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LncRNA：從“轉(zhuǎn)錄噪聲”到科研高地的逆襲

LncRNA：從“轉(zhuǎn)錄噪聲”到科研高地的逆襲
2002年日本學(xué)者Okazaki在對(duì)小鼠cDNA文庫進(jìn)行測(cè)序時(shí)...

復(fù)旦大學(xué)多產(chǎn)學(xué)者最新Neuron文章：首次揭示lncRNA與少突膠質(zhì)細(xì)胞的關(guān)聯(lián)
復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院及辛辛那提大學(xué)的魯青...

詹啟敏院士國際權(quán)威期刊解析肝癌形成相關(guān)LncRNA
12月27日在國際肝臟病學(xué)權(quán)威期刊《Hepatology》上發(fā)表...

詹啟敏院士國際權(quán)威期刊解析肝癌形成相關(guān)LncRNA
12月27日在國際肝臟病學(xué)權(quán)威期刊《Hepatology》上...

2016年

調(diào)控免疫的lncRNA

Science采用改進(jìn)CRISPR技術(shù) 發(fā)現(xiàn)近500個(gè)新的lncRNAs

2015年

Katsarou等人報(bào)道lncRNA也參與持續(xù)性感染過程

首張人類癌癥非編碼RNA綜合圖譜

lncRNA治療在乳腺癌中扭轉(zhuǎn)乾坤

2014年

科學(xué)家指出lncRNA可以編碼蛋白挑戰(zhàn)傳統(tǒng)認(rèn)知，發(fā)現(xiàn)編碼lncRNA

2013年

Zhu等人發(fā)現(xiàn)lncRNA 在表達(dá)方式上具有極強(qiáng)的時(shí)空特異性

lncRNAs開辟增強(qiáng)子生物學(xué)新時(shí)代

2012年

Novikova等人報(bào)道了人類SRA LncRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)

首個(gè)大型人類癌癥非編碼RNA表達(dá)譜分析

2011年

Haine等人報(bào)道lncRNA參與細(xì)胞周期調(diào)控

2006年

Feng等人發(fā)現(xiàn)lncRNA廣泛參與個(gè)體神經(jīng)發(fā)育

2002年

日本學(xué)者Okazaki等人在對(duì)小鼠cDNA文庫進(jìn)行測(cè)序時(shí)，第一次發(fā)現(xiàn)并鑒定了一類較長的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，并將其命名為長鏈非編碼RNA。

研究工具和方法探秘：探索長鏈非編碼RNA的世界，各路工具來幫忙

工欲善其事，必先利其器。要探索未知的lncRNA世界，您需要了解最新的研究進(jìn)展，也同樣需要了解適合您的研究工具（以及服務(wù)商），才能搶先占領(lǐng)制高點(diǎn)，發(fā)表漂亮的文章。生物通lncRNA直通車薈萃lncRNA研究的前沿進(jìn)展和各路技術(shù)、服務(wù)信息，方便您選擇。一般的lncRNA研究策略可參照如下。
Step1： lncRNA表達(dá)譜分析：用芯片或者RNA-seq分析不同生理狀態(tài)下（例如正常/異常，藥前/藥后等等）差異表達(dá)的lncRNA;
Step2： 定量/表達(dá)定位：對(duì)選中的顯著差異表達(dá)的lncRNA，可用qRT-PCR可驗(yàn)證其存在并定量，而用lncRNA FISH可在亞細(xì)胞水平上檢測(cè)其表達(dá)定位（核質(zhì)定位分析，有助于揭示其潛在作用機(jī)制，可定量）
Step3： lncRNA的功能分析與驗(yàn)證：包括互作分析——從與之相互作用的分子入手，用RIP、ChIRP、CHART等方法俘獲并探究lncRNA的相互作用蛋白和核酸分子、研究三者之間的關(guān)系并揭示其功能；用Knowdown或者CRISPR技術(shù)驗(yàn)證lncRNA功能，如果成功甚至可以進(jìn)行其后的動(dòng)物實(shí)驗(yàn)/臨床等等。

Step1 之芯片技術(shù)

芯片技術(shù)是對(duì)已知目標(biāo)進(jìn)行表達(dá)譜分析的強(qiáng)大工具，只要目標(biāo)明確，芯片分析結(jié)果容易解讀，比對(duì)方便，提供的數(shù)據(jù)高度一致，軟件成熟，如果快速大量篩查更具優(yōu)勢(shì)。以lncRNA為研究重點(diǎn)的lncRNA芯片，在臨床醫(yī)學(xué)研究中已涌現(xiàn)不少引人注目的成果。而內(nèi)容更全面廣泛的全轉(zhuǎn)錄組芯片/表達(dá)譜芯片也包含了非編碼轉(zhuǎn)錄本內(nèi)容，可在研究編碼區(qū)的同時(shí)進(jìn)行l(wèi)ncRNA分析，您可根據(jù)研究范圍來選擇。

