目前，人們對下一代β-內酰胺酶抑制劑在對抗碳青霉烯類耐藥Klebsiella pneumoniae（CRKP）方面的依賴性日益增加（1）。杜羅巴坦是一種二氮雜環辛烷類β-內酰胺酶抑制劑，對多種Ambler A、C和D類β-內酰胺酶具有活性，已成為基于碳青霉烯類藥物治療方案中的有效成分（2）。我們報告了一株在杜羅巴坦存在下對美羅培南表現出高MIC的菌株的基因組草圖。

菌株143027于2025年從一名患有尿路感染的成年患者的尿液中分離出來，這是我們醫院常規診療過程的一部分。該菌株被接種到血瓊脂上并在37°C下培養過夜。隨后將其在Luria-Bertani肉湯中培養過夜，并通過基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜法（Bruker Daltonics，德國不來梅）初步鑒定為K. pneumoniae。使用VITEK 2（bioMérieux，法國Marcy-l’étoile）和多粘菌素B（MIC為8 mg/L，根據臨床和實驗室標準研究所[CLSI]的肉湯微量稀釋法）檢測，該菌株對哌拉西林-他唑巴坦、頭孢噻肟、頭孢他啶、頭孢吡肟、阿茲treonam、亞胺培南、美羅培南、厄他培南、多利培南、阿米卡星、環丙沙星、硝呋妥因、復方磺胺甲噁唑和替加環素均具有耐藥性（3）。通過固定濃度為4 mg/L的杜羅巴坦的CLSI肉湯微量稀釋法測定了美羅培南-杜羅巴坦的MIC（3），結果顯示該菌株對美羅培南-杜羅巴坦的MIC高達256/4 μg/mL，表明其具有抗性。

為了進行全基因組測序，我們按照制造商說明使用QIAamp DNA Blood Mini Kit（Qiagen，德國Hilden）在Luria-Bertani肉湯中培養過夜后提取了基因組DNA。使用NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit（New England Biolabs，馬薩諸塞州Ipswich）制備了目標長度為300 bp的測序文庫，并在Illumina NovaSeq 6000平臺（加利福尼亞州圣地亞哥）上進行了測序，測序結果為150 bp的雙端讀長。總共生成了5,876,608對讀長（約1.76 GB的原始數據），相當于298倍的基因組覆蓋度。除非另有說明，所有生物信息學分析均使用默認參數進行。原始讀長使用Trimmomatic v0.39進行質量篩選（4），長度超過50 bp的讀長使用SeqKit v2.8.2隨機 subsampled至150倍的覆蓋度（5）。我們使用SPAdes v4.2.0以“isolate”模式de novo組裝了這些 subsampled 讀長，得到了一個包含174個contig的草圖基因組，總長度為5,917,162 bp，N₅₀為176,099 bp，G+C含量為56.88%。提交后，使用NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline v6.10自動注釋了該基因組（7），鑒定出5,824個蛋白質編碼基因、162個假基因和11個非編碼RNA。通過FastANI v1.34進行平均核苷酸同源性分析（8），確認其屬于K. pneumoniae，與標準菌株ATCC 13883^T（登錄號CP064368）的同源性為98.91%。使用Kleborate v3.2.4進行基因分型，將其歸類為序列類型ST11和莢膜類型KL64。AMRFinderPlus v4.2.5（10）鑒定出多種耐藥基因，包括氨基糖苷類（rmtB1）、碳青霉烯類（bla_KPC-2）、其他β-內酰胺類（bla_CTX-M-65、bla_LAP-2、bla_SHV-11、bla_TEM-1）、氯霉素（catA2）、磷霉素（fosA）、氟喹諾酮類（qnrS1）、磺胺類（sul2）、四環素（tet(A）和復方磺胺甲噁唑（dfrA14）。這些基因與菌株的表型耐藥性一致。

目前尚不清楚導致美羅培南-杜羅巴坦抗性的具體機制。盡管如此，這一基因組仍為比較基因組學研究提供了寶貴的資源，有助于識別潛在的耐藥機制。

本研究得到了中國國家重點研發計劃（項目編號2024YFE0106200）的資助。