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        綜述:利用基于RNA折紙技術(shù)的納米管來(lái)開(kāi)發(fā)人工細(xì)胞骨架

        《Progress in Biophysics and Molecular Biology》:Developing artificial cytoskeletons using RNA origami-based nanotubes

        【字體: 時(shí)間:2026年03月02日 來(lái)源:Progress in Biophysics and Molecular Biology 3.2

        編輯推薦:

          人工細(xì)胞骨架的構(gòu)建研究顯示,RNA原核生物素納米管因其可編程性、自組裝能力和與細(xì)胞機(jī)器的兼容性,成為模擬天然細(xì)胞骨架的關(guān)鍵技術(shù)。盡管存在體內(nèi)穩(wěn)定性差和遞送效率低等挑戰(zhàn),但其在動(dòng)態(tài)重組、靶向運(yùn)輸和合成細(xì)胞中的應(yīng)用前景廣闊。

          
        塔尼維爾·艾哈邁德(Tanvir Ahmed)| 卡齊·塔斯努瓦·阿拉姆(Kazi Tasnuva Alam)
        藥品科學(xué)系,健康與生命科學(xué)學(xué)院,南北大學(xué)(North South University),班庫(kù)德拉R/A區(qū)15號(hào)地塊,達(dá)卡1229,孟加拉國(guó)

        摘要

        細(xì)胞骨架在維持細(xì)胞結(jié)構(gòu)、促進(jìn)細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸以及實(shí)現(xiàn)機(jī)械響應(yīng)性方面發(fā)揮著基礎(chǔ)性作用。通過(guò)合成手段模仿這一復(fù)雜的生物框架,為納米技術(shù)、合成生物學(xué)和治療應(yīng)用帶來(lái)了廣闊的前景。核酸納米技術(shù)的最新進(jìn)展使RNA折紙技術(shù)成為構(gòu)建納米級(jí)結(jié)構(gòu)的一種多功能且可編程的支架。本文探討了利用基于RNA折紙的納米管來(lái)設(shè)計(jì)人工細(xì)胞骨架的新興概念。我們討論了RNA相對(duì)于DNA在結(jié)構(gòu)和功能上的獨(dú)特優(yōu)勢(shì),包括其能夠在轉(zhuǎn)錄過(guò)程中折疊、形成復(fù)雜的三級(jí)相互作用以及與細(xì)胞機(jī)制的接口能力。文章還探討了設(shè)計(jì)和組裝模擬微管和肌動(dòng)蛋白絲的RNA納米管的關(guān)鍵策略,以及控制其長(zhǎng)度、硬度和空間組織的方法。此外,還強(qiáng)調(diào)了通過(guò)配體結(jié)合基序、核酶和RNA-蛋白質(zhì)相互作用實(shí)現(xiàn)動(dòng)態(tài)重塑和響應(yīng)性的潛力。同時(shí),也回顧了這些納米管在細(xì)胞內(nèi)支架、靶向貨物運(yùn)輸以及合成細(xì)胞開(kāi)發(fā)中的應(yīng)用。盡管仍存在一些挑戰(zhàn),如體內(nèi)的穩(wěn)定性和高效遞送問(wèn)題,但RNA折紙技術(shù)為構(gòu)建可編程的仿生細(xì)胞骨架網(wǎng)絡(luò)提供了變革性的工具。