一. Arraystar 公司LncRNA芯片：

Arraystar LncRNA芯片
最新版本的人類V4.0 LncRNA芯片和小鼠V3.0 LncRNA芯片。收錄金標(biāo)準(zhǔn)LncRNAs，可靠的LncRNAs以及編碼蛋白的mRNAs，更新、更全面。系統(tǒng)而實(shí)用的LncRNA注釋：注釋LncRNA基因組信息、分類及潛在的調(diào)控機(jī)制，為深入研究lncRNA復(fù)雜生物學(xué)功能提供參考。轉(zhuǎn)錄本特異性的探針設(shè)計(jì)：芯片探針可以準(zhǔn)確地檢測(cè)同一基因的不同轉(zhuǎn)錄本。

nrStar™ Functional LncRNA PCR Array
對(duì)功能明確、有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證和文獻(xiàn)支持的金標(biāo)準(zhǔn)lncRNA進(jìn)行了交叉對(duì)照和信息整合。從權(quán)威數(shù)據(jù)庫和專業(yè)期刊綜述中收集了372個(gè)與生物學(xué)過程和疾病明確相關(guān)的LncRNA轉(zhuǎn)錄本。芯片中的每個(gè)LncRNA轉(zhuǎn)錄本都能被準(zhǔn)確和可靠的定量檢測(cè)。使用生物信息學(xué)方法從多個(gè)候選內(nèi)參基因中挑選出最優(yōu)的內(nèi)參基因進(jìn)行數(shù)據(jù)均一化。通過靶向特異性的外顯子或可變剪接點(diǎn)，芯片中的PCR引物準(zhǔn)確有效的檢測(cè)每個(gè)LncRNA轉(zhuǎn)錄本。

LncPath™ 疾病/信號(hào)通路特異性LncRNA芯片
可同時(shí)檢測(cè)與特定疾病或信號(hào)通路相關(guān)的lncRNA以及相應(yīng)的靶基因，幫助客戶快速的將lncRNA的調(diào)控機(jī)制與其在特定的信號(hào)通路或疾病中的生物學(xué)功能聯(lián)系起來。

Arraystar ncRNA Promoter Microarray
Arraystar 啟動(dòng)子芯片是專門為研究啟動(dòng)子區(qū)域的甲基化，羥甲基化，組蛋白修飾以及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合而設(shè)計(jì)的產(chǎn)品，覆蓋所有RefSeq數(shù)據(jù)庫基因的啟動(dòng)子區(qū)（Arraystar RefSeq Promoter Array）或是所有非編碼RNA的啟動(dòng)子區(qū)（Arraystar ncRNA Promoter Array），能夠滿足不同客戶的需求。180 K的芯片，啟動(dòng)子的覆蓋范圍近2kb，并覆蓋了幾乎所有啟動(dòng)子區(qū)附近的CpG島，是一款高品質(zhì)高性價(jià)比的甲基化芯片產(chǎn)品。

觀點(diǎn)碰撞：

為什么選用LncRNA芯片比RNA-seq更合適

■ LncRNAs比蛋白編碼RNAs表達(dá)水平低
■ RNA-seq對(duì)于低豐度轉(zhuǎn)錄本的定量不準(zhǔn)確
■ 增加測(cè)序深度不能提高低豐度轉(zhuǎn)錄本的檢測(cè)準(zhǔn)確度
■ RNA-Seq不能精確定量lncRNA與RNA-Seq數(shù)據(jù)分析不成熟密切相關(guān)
■ 芯片比RNA-Seq更適合低豐度lncRNAs 表達(dá)譜的檢測(cè)

• Arraystar LncRNA芯片：比RNA-seq更適合于LncRNAs表達(dá)譜檢測(cè)

