《Diagnostic Microbiology and Infectious Disease》:Comparative evaluation of conventional and nanopore approaches in onychomycosis diagnosis
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本研究評估了傳統診斷(KOH顯微鏡和培養)與分子技術(PCR和納米孔測序)在足癬診斷中的效果。結果顯示,納米孔測序能檢測真菌DNA,但需優化以提高臨床實用性。
Janeth Villanueva-Reyes | Andrés Mauricio González-Ríos | Maria del Pilar Crespo-Ortiz | María Inés álvarez-Valle
哥倫比亞卡利市瓦萊大學(Universidad del Valle)健康學院內科,皮膚科部門,4B樓36-00室
摘要
背景
甲真菌病是一種常見的慢性指甲感染,由皮膚真菌、酵母菌和非皮膚真菌霉菌(NDM)引起。確定致病菌對于克服復發感染和改善治療效果至關重要。顯微鏡檢查和培養是診斷的金標準,但需要更敏感的檢測方法來加快診斷速度。本研究旨在評估使用傳統技術和分子技術進行真菌性指甲感染的診斷,并探討納米孔測序在真菌檢測中的潛力。
方法
共收集了104份指甲樣本,包括51名甲真菌病患者和53名指甲健康個體的樣本,這些樣本接受了氫氧化鉀(KOH)顯微鏡檢查、培養、PCR檢測和納米孔測序。敏感性評估基于顯微鏡檢查和培養的結果制定的復合參考標準。
結果
遠端甲下甲真菌病是最常見的臨床表現(43.1%)。感染主要由皮膚真菌引起(60%,21例),其次是酵母菌(22.9%,8例)和非皮膚真菌霉菌(11.4%,4例),另有5.7%(2例)為混合感染。最常見的病原體為
T. rubrum(40%)、
T. mentagrophytes(14.3%)和
C. albicans(14.3%)。90.2%(46/51)的患者通過KOH檢測呈陽性,68.6%(35/51)通過培養檢測呈陽性(58.8%的患者同時通過兩種方法檢測呈陽性),58.8%(30/51)的患者接受了納米孔測序。在培養結果呈陽性的患者中,65.7%(23/35)的樣本檢測到了真菌DNA序列。5名指甲健康個體的樣本中也檢測到了真菌DNA,這些樣本被認為是暫時的微生物群。
結論
皮膚真菌是主要的致病因素,但至少30%的指甲感染是由酵母菌和非皮膚真菌霉菌引起的。傳統診斷方法仍存在挑戰;納米孔測序作為一種補充診斷工具,需要進一步優化以應用于臨床實踐。
章節摘錄
引言
甲真菌病是一種常見的指甲感染,全球患病率為5.5%,具體范圍因人群而異,介于8%到14%之間。該疾病會導致指甲增厚、變色以及指甲從甲床分離(甲剝離)[1]。在皮膚真菌病中,甲真菌病是甲下疾病的常見原因,占全球病例的約40%[2]。歐洲(1%)和美國的患病率較低,而拉丁美洲的研究顯示……
材料與方法
本研究是一項描述性橫斷面研究,研究對象為哥倫比亞卡利市一家三級醫院皮膚科的就診患者。研究已獲得倫理委員會批準(批準編號:032/05/2021和017-021)。2021年9月至2022年3月期間,經過知情同意后招募了104名參與者,采用非概率抽樣方法將其分為兩組:51名確診為甲真菌病的患者和53名指甲健康個體。
研究人群
研究人群的人口統計和臨床特征見表1。共有54名男性和50名女性,中位年齡為43.5歲(年齡范圍26–64歲)。甲真菌病組的男女比例為0.88,受教育程度低于健康對照組(分別為21.6%和98.1%);颊咂骄挲g比健康對照組大2.3倍(63歲 vs 27歲),84.2%(43/51)的患者至少有一種基礎疾病。
討論
近年來,甲真菌病的患病率呈上升趨勢[29]。本研究發現,60歲以上人群中甲真菌病更為普遍(中位年齡63歲),這與先前研究結果一致(20%)。此外,甲真菌病與受教育程度較低有關,這可能與醫療知識普及不足有關。老年人群中合并癥的發病率較高,也可能加劇了這一趨勢。
資助
本研究由瓦萊大學微生物學系真菌學小組資助,并得到了美國國立衛生研究院(NIH)的部分支持(資助項目編號:R01NS110122,用于“美洲新興神經感染研究-NEAS”)。
倫理審批
研究結果已由教學醫院委員會(批準編號:032-05-021)和瓦萊大學倫理委員會(批準編號:017-021)審核批準。
數據可用性聲明
如需了解本研究的數據支持信息,可向通訊作者提出合理請求。
作者貢獻聲明
Janeth Villanueva-Reyes:撰寫、審稿與編輯、方法論設計、數據分析、概念構思。
Andrés Mauricio González-Ríos:軟件開發、方法論設計、數據管理。
Maria del Pilar Crespo-Ortiz:撰寫、審稿與編輯、初稿撰寫、數據可視化、方法論設計、概念構思。
María Inés álvarez-Valle:撰寫、審稿與編輯、初稿撰寫、項目監督、資源協調、方法論設計、概念構思。