肝內(nèi)膽管癌（ICC）是一種源于肝內(nèi)膽管的侵襲性惡性腫瘤，預(yù)后較差。約25%的ICC患者存在異檸檬酸脫氫酶1（Isocitrate Dehydrogenase 1， IDH1）或IDH2的功能獲得性體細(xì)胞突變。突變IDH1（mIDH1）酶能將α-酮戊二酸（α-KG）轉(zhuǎn)化為致癌代謝物D-2-羥基戊二酸（2-HG），后者通過抑制多種依賴α-KG的酶（如TET2 DNA去甲基化酶），導(dǎo)致表觀遺傳失調(diào)、分化受損和免疫逃逸。Ivosidenib是一種口服的小分子mIDH1抑制劑，已被批準(zhǔn)用于治療先前接受過治療的IDH1突變型膽管癌（CCA）。在ClarIDHy III期臨床試驗(yàn)中，Ivosidenib顯著延長了患者的無進(jìn)展生存期（PFS）和總生存期（OS）。然而，所有患者最終都會(huì)出現(xiàn)疾病進(jìn)展，而在CCA中，對Ivosidenib獲得性耐藥的分子基礎(chǔ)仍不清楚。

為了探究獲得性耐藥的機(jī)制，本研究對來自ClarIDHy試驗(yàn)的患者的匹配基線和進(jìn)展后血漿樣本進(jìn)行了分子譜分析。研究聚焦于18名接受Ivosidenib治療超過6個(gè)月并有匹配血漿樣本的患者，對其循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）進(jìn)行了深度測序（NGS）和液滴數(shù)字PCR（ddPCR）分析。此外，還對81名接受Ivosidenib治療的患者的基線ctDNA進(jìn)行了分析，以尋找與臨床獲益相關(guān)的生物標(biāo)志物。

對治療前后ctDNA的NGS分析顯示，在13/18的患者中檢測到了基線時(shí)不存在、而在治療結(jié)束（EOT）時(shí)出現(xiàn)的致病性變異。其中，絲裂原活化蛋白激酶（Mitogen-Activated Protein Kinase， MAPK）信號通路成分的改變最為常見，在6/18的患者中出現(xiàn)。這些改變包括KRAS、NRAS、MAP2K1的激活突變以及腫瘤抑制因子NF1的功能缺失突變。在兩名患者中還檢測到多個(gè)MAPK通路突變。值得注意的是，與其他類型的突變相比，MAPK通路改變顯示出更高的變異等位基因頻率（VAF），表明其可能構(gòu)成了較大的耐藥克隆。

相比之下，獲得性的IDH1二次突變（如IDH1^G131V）和IDH2熱點(diǎn)突變（如IDH2^R172T）僅在1名患者中被發(fā)現(xiàn)，且VAF很低。其他低頻出現(xiàn)的候選耐藥事件包括TP53、PIK3CA、WT1、APC、SMAD4和KMT2C的突變。

為了更精確地追蹤耐藥突變的動(dòng)態(tài)，研究對部分患者進(jìn)行了縱向ddPCR分析。在3名患者中，MAPK通路變異（如NRAS^Q61R、NF1^V2431*、KRAS^G12D）在治療早期無法檢測或豐度極低，但在疾病進(jìn)展前變得顯著可檢測，并且相對于IDH1驅(qū)動(dòng)突變的VAF比值較高（可達(dá)0.74）。這支持了這些MAPK突變是在治療壓力下獲得并擴(kuò)張，從而驅(qū)動(dòng)了耐藥。而在另一名患者中，KRAS^G12C突變在基線ddPCR中即可檢測，表明其為預(yù)先存在而非獲得性突變。

