自新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）引發(fā)全球大流行以來，基因組流行病學徹底改變了公共衛(wèi)生科學家監(jiān)測和應(yīng)對傳染病威脅的方式。通過解讀病毒的遺傳密碼，科學家們能夠近乎實時地追蹤變異株的傳播、評估其風險并指導疫苗研發(fā)。全球共享所有流感數(shù)據(jù)倡議（Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID）平臺匯集了全球提交的海量病毒序列數(shù)據(jù)，支撐了Nextstrain、UShER和CoV-spectrum等強大分析工具的運行，成為了全球疫情應(yīng)對的“情報中心”。然而，這一系統(tǒng)的效能高度依賴于數(shù)據(jù)的全面性與及時性。早在疫情初期，人們就注意到高收入國家與中低收入國家（Low- and Middle-Income Countries, LMICs）在基因組數(shù)據(jù)可獲得性上存在巨大鴻溝。如今，大流行已進入新階段，公共衛(wèi)生緊急狀態(tài)宣告結(jié)束，但這兩個根本性問題——國家間的不平等和全球監(jiān)測投入的萎縮——是否依然存在？其嚴重程度如何？又會如何影響我們未來應(yīng)對諸如BA.2.86、KP.3等新興變異株的能力？這些懸而未決的問題，正是本項研究的出發(fā)點。

為了系統(tǒng)回答上述問題，研究團隊對GISAID平臺上從2020年1月至2025年6月期間提交的SARS-CoV-2全基因組序列（Whole-Genome Sequence, WGS）數(shù)據(jù)進行了深入分析。他們按照世界銀行的收入分類標準（高收入、中高收入、中低收入、低收入國家），結(jié)合各國人口數(shù)據(jù)，量化評估了數(shù)據(jù)提交的全球分布與時間變化趨勢。此項研究成果已發(fā)表于專業(yè)期刊《npj Viruses》。

研究人員主要依托于對GISAID公共數(shù)據(jù)庫中元數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析。關(guān)鍵技術(shù)方法包括：1）數(shù)據(jù)獲取與整理：從GISAID平臺獲取2020年1月至2025年6月期間按國家和月份統(tǒng)計的SARS-CoV-2序列提交數(shù)據(jù)。2）人口標準化分析：利用2025年世界人口數(shù)據(jù)，將各國提交的序列數(shù)量轉(zhuǎn)換為“每百萬人序列提交數(shù)”，以消除人口規(guī)模差異對比較的影響。3）按收入分類的群體分析：根據(jù)世界銀行的收入分類標準，將所有國家和地區(qū)分為高收入、中高收入、中低收入和低收入四組，進行跨時間維度的比較分析。

分析顯示，截至2025年9月28日，GISAID共收錄了來自201個國家和地區(qū)的超過1740萬條SARS-CoV-2序列。然而，這些數(shù)據(jù)的分布極不均衡：高達91.5%的序列來自高收入國家，而中高收入、中低收入和低收入國家的貢獻分別僅為5.8%、2.6%和0.1%。在考慮了人口因素后，2020年至2022年間，高收入國家每百萬人口的序列提交量是其他所有收入水平國家總和的十倍以上。盡管2023年至2025年間這一差距因高收入國家提交量驟減而略有縮小，但LMICs的數(shù)據(jù)貢獻依然嚴重不足。這種數(shù)據(jù)缺失嚴重阻礙了全球?qū)�SARS-CoV-2演化的監(jiān)測，使得LMICs在基于數(shù)據(jù)的公共衛(wèi)生決策（如疫苗株選擇）中處于不利地位，也延遲了全球?qū)π鲁霈F(xiàn)威脅的識別。

研究指出，阻礙LMICs持續(xù)進行測序和數(shù)據(jù)共享的，并非全是能力問題。一些研究表明，部分亞洲的中低收入國家已具備中等或較高的病原體基因組監(jiān)測能力，但其近期向GISAID提交的數(shù)據(jù)卻為零。此外，一些LMICs的科學家雖然發(fā)表了基于本地測序的研究，但數(shù)據(jù)發(fā)布嚴重延遲，待論文發(fā)表時，所描述的變異株可能已不再流行，錯過了為全球監(jiān)測提供實時信息的時機。更深層的障礙還包括：擔心像南非在奧密克戎（Omicron）變異株出現(xiàn)后所遭受的旅行限制那樣的“懲罰”，以及數(shù)據(jù)共享與利益分享不平等的問題——LMICs貢獻了用于疫苗研發(fā)的關(guān)鍵序列數(shù)據(jù)，卻在疫苗可及性上遭遇不公平。世界衛(wèi)生組織（World Health Organization, WHO）近期通過的《大流行協(xié)定》中關(guān)于“病原體獲取與利益分享”的框架，或許是邁向更公平合作的一步。

