環(huán)狀RNA（circRNA）與腫瘤發(fā)生的關(guān)鍵特征相關(guān)。某些circRNA包含環(huán)狀開(kāi)放閱讀框（cORF），并通過(guò)編碼的小肽影響腫瘤發(fā)生。然而，目前的circRNA檢測(cè)方法傾向于使用短讀長(zhǎng)RNA測(cè)序（RNA-seq）來(lái)檢測(cè)circRNA的剪接連接處，而無(wú)法可靠地重建完整的circRNA序列，從而阻礙了cORF的準(zhǔn)確預(yù)測(cè)。為了解決這些問(wèn)題，我們進(jìn)行了長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序，以富集全長(zhǎng)circRNA，這些circRNA可以作為短讀長(zhǎng)比對(duì)的參考。這種方法“拯救”了那些被現(xiàn)有circRNA檢測(cè)工具忽略的circRNA，并使得開(kāi)發(fā)了一個(gè)開(kāi)源的生物信息學(xué)工作流程成為可能，該流程通過(guò)整合短讀長(zhǎng)和長(zhǎng)讀長(zhǎng)RNA-seq來(lái)表征和拯救circRNA：通過(guò)整合測(cè)序表征circRNA（CHRIS）。將該方法應(yīng)用于結(jié)直腸癌細(xì)胞系和患者樣本后，發(fā)現(xiàn)了6,445種非典型的已知circRNA isoform，其中69種在癌癥轉(zhuǎn)移過(guò)程中發(fā)生了變化。在結(jié)直腸癌細(xì)胞系中的驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)確認(rèn)了CHRIS拯救的11種高置信度circRNA的內(nèi)源性表達(dá)。接下來(lái)，利用CHRIS檢測(cè)到的67,326種circRNA和來(lái)自臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析聯(lián)盟的261名結(jié)直腸癌患者的質(zhì)譜數(shù)據(jù)，鑒定了6,848種由circRNA編碼的肽，其中包括994種僅能通過(guò)長(zhǎng)讀長(zhǎng)整合檢測(cè)到的肽以及914種潛在的新抗原。總體而言，這項(xiàng)研究開(kāi)發(fā)了一種方法，可以促進(jìn)circRNA的檢測(cè)，并為未來(lái)的circRNA腫瘤生物學(xué)研究提供有價(jià)值的資源。