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        自適應(yīng)擬連續(xù)方法及基于理論的統(tǒng)一后驗(yàn)誤差估計(jì)的晶體缺陷模擬

        《Computer Physics Communications》:Adaptive quasicontinuum methods and simulations for crystal defects with a theory based unified a posteriori error estimate

        【字體: 時(shí)間:2026年03月01日 來源:Computer Physics Communications 3.4

        編輯推薦:

          Adaptive quasicontinuum methods with unified residual-force based a posteriori error estimates for efficient crystalline defect simulations.摘要

          
        郝王|楊帥王
        四川大學(xué)數(shù)學(xué)學(xué)院,中國(guó)成都一環(huán)路24號(hào)

        摘要

        自適應(yīng)準(zhǔn)連續(xù)(QC)方法是分子力學(xué)中用于模擬含有缺陷材料的重要方法,旨在實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確性和效率之間的最佳平衡。在本研究中,我們提出了一種基于殘差的“事后”誤差估計(jì)方法,該方法簡(jiǎn)單且適用于所有一致的準(zhǔn)連續(xù)方法,與之前采用的基于殘差應(yīng)力的“事后”誤差估計(jì)方法不同,后者較為復(fù)雜,需要針對(duì)特定的QC方法進(jìn)行推導(dǎo)。這種簡(jiǎn)單且統(tǒng)一的誤差估計(jì)公式,結(jié)合某些采樣技術(shù),使得實(shí)現(xiàn)高效且靈活的自適應(yīng)模擬成為可能。我們還從理論上證明了所提出的誤差估計(jì)方法能夠提供真實(shí)誤差的上界。我們基于這種通用誤差估計(jì)方法開發(fā)了自適應(yīng)算法,并通過幾種代表性的準(zhǔn)連續(xù)方法對(duì)各種類型的晶體缺陷進(jìn)行了驗(yàn)證,從收斂性和效率兩個(gè)方面進(jìn)行了評(píng)估。特別是對(duì)于反平面裂紋的自適應(yīng)模擬,由于事先知之甚少,這證明了所提出的“事后”估計(jì)方法和自適應(yīng)策略的必要性和重要性。