LncRNA芯片在臨床醫(yī)學(xué)研究中的成果例舉：

（3）LncRNA與其他疾病：
• Cell子刊最新發(fā)表應(yīng)用Arraystar LncRNA芯片研究宿主抗病毒反應(yīng)的文章
• Arthritis & Rheumatism發(fā)表應(yīng)用Arraystar LncRNA芯片研究骨關(guān)節(jié)炎的文章
• Int J Biochem & Cell Biol發(fā)表應(yīng)用Arraystar LncRNA芯片研究囊性纖維化的文章
（4）LncRNA與生殖、發(fā)育、再生：
LncRNA還廣泛參與生物體的生長發(fā)育、生殖健康、組織再生等基本生物學(xué)過程。研究者可以深入探討生物生長發(fā)育等過程中的lncRNA表達(dá)譜變化，并進(jìn)一步揭示lncRNA的重要功能。
• BIOLOGY OF REPRODUCTION發(fā)表應(yīng)用Arraystar LncRNA芯片研究雄性生殖文章
• Plos One發(fā)表應(yīng)用Arraystar LncRNA芯片研究先兆子癇的文章
• Hepatology最新發(fā)表應(yīng)用Arraystar LncRNA芯片研究肝再生的文章
（5）LncRNA與藥物：
• 川大生物治療國家實(shí)驗(yàn)室應(yīng)用LncRNA芯片解析可卡因成癮機(jī)制
• Biochemical Pharmacology發(fā)表應(yīng)用Arraystar LncRNA芯片揭示TSA抗癌機(jī)制

二. 全轉(zhuǎn)錄組芯片/表達(dá)譜芯片：

賽默飛旗下Affymetrix GeneChip^® Human Transcriptome Array 2.0，俗稱HTA 2.0的芯片在超過24萬條編碼轉(zhuǎn)錄本之外還有超過4萬條非編碼轉(zhuǎn)錄本，也可用于lncRNA分析。HTA 2.0同時(shí)還在可變剪切位點(diǎn)設(shè)計(jì)探針，可提供lncRNA cis調(diào)控分析（Mbps范圍）。2014年，我國著名的免疫學(xué)家曹雪濤院士在Science雜志上發(fā)表文章，探究了lncRNA在樹突狀細(xì)胞分化及功能中的作用，就是首先利用HTA 2.0芯片來檢測(cè)單核細(xì)胞分化至樹突狀細(xì)胞的過程中l(wèi)ncRNA的表達(dá)變化。之后通過層層分析，他們鑒定出一個(gè)關(guān)鍵的lncRNA（lnc-DC），并驗(yàn)證了其功能和作用機(jī)制。另外同年Nature Communications上還有文章通過lncRNA cis調(diào)控分析發(fā)現(xiàn)單核細(xì)胞系受細(xì)菌脂多糖應(yīng)激后一個(gè)與炎癥反應(yīng)相關(guān)基因相鄰的兩條lncRNA，其中一條還是eRNA，最后通過QPCR，Chip-seq，亞細(xì)胞定位分析，Knowdown等實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證其功能。
lncRNA功能探究的新神器
轉(zhuǎn)錄組研究新時(shí)尚：ceRNA 一種全新的基因表達(dá)調(diào)控模式
全轉(zhuǎn)錄組芯片在疾病lncRNA表達(dá)譜分析中的應(yīng)用案例

安捷倫的SurePrint G3基因表達(dá)譜芯片：將編碼和非編碼RNA整合在單張芯片上，實(shí)現(xiàn)lncRNA和蛋白編碼基因的同步檢測(cè)，并在麻省理工學(xué)院-哈佛大學(xué)Broad研究所John Rinn實(shí)驗(yàn)室協(xié)助下，添加了從來自24個(gè)人類組織和細(xì)胞系的RNA-seq數(shù)據(jù)集中鑒定出的近8,200個(gè)假定lncRNA，其中包括4,662個(gè)嚴(yán)格的lncRNA。

三.ceRNA芯片：一款全面覆蓋mRNA ,兩年cRNA和circRNA的芯片，可同時(shí)獲得這三個(gè)層面的表達(dá)數(shù)據(jù)，同時(shí)作為lncRNA he circRNA調(diào)控功能研究的工具
上海伯豪ceRNA芯片滿足你對(duì)RNA研究的所有想法

Step1 之RNA-seq

RNA-seq獨(dú)有的優(yōu)勢(shì)在于不依賴已知的信息，可無偏倚地發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄信息，比如新的lncRNA，剪接點(diǎn)，轉(zhuǎn)錄本多態(tài)性，而不需要預(yù)先知道序列信息。對(duì)于發(fā)現(xiàn)型應(yīng)用，RNA-seq可能是更有利的選擇。有條件的話，RNA-seq技術(shù)和芯片技術(shù)更可以相互補(bǔ)充和參考。比如前面提到的曹雪濤院士的文章中，也使用了Illuminar HiSeq2000來檢測(cè)樹突狀細(xì)胞分化第0天和第7天的lncRNA表達(dá)情況，發(fā)現(xiàn)99個(gè)lncRNA差異顯著，然后再結(jié)合芯片的分析結(jié)果，挑出表達(dá)倍數(shù)高的lnc-DC作為下一步研究目標(biāo)，最后驗(yàn)證了其功能。