        引言

        細(xì)胞骨架是一個(gè)精心構(gòu)建且動(dòng)態(tài)變化的框架,對(duì)細(xì)胞的完整性和功能至關(guān)重要。它由三種主要的纖維系統(tǒng)組成:肌動(dòng)蛋白絲、微管和中間纖維,每種纖維系統(tǒng)都具有獨(dú)特的結(jié)構(gòu)特征和動(dòng)態(tài)行為。肌動(dòng)蛋白絲能夠形成可適應(yīng)的網(wǎng)絡(luò),產(chǎn)生機(jī)械力,從而實(shí)現(xiàn)細(xì)胞運(yùn)動(dòng)、形態(tài)改變和組織修復(fù)等功能。微管是一種不可彎曲的管狀聚合物,有助于細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸,并對(duì)有絲分裂紡錘體的形成至關(guān)重要。中間纖維主要提供機(jī)械韌性,在持續(xù)受到機(jī)械力作用的組織(如肌肉、皮膚和血管)中保持結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性(Hohmann, 2019)。除了各自的功能外,這些纖維系統(tǒng)相互作用,形成一個(gè)緊密且能快速重組的網(wǎng)狀結(jié)構(gòu),促進(jìn)細(xì)胞遷移、粘附、細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸、機(jī)械轉(zhuǎn)導(dǎo)和極性形成等動(dòng)態(tài)細(xì)胞功能。細(xì)胞骨架的動(dòng)態(tài)變化對(duì)人類(lèi)身體的發(fā)育、組織維護(hù)和穩(wěn)態(tài)至關(guān)重要。細(xì)胞骨架結(jié)構(gòu)的破壞與多種疾病有關(guān),包括癌癥、神經(jīng)系統(tǒng)疾病、心血管疾病和免疫缺陷(Ndiaye等人,2022;Pradeau-phélut和Etienne-manneville,2024)。
        合成生物學(xué)領(lǐng)域?qū)θ斯ぜ?xì)胞骨架的需求推動(dòng)了其發(fā)展。天然細(xì)胞骨架蛋白(如肌動(dòng)蛋白和微管)在純化、重組和基因編碼方面存在顯著障礙,這使得體外生產(chǎn)類(lèi)似生命系統(tǒng)的過(guò)程變得復(fù)雜(Jahnke等人,2023)。
        基于合成DNA的細(xì)胞骨架由模塊化的DNA單元組成,已被設(shè)計(jì)用于復(fù)制天然纖維的基本功能,包括可逆組裝、ATP誘導(dǎo)的聚合以及在微隔室內(nèi)的貨物運(yùn)輸。合成系統(tǒng)具有廣泛的應(yīng)用:在細(xì)胞模擬中,它們作為人工細(xì)胞中的支架來(lái)復(fù)制細(xì)胞形態(tài)和動(dòng)態(tài);在細(xì)胞內(nèi)工程中,它們?yōu)榉肿舆\(yùn)輸提供可編程的通道;在藥物遞送中,核酸框架可以作為生物相容性載體或可控釋放的支架(Zhan等人,2022)。本文中的“人工細(xì)胞骨架”指的是能夠模擬細(xì)胞骨架功能的工程系統(tǒng),而不僅僅是一種單一材料。我們根據(jù)其功能將其分類(lèi)為:(i)用于空間組織的結(jié)構(gòu)支架;(ii)能夠進(jìn)行重塑的動(dòng)態(tài)系統(tǒng);(iii)用于貨物運(yùn)輸?shù)倪\(yùn)輸平臺(tái);(iv)編碼結(jié)構(gòu)與生化控制之間信息的調(diào)節(jié)架構(gòu)(Fletcher和Mullins,2010)。
        核酸納米技術(shù)已成為實(shí)現(xiàn)功能性角色的領(lǐng)先平臺(tái),提供了一個(gè)可編程、可尋址且可基因編碼的框架,用于構(gòu)建功能性人工細(xì)胞骨架。DNA納米結(jié)構(gòu),特別是DNA折紙技術(shù),已被廣泛用于構(gòu)建納米級(jí)支架和動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò)。最近,RNA折紙技術(shù)得到了發(fā)展,其中RNA序列被設(shè)計(jì)為在轉(zhuǎn)錄過(guò)程中折疊成特定的三維結(jié)構(gòu)(如納米管),這些納米管可以在脂質(zhì)囊泡內(nèi)自組裝,形成類(lèi)似細(xì)胞骨架的網(wǎng)絡(luò)(Tran等人,2025)。與DNA結(jié)構(gòu)相比,RNA納米結(jié)構(gòu)具有許多優(yōu)勢(shì)。RNA納米結(jié)構(gòu)可以基因編碼并在原位轉(zhuǎn)錄,使合成細(xì)胞能夠自主生成其細(xì)胞骨架成分,而無(wú)需外部化學(xué)合成。
        這種能力使得合成生物學(xué)領(lǐng)域朝著更加逼真和自主的人工細(xì)胞方向發(fā)展(Wu等人,2021;Zhan等人,2022)。
        本文探討了基于RNA的納米結(jié)構(gòu)作為合成細(xì)胞骨架系統(tǒng)的應(yīng)用,重點(diǎn)介紹了使用RNA折紙技術(shù)構(gòu)建可編程支架的方法。內(nèi)容涵蓋了RNA折疊、設(shè)計(jì)策略和納米管組裝,以及復(fù)制微管和肌動(dòng)蛋白絲的技術(shù)。重點(diǎn)在于功能化,以增強(qiáng)動(dòng)態(tài)行為,并探索其在細(xì)胞內(nèi)支架、貨物運(yùn)輸、人工細(xì)胞工程和生物傳感中的潛在應(yīng)用,同時(shí)討論了當(dāng)前面臨的挑戰(zhàn)和未來(lái)發(fā)展方向。隨著對(duì)人工細(xì)胞骨架興趣的增加,已經(jīng)研究了多種設(shè)計(jì)范式,包括基于蛋白質(zhì)的重組、DNA折紙支架和RNA折紙納米結(jié)構(gòu),需要對(duì)比評(píng)估它們?cè)诳删幊绦浴?dòng)態(tài)性和生物整合方面的差異。
        人工細(xì)胞骨架的開(kāi)發(fā)已經(jīng)通過(guò)基于蛋白質(zhì)、DNA以及最近的基于RNA的方法來(lái)實(shí)現(xiàn),每種方法都代表了獨(dú)特的設(shè)計(jì)領(lǐng)域;诘鞍踪|(zhì)的系統(tǒng)(包括重組的肌動(dòng)蛋白-肌球蛋白網(wǎng)絡(luò)和微管)在ATP驅(qū)動(dòng)的力生成和動(dòng)態(tài)重塑方面表現(xiàn)出色;然而,它們需要復(fù)雜的純化過(guò)程,并且在基于自下而上的合成細(xì)胞中進(jìn)行基因編碼時(shí)存在挑戰(zhàn)(Abu Shah和Keren,2014;G?pfrich等人,2018);贒NA折紙的細(xì)胞骨架具有顯著的結(jié)構(gòu)剛性、幾何精度和化學(xué)穩(wěn)定性;然而,它們通常依賴于外部組裝,并且與轉(zhuǎn)錄程序的兼容性較差(Jahnke等人,2023;Sherman和Seeman,2006)。
        基于RNA折紙的細(xì)胞骨架提供了一種補(bǔ)充方法,強(qiáng)調(diào)基因編碼能力、轉(zhuǎn)錄過(guò)程中的自組裝和動(dòng)態(tài)重構(gòu)。與蛋白質(zhì)纖維不同,RNA結(jié)構(gòu)不直接產(chǎn)生機(jī)械力,與DNA折紙相比,它們的機(jī)械強(qiáng)度和體內(nèi)穩(wěn)定性較低。RNA明顯更有利于形成自主、可編程的支架(Geary等人,2021;Poppleton等人,2023c)。