        引言

        在過去的二十年里,多尺度耦合方法作為一類重要的同時(shí)多尺度方法,吸引了包括力學(xué)、材料科學(xué)、生物化學(xué)和數(shù)學(xué)等多個(gè)學(xué)術(shù)界的廣泛關(guān)注[1]、[2]、[3]、[4]、[5]、[6]。準(zhǔn)連續(xù)(QC)方法,也稱為原子到連續(xù)(a/c)耦合方法,是分子力學(xué)(MM)中典型的多尺度耦合方法之一,旨在實(shí)現(xiàn)模擬晶體缺陷時(shí)的(準(zhǔn))最佳準(zhǔn)確性和效率平衡[7]、[8]、[9]、[10]、[11]、[12]、[13]、[14]、[15]、[16]、[17]、[18]、[19]、[20]。QC方法的基本思想是在局部缺陷(也稱為原子區(qū)域)附近使用相對(duì)更精確的分子力學(xué)模型,而在彈性遠(yuǎn)場(chǎng)(也稱為連續(xù)區(qū)域)使用連續(xù)模型,如柯西-玻恩近似。
        不同QC方法的建模和“事先”分析已經(jīng)得到了全面的研究[6]、[20]、[21]、[22]、[23]、[24]、[25]、[26]、[27]、[28]、[29]、[30]、[31]。我們還可以參考[4]、[32]中的綜述和基準(zhǔn)測(cè)試,以及[5]中關(guān)于嚴(yán)格“事先”誤差分析的框架。然而,對(duì)于QC方法來說,自適應(yīng)性同樣重要。這是因?yàn)椴牧舷到y(tǒng)可能非常復(fù)雜,以至于沒有足夠的“事先”知識(shí)來指導(dǎo)原子區(qū)域和連續(xù)區(qū)域的劃分以及適當(dāng)網(wǎng)格結(jié)構(gòu)的構(gòu)建,從而實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確性和效率之間的最佳平衡。因此,“事后”估計(jì)和相應(yīng)的自適應(yīng)算法對(duì)于QC方法的實(shí)際應(yīng)用至關(guān)重要[33]、[34]。
        基于理論的“事后”誤差估計(jì)有兩種主要方法,這兩種方法都被自適應(yīng)QC方法所采用。第一種是目標(biāo)導(dǎo)向的方法,旨在“減少解的某個(gè)函數(shù)的誤差”[35],這些函數(shù)通常被稱為“感興趣的量”[36]、[37]、[38]、[39]。基于這種方法的自適應(yīng)QC方法已應(yīng)用于一維Frenkel-Kontorova模型的模擬[40]、[41]、[42]和三維納米壓痕問題[43]。后來,這種方法還被應(yīng)用于基于Arlequin框架的QC方法的自適應(yīng)模型誤差控制[14]、[44]。這種方法的主要缺點(diǎn)是很難獲得感興趣量的良好估計(jì),從而導(dǎo)致自適應(yīng)過程的適當(dāng)停止標(biāo)準(zhǔn)難以確定[45]。
        本研究關(guān)注第二種方法,即基于殘差的“事后”誤差估計(jì),該方法旨在“減少誤差的范數(shù)”[35]。這種方法最初被用于一維一致QC方法的“事后”誤差控制問題[24]、[46]。隨后,它被擴(kuò)展到具有最近鄰相互作用的兩維點(diǎn)缺陷的幾何重構(gòu)原子到連續(xù)(GRAC)方法[47],并進(jìn)一步推廣到有限范圍相互作用[48]。然而,后來人們注意到基于殘差的估計(jì)方法計(jì)算成本較高,這主要是由于不同尺度模型的晶格和網(wǎng)格不匹配所致。我們最近的努力致力于解決這個(gè)問題,并在效率和自適應(yīng)模擬到更現(xiàn)實(shí)的缺陷(如位錯(cuò)和交互空位)方面取得了顯著改進(jìn)[49]。
        盡管現(xiàn)有的基于殘差的方法可以進(jìn)一步擴(kuò)展到更廣泛的QC方法和缺陷類型,但這種方法存在一些關(guān)鍵限制。首先,“事后”誤差估計(jì)器依賴于特定的耦合方案,這導(dǎo)致代碼的可重用性較低,從而實(shí)現(xiàn)效率低下。其次,估計(jì)器的公式通常很復(fù)雜,導(dǎo)致實(shí)現(xiàn)和計(jì)算成本較高。特別是,在多尺度科學(xué)和工程中廣泛使用的混合QC方法[2]、[32]、[50]、[51]、[52]、[53]中,基于殘差的“事后”誤差估計(jì)在多于一個(gè)維度上尚未實(shí)現(xiàn)。