• FASEB:調(diào)控胰島素敏感性的長鏈非編碼RNA
• 清華大學(xué)等機(jī)構(gòu)Nature子刊解析與癌癥相關(guān)的lncRNA
• 清華大學(xué)/東方肝膽醫(yī)院Nature Comm發(fā)文解析與肝癌有關(guān)的lncRNA
• 外周血循環(huán)exosome lncRNA測(cè)序
• Nature子刊：新發(fā)現(xiàn)3000多個(gè)lncRNA
• 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究怎么做？
• 解讀單細(xì)胞RNA-seq技術(shù)
• 轉(zhuǎn)錄組分析揭示重編程過程中l(wèi)ncRNA表達(dá)的改變

觀點(diǎn)碰撞：

RNA-seq相對(duì)基因表達(dá)芯片有哪些優(yōu)勢(shì)？
RNA-seq vs. 芯片，你該如何選擇？

主要優(yōu)勢(shì)：
1.無需預(yù)先設(shè)計(jì)探針，可實(shí)現(xiàn)無偏倚、無假設(shè)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，更適合轉(zhuǎn)錄本和變異的發(fā)現(xiàn)研究
2.能同時(shí)鑒定選擇性剪接異構(gòu)體、剪接位點(diǎn)和揭示未知的轉(zhuǎn)錄本
3.能測(cè)序極短的片段，多種形式的小RNA及非編碼RNA，在降解RNA上表現(xiàn)出色，如FFPE組織樣品
4.靈敏而準(zhǔn)確，定性和定量，覆蓋非常寬的動(dòng)態(tài)范圍
5.在數(shù)據(jù)中維持和追蹤鏈特異的信息
6.在大型研究和大量樣品時(shí)可擴(kuò)展

Step2 lncRNA定量/表達(dá)定位

在找到不同狀態(tài)下差異表達(dá)的lncRNA后，就需要對(duì)其進(jìn)行驗(yàn)證，定量，定位，開展后繼的功能分析。qPCR定量就不必多說了，值得一提的是lncRNA FISH。這種將lncRNA可視化的方法不單能夠驗(yàn)證lncRNA的存在，核質(zhì)定位有助于揭示其功能，也可以（半）定量。雖然lncRNA表達(dá)量非常低，幸好夠長（不然怎么叫長片段），所以biosearch靈敏度高達(dá)單細(xì)胞單拷貝的lncRNA探針設(shè)計(jì)是沿著lncRNA的一組探針，與同一靶標(biāo)整體結(jié)合產(chǎn)生熒光信號(hào)，其顯示RNA分子的簇為點(diǎn)狀信號(hào)，能將單個(gè)轉(zhuǎn)錄物的技術(shù)靈敏度精確至每個(gè)細(xì)胞1個(gè)拷貝！由于單個(gè)探針脫靶產(chǎn)生信號(hào)太低而可以忽略，集體脫靶可能性很小，這種直接檢測(cè)方法的固有冗余度能保證假陰性和假陽性可能性最小化，也適合FFEP等部分降解樣品的檢測(cè)。

• lncRNA FISH原理、方法與實(shí)例：Stellaris RNA FISH
• 在亞細(xì)胞水平檢測(cè)/定位/定量RNA：Stellaris RNA FISH試劑是lncRNA和mRNA研究利器
• Nature子刊：利用單分子熒光原位雜交揭示LncRNA調(diào)控植物春化作用機(jī)制
• 研究范例：lncRNA ANRIL調(diào)節(jié)VEGF表達(dá) 糖尿病視網(wǎng)膜病變治療新思路
• lncRNA FISH檢測(cè)試劑盒：lncRNA細(xì)胞內(nèi)分布檢測(cè)，表達(dá)定位，與蛋白共定位
• lncRNA 實(shí)時(shí)定量分析服務(wù)
• Nature Biotechnology：研究lncRNA的新方法dChIRP

Step3 lncRNA功能分析與驗(yàn)證

相互作用分析，是不是有點(diǎn)“從交往的朋友來看一個(gè)人”的意思——從與lncRNA相互作用的分子入手，用RIP、ChIRP、CHART等方法俘獲并探究lncRNA的相互作用蛋白和核酸分子、研究三者之間的關(guān)系，是揭示lncRNA功能的重要方法，還有用生物信息學(xué)方法和RNA結(jié)構(gòu)來“預(yù)測(cè)”其互作蛋白物理結(jié)合位點(diǎn)的，腦洞夠大的吧。Know down和CRISPR技術(shù)都可用于缺失或者關(guān)閉lncRNA表達(dá)，以分析驗(yàn)證lndRNA的功能。甚至有了新的CRISPRi技術(shù)（多了個(gè)i，別看錯(cuò)了！）更多的新技術(shù)將繼續(xù)更新！

