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        將超高場表示方法轉移到低場磁共振成像的強度引導腦分割中

        《Pattern Recognition》:Transferring Ultrahigh-Field Representations for Intensity-Guided Brain Segmentation of Low-Field Magnetic Resonance Imaging

        【字體: 時間:2026年02月28日 來源:Pattern Recognition 7.6

        編輯推薦:

          超高清MRI(7T)具有更高的信噪比和對比度,可提升腦分割精度,但受限于成本和設備普及。本文提出SegUHF框架,通過知識蒸餾(KKN)生成7T-like特征,并利用自適應融合模塊(AFM)在低場(3T)MRI中融合高低場特征,增強解剖細節識別能力。實驗表明該方法在腦組織分割和全腦分割任務中均優于基線,且可適配多種分割模型。

          
        Kwanseok Oh|Jieun Lee|Da-Woon Heo|Dinggang Shen|Heung-Il Suk
        韓國大學人工智能系,首爾02841,大韓民國

        摘要

        超高場(UHF)磁共振成像(MRI),尤其是7T MRI,由于其增強的信噪比和基于磁化率的對比度,能夠提供更精細的內部腦結構解剖細節。然而,7T MRI的廣泛應用受到其高昂成本和較低可及性的限制,相比低場(LF)MRI而言。本研究提出了一種名為SegUHF的方法,該方法系統地將LF MRI的特征表示與推斷出的類似7T的特征表示融合在一起,用于在沒有7T MRI的環境中進行腦圖像分割任務。具體而言,我們在SegUHF中提出的自適應融合模塊利用預訓練的網絡從LF圖像中提取類似7T的特征,然后對其進行細化,以有效地將UHF的指導信息融入LF圖像特征中。通過這種聚合和融合得到的強度引導特征,分割模型能夠識別出僅依賴LF特征時通常難以識別的細微結構。除了這些優勢外,即使使用任意的分割模型,該策略也可以通過調整LF特征的對比度來無縫利用UHF的指導信息。廣泛的實驗表明,我們的方法在腦組織和全腦分割方面均優于所有基線方法,并且還展示了其在不同模型和任務中的適應性和可擴展性。代碼可在以下鏈接獲取:https://github.com/ku-milab/UHF-guided_segmentation

        引言

        腦圖像分割是醫學成像中的關鍵過程,為高級體積分析、診斷和治療提供了基礎。磁共振成像(MRI)被認為是最重要的非侵入性掃描技術之一,能夠提供關于內部腦結構的詳細信息[1]。從MRI掃描中準確區分腦結構使臨床醫生能夠識別病理區域,從而精確定位腫瘤和其他異常[2]。在這方面,腦圖像分割主要分為兩類研究:腦組織分割(BTS)[3]、[4]、[5]和全腦分割(WBS)[6]、[7]、[8]。腦組織分割涉及將腦圖像劃分為其組成的組織類型,通常分為灰質(GM)、白質(WM)和腦脊液(CSF)。相比之下,全腦分割擴展了BTS的范圍,包括所有可辨識的腦結構,生成一個全面的腦解剖圖。
        這兩種任務主要使用低場(LF)MR圖像進行研究,如1.5T或3T MRI,因為它們在臨床中更為普遍且成本效益更高。然而,1.5T/3T圖像由于信噪比(SNR)和空間對比度分辨率較低,相比超高場(UHF)MRI掃描儀存在挑戰。UHF MR圖像,如7T MRI,由于其更高的SNR和圖像分辨率,能夠更好地顯示細微的解剖細節[9],這對于識別異常特別有益。憑借這些強烈的組織對比度,7T圖像甚至可以檢測到在3T圖像中難以察覺的形態變化,即體素強度的顯著差異。因此,使用7T圖像不僅能夠實現高級的腦組織分割,還有助于提升包括皮質和皮下區域在內的全腦醫學圖像分析性能[10]、[11]。然而,7T MRI的采集成本顯著更高,這使得其在實際臨床環境中的使用變得困難。
        深度學習(DL)通過學習復雜的結構模式顯著推動了醫學成像的發展。利用DL方法的力量,研究人員試圖利用UHF MRI,盡管其可用性有限,主要通過將3T圖像轉換為類似7T的特征表示來實現腦圖像分割。現有的3T到7T的轉換方法主要遵循兩種途徑:(i)使用類似7T的圖像作為指導(見圖1(a));(ii)使用直接匹配的特征作為指導(見圖1(b))。第一種方法[12]、[13]、[14]旨在將3T圖像的外觀轉換為類似7T圖像的外觀(即類似7T的圖像轉換)。這種方法利用了7T圖像的優越對比度和細節來提高3T圖像的質量;然而,它難以準確模擬復雜的7T特征,且3T圖像的固有特征容易發生意外變形或扭曲。第二種方法[15]、[16]側重于通過直接匹配3T和7T圖像來提取層次化特征。通過利用來自配對圖像相似性的手工制作或任務依賴的特征,這種方法受益于7T特征所獨有的豐富信息。盡管如此,這些特征在UHF表示的魯棒性和多樣性方面可能存在局限性,因為它們偏向于預定義的特征。依賴于3T和7T圖像的匹配對顯著影響了分割模型訓練的有效性。為了解決這些挑戰,引入了知識保持網絡(KKN)[17],通過知識蒸餾(KD)[18]利用3T圖像估計層次化的類似7T特征,并為任意分割模型提供UHF特征表示,以實現知識轉移。這鼓勵獨立的分割模型在沒有7T MRI的情況下利用UHF的指導。雖然他們提出的特征融合方法依賴于兩個可學習的參數,在腦組織分割(BTS)中提高了性能,但由于類似7T特征的過度對比度與LF圖像的固有結構之間的沖突,這種方法難以充分利用UHF表示。
        基于現有的特征引導分割范式,我們引入了SegUHF,這是一個框架,通過新穎的自適應融合策略將UHF知識融入LF MRI分割中。與以往的方法不同,我們的方法以空間信息為基礎調整LF特征的強度,使得模型即使在無法使用7T掃描的情況下也能利用UHF級別的解剖線索。據我們所知,這是首次將強度調整后的UHF指導信息整合到LF表示中,以增強腦圖像分割的效果。我們方法的核心是自適應融合模塊(AFM),它有效地結合了UHF特征表示的豐富對比度與LF圖像中的結構信息。AFM不是簡單地混合或固定權重,而是學習如何選擇性地突出信息豐富的區域,同時抑制不相關的變化。它首先聚合KKN產生的整體類似7T的線索,然后將其適應目標3T圖像的結構背景。通過這種方式,AFM提供了與解剖學兼容的指導,使基于LF的分割模型能夠在不需要實際7T掃描的情況下受益于UHF級別的細節。
        本研究的主要貢獻如下:(i)我們提出了SegUHF,一個分割框架,它將AFM集成到任意分割模型中,以在沒有7T的情況下有效整合UHF指導。通過調整LF特征的強度,SegUHF在保持結構完整性的同時增強了解剖相關區域的對比度;(ii)我們在SegUHF中引入了一個知識流,該流聚合了從預訓練網絡轉移的UHF特征,然后細化UHF指導,使其專門適用于LF特征,同時不改變LF特征的固有特性;(iii)我們證明了所提出的SegUHF在兩個基準數據集上(互聯網腦圖像分割庫(IBSR)用于腦組織分割和多圖譜標注挑戰(MALC)用于全腦分割)在定量和定性上均提高了分割性能。