        本工作的目的是解決上述關(guān)鍵限制。通過基于“殘差力”推導(dǎo)誤差估計(jì)器,我們能夠?yàn)橐话阋恢翾C方法提供統(tǒng)一的“事后”誤差估計(jì)。然后使用這種統(tǒng)一的誤差估計(jì)器來設(shè)計(jì)幾種代表性QC方法的自適應(yīng)算法。這些算法隨后被用于對(duì)具有實(shí)際重要性的幾種晶體缺陷進(jìn)行自適應(yīng)模擬。具體來說,我們的貢獻(xiàn)體現(xiàn)在以下三個(gè)方面。
        首先,我們基于“殘差力”推導(dǎo)出統(tǒng)一的“事后”誤差估計(jì)器,與之前基于“殘差應(yīng)力”的估計(jì)器[24]、[46]、[47]、[48]、[49]不同。基于殘差力的估計(jì)器不依賴于我們考慮的特定QC方法,并且我們提供了一個(gè)理論框架,證明這種估計(jì)器可以提供離散H^1范數(shù)下真實(shí)誤差的上界。
        其次,我們?yōu)橐幌盗蠶C方法開發(fā)了新的自適應(yīng)算法,這些方法涵蓋了從尖銳界面到混合界面、基于能量到基于力的類型。這些算法旨在自動(dòng)調(diào)整連續(xù)區(qū)域中的網(wǎng)格結(jié)構(gòu)以及原子區(qū)域和混合區(qū)域的分配。所有自適應(yīng)算法本質(zhì)上都基于基于力的統(tǒng)一誤差估計(jì)器,只需要進(jìn)行算法調(diào)整。我們注意到,基于理論的“事后”誤差估計(jì)和完全自適應(yīng)算法(同時(shí)考慮網(wǎng)格細(xì)化和區(qū)域分配)首次在多于一個(gè)維度上為廣泛使用的混合QC方法[15]、[30]、[54]開發(fā)。
        第三,我們對(duì)各種類型的晶體缺陷(包括裂紋)的自適應(yīng)模擬中的誤差控制策略進(jìn)行了數(shù)值驗(yàn)證,據(jù)作者所知,這在QC背景下是首次實(shí)現(xiàn)的。自適應(yīng)模擬表明,所提出的算法能夠產(chǎn)生最佳的誤差收斂率和(準(zhǔn))最優(yōu)的域分解。對(duì)裂紋的自適應(yīng)QC方法的系統(tǒng)研究是一項(xiàng)開創(chuàng)性工作,利用了統(tǒng)一的基于殘差力的“事后”誤差估計(jì)器的優(yōu)點(diǎn)。相反,“事先”分析提出了需要高級(jí)技術(shù)來有效解決的挑戰(zhàn)。這種方法的固有效率和顯著的靈活性不僅拓寬了視野,還為研究實(shí)際晶體缺陷(如晶界)提供了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
        為了確保陳述的清晰性,我們專注于二維中具有有限范圍相互作用的原子系統(tǒng)。然而,所提出的統(tǒng)一框架可以潛在地?cái)U(kuò)展到其他一致的多尺度耦合方案和三維問題。本文最后還討論了包括其他耦合方案的更高效策略以及擴(kuò)展到三維中的實(shí)際晶體缺陷(如部分位錯(cuò)和晶界)的進(jìn)一步研究。
        本文的結(jié)構(gòu)如下。第2節(jié)中,我們介紹了晶體缺陷的數(shù)學(xué)概念以及原子方法和準(zhǔn)連續(xù)方法的一般公式。第2.3節(jié)還給出了QC方法的“事先”估計(jì)和一致性的定義。第3節(jié)系統(tǒng)地推導(dǎo)了基于殘差的誤差估計(jì)器,并證明了該估計(jì)器可以提供真實(shí)近似誤差的上界。此外,第3.4節(jié)還給出了一種評(píng)估局部誤差貢獻(xiàn)的有效方法。第4節(jié),我們分別基于剛剛推導(dǎo)出的誤差估計(jì)器,為尖銳界面和混合QC方法開發(fā)了自適應(yīng)算法。我們注意到,用于自適應(yīng)分配混合區(qū)域的算法是首次在文獻(xiàn)中提出的。第5節(jié),我們展示了我們考慮的幾種晶體缺陷的自適應(yīng)模擬,并對(duì)我們的發(fā)現(xiàn)進(jìn)行了全面的討論和解釋。第6節(jié),我們總結(jié)了我們的結(jié)果并討論了可能的未來方向。
        我們使用符號(hào)?·, ·?來表示Banach空間及其對(duì)偶空間之間的抽象對(duì)偶配對(duì)。符號(hào)|·|通常表示歐幾里得范數(shù)或Frobenius范數(shù),而‖·‖表示算子范數(shù)。對(duì)于E∈C^2(X),第一和第二變體分別表示為?δE(u), v?和?δ^2E(u)v, w?,其中u, v, w∈X。對(duì)于二階張量,我們表示為ABA:B:=i,jAijBij。半徑為r、中心為x的閉球表示為B_r(x),如果中心是原點(diǎn),則表示為B_r。

