生物通報(bào)道：美國(guó)St. Laurent Institute的Philipp Kapranov教授，是基因組學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)領(lǐng)域具有重要國(guó)際影響的專家，長(zhǎng)期從事系統(tǒng)生物學(xué)和基因組功能方面的研究，其發(fā)現(xiàn)人類基因組能夠產(chǎn)生大量的有功能作用的非編碼RNA，在概念層次上重新定義了“基因”，這一發(fā)現(xiàn)被Science選為最近10年內(nèi)的10大發(fā)現(xiàn)之一。近十年在該領(lǐng)域累計(jì)發(fā)表國(guó)際高級(jí)別學(xué)術(shù)期刊論文50多篇，其中Nature、Science、Cell等國(guó)際頂尖期刊論文共計(jì)15篇。2014年4月，Philipp Kapranov作為華僑大學(xué)生物醫(yī)學(xué)學(xué)院特聘教授，成功入選國(guó)家第四批“外專****”。

長(zhǎng)非編碼RNA的研究越來(lái)越火熱，延伸閱讀：一個(gè)lncRNA可能是成功受孕的關(guān)鍵。但你是否注意到，lncRNA的命名和分類依然混亂。四月十日，Philipp Kapranov教授在Cell子刊《Trends in Genetics》發(fā)表題為“The Landscape of long noncoding RNA classification”的綜述，探討了lncRNA分類上的種種問(wèn)題。邁阿密大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Claes Wahlestedt也是本文共同通訊作者。

曾經(jīng)，人們認(rèn)為轉(zhuǎn)錄組主要由mRNA所組成，而高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和ENCODE項(xiàng)目為我們揭開(kāi)了一個(gè)完全不同的世界。非編碼RNA才是真正的主角。除了那些眾所周知的RNA（如tRNA、rRNA），許多不同類型的調(diào)控RNA也進(jìn)入我們的視線。

長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度超過(guò)200 nt的RNA分子，它們不編碼蛋白。lncRNA的表達(dá)受到發(fā)育調(diào)控，是組織和細(xì)胞特異的。相當(dāng)一部分lncRNA只位于細(xì)胞核內(nèi)。它們包含許多類型的轉(zhuǎn)錄本，在結(jié)構(gòu)上類似mRNA，有時(shí)也轉(zhuǎn)錄成編碼基因的反義轉(zhuǎn)錄本。lncRNA被認(rèn)為執(zhí)行了重要的調(diào)控功能，也與疾病發(fā)展息息相關(guān)。

隨著轉(zhuǎn)錄組測(cè)序深度和質(zhì)量的最新發(fā)展，研究人員已經(jīng)揭露出許多新類型的長(zhǎng)非編碼RNA（lncRNA）。隨著這些新的發(fā)現(xiàn)，lncRNA分類已如雨后春筍般出現(xiàn)，然而非編碼轉(zhuǎn)錄組的實(shí)際大小和復(fù)雜性，仍然是未知的。

雖然特定lncRNAs功能性的證據(jù)繼續(xù)積累，但是不一致、混亂不清和重疊的術(shù)語(yǔ)帶來(lái)了歧義，并使這個(gè)領(lǐng)域通常不夠明晰。缺乏基本的概念明確的分類框架，致使非編碼轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的注釋和解釋都受到了諸多挑戰(zhàn)。它也可能會(huì)破壞為闡明lncRNA功能的新基因組方法和數(shù)據(jù)庫(kù)的整合。

在這項(xiàng)研究中，研究人員回顧了現(xiàn)有的lncRNA分類、命名和術(shù)語(yǔ)。然后，研究人員描述了已經(jīng)出現(xiàn)的概念性指南，可根據(jù)系統(tǒng)生物學(xué)大數(shù)據(jù)集的不斷擴(kuò)大和更綜合運(yùn)用，進(jìn)行l(wèi)ncRNA的分類和功能注釋。

（生物通：王英）

生物通推薦原文摘要：
The Landscape of long noncoding RNA classification
Summary: Advances in the depth and quality of transcriptome sequencing have revealed many new classes of long noncoding RNAs (lncRNAs). lncRNA classification has mushroomed to accommodate these new findings, even though the real dimensions and complexity of the noncoding transcriptome remain unknown. Although evidence of functionality of specific lncRNAs continues to accumulate, conflicting, confusing, and overlapping terminology has fostered ambiguity and lack of clarity in the field in general. The lack of fundamental conceptual unambiguous classification framework results in a number of challenges in the annotation and interpretation of noncoding transcriptome data. It also might undermine integration of the new genomic methods and datasets in an effort to unravel the function of lncRNA. Here, we review existing lncRNA classifications, nomenclature, and terminology. Then, we describe the conceptual guidelines that have emerged for their classification and functional annotation based on expanding and more comprehensive use of large systems biology-based datasets.