通過調(diào)控天冬氨酸代謝,可以提高釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中基于β-丙氨酸的3-羥基丙酸的產(chǎn)量
《Bioresource Technology》:Engineering aspartate metabolism improves β-alanine–based 3-hydroxypropionic acid production in
Saccharomyces cerevisiae
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時間:2026年03月02日
來源:Bioresource Technology 9
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工程酵母通過優(yōu)化β-氨基酸代謝途徑實現(xiàn)木糖高效轉(zhuǎn)化為3-羥基丙酸,采用線粒體天冬氨酸生成策略和中間代謝重構(gòu),結(jié)合fed-batch發(fā)酵優(yōu)化,獲得32.9 g/L 3-HP產(chǎn)量(碳轉(zhuǎn)化率0.21),并成功應用于亞麻秸稈水解液生產(chǎn)6.9 g/L 3-HP。
鄭德燁|徐璐萍|趙繼凱|吳恩鐘
美國印第安納州西拉斐特市普渡大學食品科學系,郵編47907
摘要
3-羥基丙酸(3-HP)是生產(chǎn)丙烯酸、丙烯腈和各種其他工業(yè)化學品的重要原料。盡管已經(jīng)探索了利用木質(zhì)纖維素生物質(zhì)通過微生物途徑生產(chǎn)3-HP的方法,但現(xiàn)有系統(tǒng)受到木糖利用效率低下和代謝途徑瓶頸的限制。在本研究中,通過優(yōu)化β-丙氨酸途徑,對Saccharomyces cerevisiae進行了基因工程改造,以實現(xiàn)高效生產(chǎn)3-HP。將Tribolium castaneum的天冬氨酸脫羧酶(TcPAND)、Bacillus cereus的β-丙氨酸-丙酮酸氨基轉(zhuǎn)移酶(BcBAPAT)和Escherichia coli的3-羥基丙酸脫氫酶(EcydfG)組成的異源途徑引入到能夠利用木糖的菌株中。通過重新配置線粒體中的天冬氨酸生成途徑及相關中間氨基酸途徑,提高了3-HP的合成效率。通過優(yōu)化培養(yǎng)條件并實施分批發(fā)酵,獲得了32.9克/升的3-HP濃度,木糖轉(zhuǎn)化率為0.21摩爾/摩爾。最后,通過單獨的水解和發(fā)酵過程,使用脫乙;拇舐榻斩捤馕锍晒ιa(chǎn)出3-HP,產(chǎn)率為6.9克/升。這些結(jié)果表明,經(jīng)過基因工程改造的酵母可以在利用木糖的生物精煉廠中高效且可持續(xù)地生產(chǎn)3-HP。
引言
3-羥基丙酸(3-HP)在化工領域是一種關鍵的中間體,可用于合成多種高價值產(chǎn)品,如丙烯腈、1,3-丙二醇、甲基丙烯酸和馬來酸。據(jù)估計,3-HP的全球市場規(guī)模約為100億美元(Zabed等人,2023年)。目前3-HP的工業(yè)生產(chǎn)主要依賴于化學合成,工藝產(chǎn)率在50%到90%之間(Vidra和Németh,2018年)。然而,這些化學工藝的成本、復雜性和環(huán)境影響限制了其規(guī);a(chǎn),無法滿足不斷增長的全球需求。為了解決這些問題,微生物發(fā)酵作為一種有前景的替代方案應運而生,它具有減少副產(chǎn)物生成、提高能源效率和簡化工藝等優(yōu)點。此外,在發(fā)酵過程中利用可再生廢棄物資源可以進一步提高可持續(xù)性(Bozell和Petersen,2010年;Kumar等人,2013年)。
木質(zhì)纖維素生物質(zhì)是一種可再生且豐富的資源,全球年產(chǎn)量約為13億噸,是微生物發(fā)酵的理想原料(Council,2016年)。木質(zhì)纖維素包含纖維素、半纖維素和木質(zhì)素,可以通過酶的作用轉(zhuǎn)化為葡萄糖和木糖等單糖(Zhao等人,2022年)。雖然葡萄糖價格低廉且易于被微生物代謝,但有效轉(zhuǎn)化木糖仍然是一個主要挑戰(zhàn)。如果沒有高效的木糖利用機制,生物質(zhì)衍生的生化產(chǎn)品的經(jīng)濟潛力將受到限制(Bhagwat等人,2021年)。廣泛使用的真核細胞工廠Saccharomyces cerevisiae被認為是安全的(GRAS),具有豐富的遺傳工程工具箱,并且在低pH值下表現(xiàn)出較強的穩(wěn)定性,有利于生產(chǎn)乳酸、琥珀酸、左旋丁酸和3-羥基丙酸等有機酸(Abbott等人,2009年;Baptista等人,2021年)。此外,它對木質(zhì)纖維素水解物中的抑制劑具有天然耐受性,使其成為將木質(zhì)纖維素轉(zhuǎn)化為有機酸的理想宿主。然而,S. cerevisiae本身缺乏天然的木糖代謝途徑,因此需要通過基因工程引入異源木糖途徑并增強戊糖磷酸途徑來實現(xiàn)高效利用木糖(Khattab等人,2025年;Kim等人,2015年;Trichez等人,2025年;Vargas等人,2025年)。因此,提高木糖向3-HP等有價值化學品的轉(zhuǎn)化效率對于充分利用木質(zhì)纖維素原料至關重要。