        部分摘錄

        二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)的形成

        RNA折疊是一個(gè)分層且動(dòng)態(tài)的過(guò)程,首先形成局部的二級(jí)結(jié)構(gòu),如螺旋結(jié)構(gòu)、發(fā)夾結(jié)構(gòu)、內(nèi)部環(huán)和連接結(jié)構(gòu),這些結(jié)構(gòu)通過(guò)經(jīng)典的(A–U、G–C)和非經(jīng)典的(G–U)堿基配對(duì)形成。隨后建立長(zhǎng)程的三級(jí)相互作用,決定了最終的三維結(jié)構(gòu)(Jr和Bustamante,1999)。這些二級(jí)元素在RNA折紙中作為模塊化構(gòu)建塊,促進(jìn)...

        螺旋重復(fù)單元和周期性基序

        RNA納米管的架構(gòu)主要取決于螺旋重復(fù)單元的精心設(shè)計(jì)。這些是簡(jiǎn)短的單鏈或雙鏈RNA片段,作為整個(gè)管狀結(jié)構(gòu)的基本組成部分。A形式RNA雙螺旋的固有幾何形狀決定了最終結(jié)構(gòu)的尺寸,如直徑和螺距。目標(biāo)是在指定方向上配置這些單元,以實(shí)現(xiàn)互補(bǔ)性——即軸向...

        基于肌動(dòng)蛋白-肌球蛋白的力生成

        盡管RNA折紙細(xì)胞骨架不表現(xiàn)出肌動(dòng)蛋白網(wǎng)絡(luò)的ATP驅(qū)動(dòng)收縮特性,但從肌動(dòng)蛋白系統(tǒng)中獲得的原理對(duì)于RNA支架的設(shè)計(jì)至關(guān)重要。這些原理包括纖維極性、膜錨定以及依賴于限制條件的組織方式。這些研究為設(shè)計(jì)作為極性化、與膜相關(guān)平臺(tái)的RNA納米管提供了信息,用于空間生化組織和馬達(dá)蛋白的招募,而不依賴于內(nèi)在...

