK, CCL4, CCL5為標(biāo)志,其GZMK+過(guò)渡性基因特征評(píng)分最高,而細(xì)胞毒性評(píng)分較低。抗PD-1治療增強(qiáng)了細(xì)胞毒性和耗竭相關(guān)通路的表達(dá),同時(shí)降低了與GZMK+過(guò)渡性基因、幼稚細(xì)胞標(biāo)志物和高PD-1表達(dá)相關(guān)的通路表達(dá)。患者年齡與GZMK表達(dá)或GSVA評(píng)分無(wú)顯著關(guān)聯(lián)。基因本體(GO)分析進(jìn)一步揭示,CD8 T_2簇在T細(xì)胞活化和分化相關(guān)通路中富集,而CD8 T_3簇主要在細(xì)胞毒性相關(guān)通路中富集。
過(guò)渡性與細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞比率降低是irAEs的標(biāo)志
對(duì)CD8+T細(xì)胞的進(jìn)一步分析將其分為幼稚、過(guò)渡性(GZMK+)、細(xì)胞毒性1、細(xì)胞毒性2和增殖性五個(gè)簇。小提琴圖顯示,過(guò)渡性(GZMK+)簇代表了一個(gè)中間狀態(tài),表現(xiàn)出中等的幼稚和細(xì)胞毒性特征評(píng)分,而其GZMK過(guò)渡性特征評(píng)分達(dá)到峰值。抗PD-1治療后,AE組的細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞顯著增加,而幼稚和過(guò)渡性(GZMK+)細(xì)胞相應(yīng)減少。此外,過(guò)渡性與細(xì)胞毒性T細(xì)胞的比率在AE組相比UNT組顯著降低。相反,NAE組的幼稚CD8+T細(xì)胞比例略高,細(xì)胞毒性細(xì)胞比例與UNT組相當(dāng)。AE組還表現(xiàn)出相比NAE和UNT組更高的增殖能力。GO分析顯示,AE組在細(xì)胞殺傷相關(guān)通路中特異性富集,而UNT和NAE組則更多與代謝和細(xì)胞活化通路相關(guān)。總之,這些結(jié)果進(jìn)一步表明,抗PD-1治療后,AE組細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞顯著增加,并伴有過(guò)渡性與細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞比率降低。
軌跡分析描繪了從幼稚到細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞的分化路徑
軌跡分析揭示了CD8+T細(xì)胞從幼稚狀態(tài)出發(fā)的兩條主要分化路徑:一條導(dǎo)向過(guò)渡性CD8+T細(xì)胞,另一條導(dǎo)向終末細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞。過(guò)渡性CD8+T細(xì)胞主要位于該軌跡的中點(diǎn),表明其是在完全分化為細(xì)胞毒性表型之前的關(guān)鍵過(guò)渡階段。隨著偽時(shí)間(pseudotime)的推移,幼稚和細(xì)胞毒性標(biāo)志物在軌跡兩端分別達(dá)到峰值,而GZMK, CMC1和DUSP2等標(biāo)志物則在過(guò)渡階段達(dá)到峰值,提示細(xì)胞功能的逐步轉(zhuǎn)變。分支表達(dá)分析建模(BEAM)顯示,向細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞分化的軌跡特征在于NKG7, GZMB, GNLY, PRF1等細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性相關(guān)基因的富集;而向過(guò)渡性CD8+T細(xì)胞分化的軌跡則與MALAT1, NEAT1, GZMK等基因的富集相關(guān),暗示其為功能轉(zhuǎn)換準(zhǔn)備的細(xì)胞狀態(tài)。這些發(fā)現(xiàn)表明,過(guò)渡性CD8+T細(xì)胞可能作為一種多功能的中介,在抗PD-1治療后調(diào)節(jié)免疫反應(yīng),影響受控免疫反應(yīng)與攻擊性細(xì)胞毒性攻擊之間的平衡。
討論
本研究通過(guò)對(duì)接受抗PD-1治療的肢端型黑色素瘤患者的PBMCs進(jìn)行scRNA-seq分析,揭示了與irAEs相關(guān)的獨(dú)特免疫特征。與文獻(xiàn)一致,研究發(fā)現(xiàn)AE組患者總CD4+T細(xì)胞減少,總CD8+T細(xì)胞和單核細(xì)胞增加。深入分析顯示,AE組患者表現(xiàn)出細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞增加、GZMK+過(guò)渡性CD8+T細(xì)胞減少以及增殖性細(xì)胞升高。本研究并未發(fā)現(xiàn)先前報(bào)道的irAEs患者中MAIT和Tregs減少的現(xiàn)象。高表達(dá)GZMB, PRF1, GNLY的細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞具有強(qiáng)大的效應(yīng)功能,這可能有利于強(qiáng)效抗腫瘤活性,但也可能暗示其導(dǎo)致脫靶組織損傷從而引發(fā)irAEs的傾向。標(biāo)記有GZMK表達(dá)的過(guò)渡性CD8+T細(xì)胞,似乎代表了從幼稚狀態(tài)到完全細(xì)胞毒性狀態(tài)之間的中間階段。這些細(xì)胞富集GZMK+過(guò)渡性標(biāo)志物,其細(xì)胞毒性GSVA評(píng)分較低,表明其細(xì)胞毒性能力更為克制。這種克制可能有助于緩和激進(jìn)的免疫反應(yīng),從而在有效腫瘤控制和減輕治療相關(guān)毒性之間取得平衡。它們?cè)贏E患者中的耗竭可能破壞這種平衡,有利于不受控制的細(xì)胞毒性活動(dòng)和組織損傷。軌跡分析證實(shí),GZMK+T細(xì)胞位于幼稚到細(xì)胞毒性分化連續(xù)體的過(guò)渡狀態(tài)。這突顯了過(guò)渡性與細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞比率作為irAE風(fēng)險(xiǎn)的探索性候選生物標(biāo)志物的潛力。此外,AE組患者增殖性T細(xì)胞比例增加,可能放大了具有更高反應(yīng)性的克隆,這與irAEs發(fā)生率增加相符。本研究也存在局限性,例如樣本量較小。未來(lái)工作應(yīng)通過(guò)TCR克隆性測(cè)定和抗原特異性篩選來(lái)確定irAEs中的細(xì)胞毒性CD8+T細(xì)胞是自身反應(yīng)性的還是腫瘤特異性的。同時(shí),探索GZMK在過(guò)渡性細(xì)胞功能中作用的機(jī)制研究,可能為解耦療效與毒性提供新的治療靶點(diǎn)。
結(jié)論
總而言之,本研究強(qiáng)調(diào)了在最大化ICIs治療效果的同時(shí)最小化其不良反應(yīng)所需的微妙平衡。通過(guò)闡明細(xì)胞毒性、過(guò)渡性和增殖性CD8+T細(xì)胞在irAE發(fā)生中的作用,為理解肢端型黑色素瘤患者抗PD-1治療期間的免疫失調(diào)提供了新的見解。描繪這些細(xì)胞轉(zhuǎn)變及其功能后果,使我們更接近預(yù)測(cè)、預(yù)防和管理黑色素瘤患者irAEs的個(gè)體化策略。