        章節(jié)摘錄

        原子模型和準(zhǔn)連續(xù)方法

        在本節(jié)中,我們闡述了原子模型和準(zhǔn)連續(xù)方法的非常通用的公式,這些公式可以適用于各種不同的QC方法[5]、[15]、[20]、[30]、[31]。我們將特定方法的詳細(xì)公式介紹推遲到第4節(jié),在那里開發(fā)了自適應(yīng)策略,以便更好地關(guān)聯(lián)耦合方案和相應(yīng)的算法。為了簡(jiǎn)化起見,我們考慮了單物種Bravais結(jié)構(gòu)

        基于殘差的統(tǒng)一“事后”誤差估計(jì)

        在本節(jié)中,我們提出了一個(gè)適用于滿足條件(14)的一般一致QC方法的“事后”誤差估計(jì)的統(tǒng)一框架。這種估計(jì)為第4節(jié)中的一系列QC方法的自適應(yīng)算法奠定了基礎(chǔ)。我們基本上將我們之前關(guān)于簡(jiǎn)單點(diǎn)缺陷的自適應(yīng)QM/MM方法的研究中引入的分析框架[58]適應(yīng)到QC環(huán)境中,并將其擴(kuò)展到位錯(cuò)和裂紋。

        各種準(zhǔn)連續(xù)方法的自適應(yīng)算法

        在本節(jié)中,我們基于我們的“統(tǒng)一基于殘差的‘事后’誤差估計(jì)器”開發(fā)了各種QC方法的“事后”誤差控制算法。我們專注于文獻(xiàn)中最常見的兩類QC方法:尖銳界面QC方法和混合QC方法[4]、[5]、[32]。盡管從建模的角度來看,QC方法還可以進(jìn)一步分類為基于能量和基于力的方法

        數(shù)值實(shí)驗(yàn)

        在本節(jié)中,我們使用第4節(jié)開發(fā)的自適應(yīng)算法對(duì)三種典型缺陷進(jìn)行了自適應(yīng)模擬:微裂紋、反平面螺旋位錯(cuò)和反平面裂紋。這些缺陷的幾何形狀已在圖1中示出。
        本研究中使用的軟件包總結(jié)如下。AC2D包支持原子到連續(xù)耦合方法的構(gòu)建和優(yōu)化,所有相關(guān)腳本和數(shù)據(jù)可在//github.com/YangshuaiWang/AC2D/tree/main

        結(jié)論

        在這項(xiàng)工作中,我們提出了一個(gè)統(tǒng)一的基于理論的“事后”誤差估計(jì)框架,用于分子力學(xué)模擬中晶體缺陷的一致準(zhǔn)連續(xù)(QC)方法。基于統(tǒng)一的誤差估計(jì),我們?yōu)橐幌盗蠶C方法開發(fā)了自適應(yīng)算法,并對(duì)幾種重要的晶體缺陷進(jìn)行了自適應(yīng)模擬,包括微裂紋、反平面位錯(cuò)和反平面裂紋。特別是,我們基本上實(shí)現(xiàn)了三個(gè)

        CRediT作者貢獻(xiàn)聲明

        郝王:撰寫 – 審稿與編輯、驗(yàn)證、監(jiān)督、資源獲取、概念化。楊帥王:撰寫 – 原始草稿、軟件、方法論、研究、形式分析、概念化。

        利益沖突聲明

        作者聲明他們沒有已知的競(jìng)爭(zhēng)性財(cái)務(wù)利益或個(gè)人關(guān)系可能影響本文報(bào)告的工作。
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