盡管高收入國家貢獻了絕大多數(shù)數(shù)據(jù)，但其測序投入自2022年以來急劇下降。數(shù)據(jù)顯示，從2022年到2023年，高收入國家每百萬人口的序列提交量下降了5倍；到2024年，與2022年峰值相比更是下降了25倍之多。這代表著在已知具備監(jiān)測能力的國家中，追蹤SARS-CoV-2演化的能力出現(xiàn)了重大損失。地理上具有代表性的基因組數(shù)據(jù)對于評估全球疾病負擔和分配公共衛(wèi)生資源至關(guān)重要。對變異株傳播速度的認知幾乎完全依賴于來自高收入國家的大規(guī)模數(shù)據(jù)流，無論該變異株最初在何處被發(fā)現(xiàn)。例如，BA.2.86和BA.3.2等變異株被認為可能起源于非洲大陸，但其風險評估和全球關(guān)注卻依賴于后來在歐美等地區(qū)產(chǎn)生的大量測序數(shù)據(jù)。監(jiān)測減少的部分原因可能與診斷方式從聚合酶鏈式反應(yīng)（PCR）檢測轉(zhuǎn)向居家快速檢測有關(guān)，后者減少了可用于測序的臨床樣本。作為補充，基于廢水的監(jiān)測（Wastewater-based surveillance）已在許多國家成功應(yīng)用，但它需要基于臨床樣本測序數(shù)據(jù)所定義的先驗知識來識別變異株，因此不能完全取代基于WGS的監(jiān)測。

研究最終強調(diào)，數(shù)據(jù)是基因組流行病學發(fā)揮效力的基石。然而，自2022年奧密克戎出現(xiàn)以來，SARS-CoV-2的序列提交量急劇減少，許多大型數(shù)據(jù)分析項目也已終止，顯示出全球?qū)�SARS-CoV-2基因組監(jiān)測的興趣正在消退。但病毒進化是持續(xù)不斷的，新的變異株將繼續(xù)出現(xiàn)。危機驅(qū)動式的公共衛(wèi)生 funding模式具有持久且不公平的影響：等到某個變異株傳播到足以引起關(guān)注時，再利用基因組數(shù)據(jù)來指導及時有效的公共衛(wèi)生行動可能為時已晚。“多少測序數(shù)據(jù)才足夠？”這個問題沒有簡單答案，它取決于采樣策略、測序目的、序列質(zhì)量以及元數(shù)據(jù)的詳盡程度。公共衛(wèi)生實驗室通常依賴于醫(yī)療機構(gòu)的便利樣本，這可能偏向重癥患者和有檢測能力的地區(qū)，帶來偏差。

值得注意的是，本分析僅基于GISAID的數(shù)據(jù)，而該平臺近期因運營問題引發(fā)爭議，影響了基于其數(shù)據(jù)的多項全球分析工作。這凸顯了建立一個穩(wěn)健、透明、符合最佳實踐的數(shù)據(jù)共享平臺的迫切性。WHO在2025年發(fā)布的基因組數(shù)據(jù)共享平臺屬性和原則需要被廣泛采納和應(yīng)用。

本研究系統(tǒng)性地揭示并量化了全球SARS-CoV-2基因組監(jiān)測中兩個相互關(guān)聯(lián)的嚴峻挑戰(zhàn)：長期存在的國家間不平等和近期出現(xiàn)的全球性監(jiān)測萎縮。結(jié)論明確指出，數(shù)據(jù)提交的高度不平衡和大幅下降嚴重削弱了我們早期檢測和表征新變異株的能力，對全球公共衛(wèi)生構(gòu)成了直接威脅。這不僅僅是SARS-CoV-2獨有的問題，其背后反映出的能力建設(shè)、可持續(xù)資助、數(shù)據(jù)共享激勵與利益公平分配等障礙，普遍適用于猴痘（mpox）病毒、高致病性禽流感H5N1等所有具有流行和大流行潛力的病原體。基因組流行病學是一個極其強大的工具，但其力量完全取決于我們提供的數(shù)據(jù)。因此，研究強烈呼吁，國際社會需要做出長期的政治和資金承諾，投資于可持續(xù)的基因組監(jiān)測項目，建立更公平、透明、及時的數(shù)據(jù)共享機制，并制定科學的采樣與測序框架。唯有如此，人類才能在面對不斷進化的微生物威脅時，保持必要的警覺和反應(yīng)能力。