《Plant Physiology and Biochemistry》:Genome-wide identification and functional characterization of six ERD6-like genes involved in soluble sugar accumulation and response to drought in peach (
Prunus persica)
編輯推薦:
為解決桃果實(shí)糖分調(diào)控與干旱響應(yīng)的分子機(jī)制不清的問題,研究人員開展了桃ERD6-like基因家族的全基因組鑒定與功能研究。通過生物信息學(xué)、亞細(xì)胞定位、瞬時過表達(dá)與干旱處理等實(shí)驗,發(fā)現(xiàn)PpERDL6-1負(fù)調(diào)控果糖積累,而PpERDL6-3/4/6促進(jìn)果糖積累,且所有基因均響應(yīng)干旱脅迫。該研究為桃果實(shí)品質(zhì)改良與抗逆育種提供了新靶點(diǎn)。
桃,作為起源于中國、全球第三大無性繁殖溫帶果樹,其果實(shí)的甜美風(fēng)味是吸引消費(fèi)者的關(guān)鍵。而這種風(fēng)味很大程度上取決于可溶性糖——蔗糖、葡萄糖和果糖的含量與比例。有趣的是,相較于栽培品種,一些地方品種更高的甜度主要?dú)w因于果糖含量的提升,因為果糖的相對甜度約是蔗糖的1.7倍。在成熟的果實(shí)細(xì)胞中,糖分主要儲存在占據(jù)細(xì)胞體積高達(dá)90%的液泡中,因此,跨越液泡膜的糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白是調(diào)控果實(shí)甜度的核心。其中,ERD6-like(Early Response to Dehydration 6-like)蛋白是液泡膜糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(TSTs)中最大的亞家族,被認(rèn)為主要負(fù)責(zé)葡萄糖從液泡向細(xì)胞質(zhì)的輸出,在植物響應(yīng)干旱脅迫、種子萌發(fā)及糖穩(wěn)態(tài)維持中發(fā)揮作用。然而,盡管在擬南芥、蘋果、柑橘等物種中已有研究,但ERD6-like基因家族在桃中的成員、功能及其在果實(shí)發(fā)育和干旱脅迫下的調(diào)控機(jī)制仍是一片空白。
此前的研究已發(fā)現(xiàn)桃中的PpERDL16(現(xiàn)更名為PpERDL6-1)是果實(shí)果糖含量的負(fù)調(diào)控因子。這促使研究人員思考:桃基因組中還有哪些ERD6-like基因?它們?nèi)绾斡绊懖煌欠值姆e累?是否參與桃對干旱等非生物脅迫的響應(yīng)?為了回答這些問題,北京市農(nóng)林科學(xué)院林業(yè)果樹研究所的景彥甫、劉悅欣等人開展了一項系統(tǒng)性的研究,相關(guān)成果發(fā)表在《Plant Physiology and Biochemistry》上。
研究人員主要運(yùn)用了以下幾項關(guān)鍵技術(shù):首先,利用生物信息學(xué)方法對桃基因組進(jìn)行全基因組掃描,鑒定出ERD6-like基因家族成員。其次,通過系統(tǒng)發(fā)育、基因結(jié)構(gòu)和啟動子順式作用元件分析,探究其進(jìn)化關(guān)系和潛在調(diào)控機(jī)制。第三,利用農(nóng)桿菌介導(dǎo)的瞬時轉(zhuǎn)化技術(shù)在煙草葉片中進(jìn)行亞細(xì)胞定位實(shí)驗,確認(rèn)蛋白的細(xì)胞位置。第四,在桃果實(shí)中果肉切片中進(jìn)行了基因的瞬時過表達(dá)和病毒誘導(dǎo)的基因沉默(VIGS)實(shí)驗,結(jié)合高效液相色譜法(HPLC)測定糖含量,以驗證基因功能。最后,通過甘露醇模擬干旱脅迫和盆栽控水實(shí)驗,分析基因表達(dá)模式與糖積累的變化。研究所用桃材料主要來自北京平谷區(qū)的桃品質(zhì)改良基地,包括‘瑞油蟠1號’和‘中油8號’等品種。
3.1. 桃中ERD6-like基因家族的鑒定
研究人員通過同源比對,在桃基因組中鑒定出6個ERD6-like基因,命名為PpERDL6-1至PpERDL6-6。它們分布在1、6和8號染色體上,其中PpERDL6-4、-5、-6在8號染色體上成簇排列,暗示基因復(fù)制事件可能促進(jìn)了該家族的擴(kuò)張。
3.2. ERD6-like家族的基因結(jié)構(gòu)、保守結(jié)構(gòu)域、系統(tǒng)發(fā)育和啟動子順式作用元件分析
基因結(jié)構(gòu)分析顯示,除PpERDL6-2外,其他成員具有相似的外顯子-內(nèi)含子模式,表明較高的進(jìn)化保守性。所有成員均含有糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白結(jié)構(gòu)域和8-11個保守基序。系統(tǒng)發(fā)育分析將桃的6個基因分散在A1、A2、C和F四個進(jìn)化枝中,表明它們可能具有功能分化。啟動子分析發(fā)現(xiàn),所有基因的啟動子區(qū)均含有豐富的光響應(yīng)、激素響應(yīng)(如脫落酸ABA、茉莉酸甲酯MeJA)及脅迫響應(yīng)(如干旱誘導(dǎo)、低溫響應(yīng))相關(guān)順式作用元件,提示它們廣泛參與環(huán)境脅迫和激素信號的整合。