        RNA折紙的生產(chǎn)和生物分布

        系統(tǒng)給藥RNA折紙療法的生物分布和藥理學(xué)仍然是未解決的問(wèn)題,尤其是在生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用中。在某些情況下,長(zhǎng)循環(huán)顆粒對(duì)于緩釋治療有利,而短循環(huán)顆粒有時(shí)更可取,以降低毒性(Albanese等人,2012)。由于其可定制的大小(這是決定循環(huán)持續(xù)時(shí)間的關(guān)鍵因素),RNA是一種出色的生物材料...

        提高RNA納米結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性

        盡管RNA分子在熱力學(xué)上比DNA分子更穩(wěn)定,且RNA納米結(jié)構(gòu)具有很大的治療潛力,但它們的固有不穩(wěn)定性目前限制了其在體內(nèi)的應(yīng)用。RNA納米結(jié)構(gòu)在體內(nèi)環(huán)境中容易展開(kāi)或錯(cuò)誤折疊,此外還可能受到核酸酶的破壞。因此,已經(jīng)研究了許多提高RNA納米結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性的方法。下面我們將介紹如何通過(guò)修改RNA骨架來(lái)穩(wěn)定RNA納米結(jié)構(gòu)...

        挑戰(zhàn)

        RNA折紙技術(shù)已經(jīng)取得了顯著進(jìn)展,未來(lái)有可能與DNA折紙技術(shù)一樣流行。由于RNA在結(jié)構(gòu)和功能上比DNA折紙更具多樣性,它提供了許多優(yōu)勢(shì),例如整合催化活性的能力。因此,它是自上而下和自下而上的合成生物學(xué)中的有力工具。隨著我們制造出更多功能性的RNA折紙結(jié)構(gòu),基于RNA折紙的人工細(xì)胞相關(guān)硬件可能會(huì)增加...

        討論

        最近在合成細(xì)胞中展示的基因編碼RNA折紙細(xì)胞骨架強(qiáng)調(diào)了RNA作為可編程結(jié)構(gòu)材料的潛力。除了納米結(jié)構(gòu)的組裝外,RNA折紙技術(shù)還與新的以RNA為中心的合成生物學(xué)進(jìn)展(如RNA開(kāi)關(guān)、邏輯電路和自適應(yīng)調(diào)節(jié)組件)無(wú)縫集成。這種兼容性使得細(xì)胞骨架支架能夠自我組裝、信息密集、對(duì)分子信號(hào)作出響應(yīng),并具有動(dòng)態(tài)性...

        結(jié)論

        利用基于RNA折紙的納米管開(kāi)發(fā)人工細(xì)胞骨架是合成生物學(xué)和納米技術(shù)領(lǐng)域的一個(gè)重要進(jìn)展。由于RNA天然具有可編程性、生物相容性和結(jié)構(gòu)多樣性,科學(xué)家們能夠開(kāi)發(fā)出高度有序的納米級(jí)結(jié)構(gòu),復(fù)制天然細(xì)胞骨架組分的動(dòng)態(tài)功能。除了加深對(duì)細(xì)胞骨架動(dòng)態(tài)和細(xì)胞組織的理解外,這些...

        CRediT作者貢獻(xiàn)聲明

        塔尼維爾·艾哈邁德(Tanvir Ahmed):撰寫(xiě)——審稿與編輯、撰寫(xiě)——初稿、可視化、概念化。卡齊·塔斯努瓦·阿拉姆(Kazi Tasnuva Alam):撰寫(xiě)——審稿與編輯、撰寫(xiě)——初稿

        未引用的參考文獻(xiàn)

        G??ringer等人,2014;Hohmann和Dehghani,2019;Tinoco和Bustamante,1999。

        數(shù)據(jù)可用性聲明

        由于在本研究期間沒(méi)有生成或分析任何數(shù)據(jù)集,因此不適用數(shù)據(jù)共享。

        披露聲明

        作者聲明沒(méi)有需要聲明的競(jìng)爭(zhēng)利益

        倫理聲明

        不適用

        資助

        本研究未獲得任何公共、商業(yè)或非營(yíng)利機(jī)構(gòu)的特定資助。

        利益沖突聲明

        ? 作者聲明沒(méi)有已知的競(jìng)爭(zhēng)財(cái)務(wù)利益或個(gè)人關(guān)系可能影響本文所述的工作。

        致謝

        不適用
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