對81名接受Ivosidenib治療的患者的基線ctDNA分析發(fā)現(xiàn)，ARID1A突變與較短的PFS顯著相關(guān)。此外，盡管基線MAPK通路突變與總體PFS無顯著關(guān)聯(lián)，但攜帶此類突變的患者無一在治療1年后仍在繼續(xù)治療，提示其對長期疾病控制有負(fù)面影響趨勢。研究還發(fā)現(xiàn)，基線mIDH1 VAF較低（低于中位數(shù)1.039%）與更長的PFS相關(guān)。更重要的是，在治療期間任何時(shí)間點(diǎn)實(shí)現(xiàn)mIDH1 ctDNA清除（定義為檢測不到mIDH1突變）的患者，其PFS顯著優(yōu)于未清除的患者。mIDH1清除最早可在治療開始后28天出現(xiàn)，且僅見于基線VAF較低的患者。

為了功能驗(yàn)證臨床觀察到的突變，研究在臨床前模型中進(jìn)行測試。在源自IDH1^R132C基因工程小鼠模型（GEMM）的鼠源ICC細(xì)胞系中，引入臨床觀察到的Idh1^G131V/R132C（二次突變）或Idh2^R172T等位基因。結(jié)果顯示，在對照細(xì)胞中，Ivosidenib能將細(xì)胞內(nèi)2-HG降至背景水平，而表達(dá)上述突變等位基因的細(xì)胞，其2-HG水平在Ivosidenib存在下仍維持高位。在免疫健全小鼠皮下移植瘤模型中，Ivosidenib能有效抑制對照腫瘤的生長和增殖（Ki67陽性細(xì)胞減少），但對表達(dá)Idh1^G131V/R132C或Idh2^R172T的腫瘤則無效。這證明IDH1/2二次突變通過持續(xù)產(chǎn)生2-HG來驅(qū)動(dòng)臨床耐藥。

此前研究表明，Ivosidenib的抗腫瘤作用部分依賴于恢復(fù)腫瘤細(xì)胞對T細(xì)胞衍生細(xì)胞因子干擾素γ（IFNγ）的反應(yīng)，這是通過解除2-HG對TET2的抑制、從而允許IFN刺激基因（ISG）表達(dá)來實(shí)現(xiàn)的。已知MAPK信號可通過多種機(jī)制抑制IFN反應(yīng)。

本研究在人類IDH1突變ICC細(xì)胞系SNU1079中，通過誘導(dǎo)表達(dá)KRAS^G12D或利用CRISPR/Cas9敲低NF1來激活MAPK通路。結(jié)果顯示，KRAS^G12D表達(dá)或NF1缺失均顯著減弱了Ivosidenib聯(lián)合IFNγ所誘導(dǎo)的一系列ISG（如IFIT1/2, OAS1/2, CXCL9/10等）的表達(dá)。

相反，在使用內(nèi)源性攜帶KRAS突變（RBE細(xì)胞，KRAS^G12V；4305細(xì)胞，KRAS^G12D）的ICC細(xì)胞系中，用泛RAS抑制劑RMC-7977或KRAS^G12D特異性抑制劑MRTX1133處理，能夠顯著增強(qiáng)Ivosidenib聯(lián)合IFNγ誘導(dǎo)的ISG表達(dá)。這些數(shù)據(jù)表明，MAPK通路的激活會(huì)鈍化由Ivosidenib恢復(fù)的關(guān)鍵IFNγ應(yīng)答，而抑制MAPK信號則可以逆轉(zhuǎn)這種抑制，這為MAPK突變導(dǎo)致耐藥的機(jī)制提供了直接證據(jù)。

本研究通過整合患者ctDNA縱向分析和臨床前功能實(shí)驗(yàn)，系統(tǒng)描繪了IDH1突變型ICC對Ivosidenib的獲得性耐藥圖譜。主要結(jié)論如下：

這些發(fā)現(xiàn)具有重要的轉(zhuǎn)化意義。它們強(qiáng)調(diào)了MAPK通路是克服Ivosidenib耐藥的一個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)，為將來測試Ivosidenib與MAPK通路抑制劑（如KRAS^G12D抑制劑、MEK抑制劑等）的聯(lián)合治療策略提供了強(qiáng)有力的理論依據(jù)。同時(shí)，該研究也凸顯了利用縱向ctDNA分析來研究耐藥演變、識(shí)別預(yù)測性和耐藥生物標(biāo)志物在mIDH1驅(qū)動(dòng)型ICC中的實(shí)用價(jià)值。