在工程改造的S. cerevisiae中,3-HP的生產(chǎn)主要通過兩條代謝途徑實現(xiàn):馬來酰輔酶A途徑和β-丙氨酸途徑(Liang等人,2022年)。馬來酰輔酶A途徑利用來自脂肪酸生物合成的馬來酰輔酶A,具有碳利用效率高、酶促反應簡單和代謝負擔低的優(yōu)點(Wang等人,2023年)。該途徑在細菌中的3-HP產(chǎn)率范圍為3.7至55.4克/升(Liu等人,2023年;Tiwari等人,2024年),在酵母中的產(chǎn)率范圍為0.46至79.6克/升(Gao等人,2023年;Li等人,2025年;Qin等人,2024年)。然而,3-HP的形成效率取決于所使用的碳源。值得注意的是,與馬來酰輔酶A途徑相比,β-丙氨酸途徑使用木糖作為底物時表現(xiàn)更優(yōu)(Kildegaard等人,2015年)。在該途徑中,3-HP通過一系列酶促反應從天冬氨酸合成,涉及Tribolium castaneum的天冬氨酸脫羧酶(TcPAND)、Bacillus cereus的β-丙氨酸-丙酮酸氨基轉(zhuǎn)移酶(BcBAPAT)和Escherichia coli的3-羥基丙酸脫氫酶(EcydfG)(Borodina等人,2015年)。天冬氨酸則由草酰乙酸和l-谷氨酸在細胞質(zhì)(Aat2)和線粒體(Aat1)天冬氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶的作用下生成,2-氧代戊二酸作為中間產(chǎn)物(圖1A)。
本研究重點改進了工程改造的S. cerevisiae菌株YE9中的β-丙氨酸途徑,以提高從木糖生產(chǎn)3-HP的效率。研究假設增強天冬氨酸的生物合成可以提高前體的可用性,同時加強中間氨基酸途徑可以促進3-HP的代謝生成。為此,實施了系統(tǒng)級的重構(gòu)策略,將天冬氨酸的供應從細胞質(zhì)轉(zhuǎn)移到線粒體,從而直接將3-HP途徑與線粒體TCA循環(huán)連接起來,克服了細胞質(zhì)前體供應的限制。此外,優(yōu)化培養(yǎng)條件進一步提高了發(fā)酵性能。通過實施這些策略,在分批發(fā)酵過程中獲得了32.9克/升的3-HP濃度和0.21摩爾/摩爾的木糖轉(zhuǎn)化率。結(jié)果表明,代謝和工藝工程策略取得了成功,并指出了利用木質(zhì)纖維素生物質(zhì)大規(guī)模生產(chǎn)3-HP的可行性。
菌株和質(zhì)粒的構(gòu)建
本研究中使用的菌株、質(zhì)粒和引物的詳細信息見補充數(shù)據(jù)(見補充材料)。TcPAND和BcBAPAT經(jīng)過密碼子優(yōu)化,適用于S. cerevisiae,由Twist bioscience公司合成(Jeong等人,2025年)。E. coli TOP10(Invitrogen,美國加利福尼亞州卡爾斯巴德)用于質(zhì)粒擴增,并在含有100微克/毫升氨芐西林的Luria-Bertani(LB)培養(yǎng)基(5克/升酵母提取物、10克/升色氨酸和10克/升NaCl)中于37℃下培養(yǎng)。
構(gòu)建能夠從木糖生產(chǎn)3-羥基丙酸的S. cerevisiae菌株
為了開發(fā)能夠從木糖生產(chǎn)3-HP的酵母菌株,將NADPH依賴的β-丙氨酸途徑(包含TcPAND、BcBAPAT和EcydfG,Borodina等人,2015年)引入到能夠高效代謝木糖的工程改造S. cerevisiae YE9菌株(Jeong等人,2020年)中。所得菌株被命名為H1。H1菌株在72小時內(nèi)從木糖中產(chǎn)生了1.1克/升的3-HP(圖1B和C),證明了β-丙氨酸途徑的有效性。
結(jié)論
本研究通過優(yōu)化多種代謝途徑(包括β-丙氨酸途徑、線粒體天冬氨酸生成及相關氨基酸代謝),開發(fā)出一種能夠高效從木糖生產(chǎn)3-HP的酵母菌株。在恒定速率分批培養(yǎng)條件下,該菌株產(chǎn)生了32.9克/升的3-HP,表明3-HP可以從脫乙;拇舐樯镔|(zhì)等可再生原料中有效生產(chǎn)。因此,這項研究有助于推動可持續(xù)發(fā)展的進程。
作者貢獻聲明
鄭德燁:撰寫 – 審稿與編輯、初稿撰寫、數(shù)據(jù)可視化、項目管理、方法學設計、實驗設計、數(shù)據(jù)分析、概念構(gòu)建。徐璐萍:初稿撰寫、方法學設計、數(shù)據(jù)管理。趙繼凱:審稿與編輯、資源協(xié)調(diào)、項目管理、資金籌集。吳恩鐘:審稿與編輯、初稿撰寫、結(jié)果驗證、實驗監(jiān)督、資源協(xié)調(diào)、項目管理、資金籌集。
利益沖突聲明
作者聲明沒有已知的財務利益沖突或個人關系可能影響本文的研究結(jié)果。
致謝
本研究得到了美國農(nóng)業(yè)部國家食品與農(nóng)業(yè)研究所的農(nóng)業(yè)與食品研究計劃(項目編號2024-68016-43831)的支持。本文中的任何觀點、發(fā)現(xiàn)、結(jié)論或建議僅代表作者個人觀點,不應被視為美國農(nóng)業(yè)部或美國政府的官方立場或政策。感謝Yu Han-Hallett在研究中的協(xié)助。
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