        方法片段

        3T-7T腦MR轉換方法

        由于7T掃描的可用性有限,基于學習的方法試圖通過合成類似7T的圖像[12]、[13]、[14]或對齊3T和7T模式之間的潛在特征表示[15]、[16]來利用UHF信息。
        具體來說,Bahrami等人[12]提出了一個基于卷積神經網絡(CNN)的框架,該框架結合了外觀(強度)和解剖(組織標簽)線索,將3T輸入非線性映射到7T輸出。

        方法

        所提出的SegUHF的主要目標是通過KD在配對的3T-7T數據集上學習UHF特征表示,然后在沒有7T圖像的情況下提供可吸收的特征級UHF指導,用于分割LF圖像(例如3T圖像)。在圖2中,我們展示了所提出方法的總體框架,該框架包括三個核心組件:教師網絡T、知識保持網絡(KKN)K和自適應融合模塊(AFM)F(即基線模型)。
        給定配對的3T-7T數據集{Xp, Yp}

        配對的3T-7T數據集

        我們使用了15對來自15名成年志愿者的3T和7T T1加權MR圖像。具體來說,該隊列包括10名健康個體、2名輕度認知障礙(MCI)患者和3名癲癇患者,平均年齡為30±8歲。所有掃描均使用西門子Magnetom Trio 3T和7T全身MRI掃描儀完成。為了空間對齊,我們使用FMRIB軟件庫(FSL)包中的線性圖像配準工具(FLIRT)對齊了配對的3T和7T圖像。

        有限的配對3T–7T數據對泛化和魯棒性的影響

        在UHF引導學習中,一個潛在的問題是配對3T–7T數據的可用性有限,這可能會引發關于過擬合和泛化的合理疑問。在本研究中,用于訓練教師網絡和KKN的配對數據集確實較小,這反映了UHF MRI研究中的一個常見實際限制。盡管存在這一限制,我們的結果提供了令人鼓舞的證據,表明所提出的框架對這種數據限制并不過于敏感。特別是全腦分割(WBS)

        結論

        在這項研究中,我們提出了SegUHF,這是一種新穎的UHF引導分割框架,它通過利用UHF特征自適應地豐富LF表示。該框架的核心是輕量級的、即插即用的AFM,它可以以解剖學信息為基礎調整LF對比度,并能無縫集成到多種分割框架中。通過在BTS和WBS方面的廣泛實驗,我們證明了SegUHF在多種架構中都能一致地提高性能。

        CRediT作者貢獻聲明

        Kwanseok Oh:撰寫 – 審稿與編輯,撰寫 – 原始草稿,可視化,驗證,軟件,方法論,調查,形式分析,概念化。Jieun Lee:撰寫 – 審稿與編輯,可視化,驗證,軟件,方法論,調查,形式分析。Da-Woon Heo:撰寫 – 審稿與編輯,可視化,驗證,軟件,調查,形式分析。Dinggang Shen:撰寫 – 審稿與編輯,驗證,數據整理。Heung-Il Suk:撰寫 – 審稿

        利益沖突聲明

        作者聲明與本研究、作者身份和/或文章的發表沒有潛在的利益沖突。
        作者聲明他們沒有已知的財務利益或個人關系可能影響本文報告的工作。

        致謝

        本工作得到了韓國政府(MSIT)資助的信息與通信技術規劃與評估研究所(IITP)的資助,項目編號為RS-2019-II190079(韓國大學人工智能研究生項目)和RS-2022-II220959(視覺和語言中的因果推斷的少樣本學習,用于決策制定)。
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