3.3. PpERD6-like蛋白的亞細(xì)胞定位及其在果實(shí)發(fā)育過程中的基因表達(dá)模式
亞細(xì)胞定位實(shí)驗證實(shí),所有6個PpERD6-like蛋白均與液泡膜標(biāo)記蛋白PpTST1共定位,明確其定位于液泡膜。這表明它們在液泡糖轉(zhuǎn)運(yùn)中發(fā)揮直接作用。表達(dá)模式分析顯示,6個基因在‘華光’桃果實(shí)八個發(fā)育時期的表達(dá)呈現(xiàn)動態(tài)變化。PpERDL6-1在果實(shí)發(fā)育早期高表達(dá),在成熟后期顯著下調(diào);PpERDL6-2和-3在快速膨大期(約65 DAA)表達(dá)達(dá)到峰值;而PpERDL6-4、-5、-6在開花早期表達(dá)較高并在整個成熟期維持中度表達(dá)。
3.4. PpERD6-like基因在糖積累中的功能分析及其在干旱脅迫下的表達(dá)模式
這是本研究的功能核心。瞬時過表達(dá)實(shí)驗表明,不同基因?qū)μ欠e累的調(diào)控作用存在顯著差異:過表達(dá)PpERDL6-1顯著降低了果肉中果糖和葡萄糖的水平;過表達(dá)PpERDL6-2特異性地增加了葡萄糖含量;而過表達(dá)PpERDL6-3、-4和-6則促進(jìn)了果糖的積累。蔗糖含量在各處理中基本不變,說明這些基因主要影響單糖代謝。病毒誘導(dǎo)的基因沉默(VIGS)實(shí)驗進(jìn)一步證實(shí)了PpERDL6-1的功能,其沉默導(dǎo)致果肉中果糖、葡萄糖和蔗糖含量均顯著上升。
在干旱脅迫下,無論是甘露醇模擬的滲透脅迫還是盆栽控水實(shí)驗,桃果實(shí)中的可溶性糖(果糖、葡萄糖、蔗糖)均顯著積累。相應(yīng)地,6個PpERD6-like基因的表達(dá)發(fā)生波動:PpERDL6-1和-4的表達(dá)在脅迫下被抑制;而PpERDL6-2、-3、-5和-6則呈現(xiàn)先誘導(dǎo)后下降的表達(dá)模式。這表明在干旱脅迫下,通過抑制某些ERD6-like基因的表達(dá)來減少糖分從液泡外流,可能是桃果實(shí)積累糖分以實(shí)現(xiàn)滲透調(diào)節(jié)的重要機(jī)制。
4. 討論與結(jié)論
本研究的討論部分對上述發(fā)現(xiàn)進(jìn)行了深入闡釋。系統(tǒng)發(fā)育和共線性分析表明,桃的ERD6-like基因與蘋果、梨等薔薇科物種的同源基因親緣關(guān)系較近,而在雙子葉與單子葉植物間存在分化,揭示了該基因家族在進(jìn)化上的保守性與特異性。基因功能的多樣性(如對果糖和葡萄糖的不同調(diào)控效應(yīng))暗示家族成員可能通過底物特異性、轉(zhuǎn)運(yùn)方向或受胞內(nèi)糖信號調(diào)控等方式,在桃果實(shí)糖分區(qū)室化中扮演不同甚至相反的角色,這為理解液泡與細(xì)胞質(zhì)之間的糖穩(wěn)態(tài)調(diào)控提供了新視角。啟動子中的多種脅迫響應(yīng)元件和基因在干旱下的差異表達(dá)模式,將ERD6-like基因的功能從單純的糖轉(zhuǎn)運(yùn)擴(kuò)展到了非生物脅迫應(yīng)答領(lǐng)域。研究表明,在干旱初期,部分基因的上調(diào)可能有利于糖分從液泡輸出用于應(yīng)激信號傳導(dǎo);而在持續(xù)脅迫下,關(guān)鍵基因如PpERDL6-1的下調(diào)則有助于糖分在液泡中滯留,起到滲透保護(hù)作用。這種協(xié)調(diào)調(diào)控模式將糖代謝與脅迫適應(yīng)緊密聯(lián)系了起來。
綜上所述,本研究首次在桃中完成了ERD6-like基因家族的全基因組鑒定與系統(tǒng)性功能解析。主要結(jié)論包括:1)桃基因組中含有6個ERD6-like基因,它們位于液泡膜,在進(jìn)化上具有保守性但也存在功能分化的潛力;2)該家族成員在果實(shí)發(fā)育不同階段特異性表達(dá),并響應(yīng)光、激素及干旱信號;3)功能實(shí)驗證實(shí)它們參與調(diào)控可溶性糖(特別是果糖和葡萄糖)的積累,但不同成員作用不同,存在功能多樣性;4)在干旱脅迫下,這些基因通過表達(dá)重編程參與脅迫誘導(dǎo)的糖積累過程,協(xié)調(diào)果實(shí)的脅迫適應(yīng)與品質(zhì)形成。該研究不僅深化了對桃果實(shí)糖分積累分子機(jī)制的理解,更重要的是,將果實(shí)品質(zhì)性狀(甜度)與非生物脅迫抗性(干旱)通過ERD6-like基因家族聯(lián)系起來,為未來通過分子育種手段同步改良桃果實(shí)風(fēng)味和抗逆性提供了寶貴的候選基因資源和理論依據(jù)。