• 科學(xué)家通過多種方法探究長鏈非編碼RNA
• 從互作揭開lncRNA的秘密
• 從互作揭開lncRNA的秘密（下）
• lncRNA ChIRP Probe：同時(shí)分析lncRNA、蛋白及DNA三者互作關(guān)系
• 非編碼RNA研究不可錯(cuò)過的新工具
• Science：采用改進(jìn)的CRISPR技術(shù)(CRISPRi) 發(fā)現(xiàn)近500個(gè)新的lncRNA
• CRISPR功能研究入門指南——非編碼RNA 篇
• CRISPR新技術(shù)探索非編碼區(qū)域

參考工具箱

LncATLAS - 用于lncRNA的亞細(xì)胞定位的數(shù)據(jù)庫
長非編碼RNA（lncRNA）的亞細(xì)胞定位為其分子功能提供了有價(jià)值的線索。然而，lncRNA的定位涉及費(fèi)時(shí)費(fèi)力的實(shí)驗(yàn)方法。基因組調(diào)控中心和伯爾尼大學(xué)的研究人員創(chuàng)建了“LncATLAS”，它是基于RNA測(cè)序數(shù)據(jù)集的人類細(xì)胞中l(wèi)ncRNA定位的綜合資源。總共有6768個(gè)GENCODE注釋的lncRNA分布在15個(gè)細(xì)胞系的各個(gè)區(qū)間中。研究人員引入“相對(duì)濃度指數(shù)”（RCI）作為對(duì)來自RNAseq總體數(shù)據(jù)的定位的一種衡量。 LncATLAS可通過直觀和信息豐富的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器訪問，使用標(biāo)識(shí)符或名稱訪問感興趣的lncRNA。定位信息的提交覆蓋各細(xì)胞類型和細(xì)胞器，可以與所有其他基因的分布進(jìn)行比較。每個(gè)查詢自動(dòng)生成可發(fā)表質(zhì)量的數(shù)據(jù)和原始數(shù)據(jù)表，并且整個(gè)數(shù)據(jù)集也可以下載。

NPInter v3.0- 非編碼RNA相關(guān)的相互作用數(shù)據(jù)庫-已升級(jí)
中國科學(xué)院研究人員將NPInter數(shù)據(jù)庫更新為3.0版，其中包含ncRNA（不包括tRNA和rRNA），特別是長非編碼RNA（lncRNA）和其他生物分子（蛋白質(zhì)，mRNAs，miRNAs和基因組DNA）。在NPInter v3.0中，與ncRNAs相關(guān)的相互作用不僅可以從科學(xué)文獻(xiàn)手工導(dǎo)入，而且還可以從高通量技術(shù)來處理。與NPInter v2.0相比具有更多的相互作用的信息（有關(guān)組織或細(xì)胞系的附加信息，結(jié)合位點(diǎn)，保守性，共表達(dá)值和其他特征）且更有組織（通過數(shù)據(jù)源，組織的數(shù)據(jù)集劃分或細(xì)胞系，實(shí)驗(yàn)和其他標(biāo)準(zhǔn)）。 NPInter v3.0將數(shù)據(jù)集擴(kuò)展到來自68種實(shí)驗(yàn)技術(shù)、188個(gè)組織（或細(xì)胞系）中的491,416個(gè)相互作用。 NPInter v3.0還改進(jìn)了用戶界面，并增加了新的Web服務(wù)，包括本地UCSC基因組瀏覽器將結(jié)合位點(diǎn)可視化。另外，NPInter v3.0基于數(shù)據(jù)庫中的相互作用信息，定義了一組高置信度的相互作用，并可預(yù)測(cè)人和小鼠中l(wèi)ncRNAs的功能。

LincSNP 2.0 - 用疾病相關(guān)SNP與人類長非編碼RNA關(guān)聯(lián)的更新數(shù)據(jù)庫
哈爾濱醫(yī)科大學(xué)的研究人員開發(fā)的LincSNP 2.0，專門用于存儲(chǔ)和注釋人類長片段非編碼RNA（lncRNA）及其轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS）中的與疾病相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性（SNP）。在LincSNP 2.0中，更新的數(shù)據(jù)庫提供了更多的數(shù)據(jù)和幾個(gè)新功能，其中包括：擴(kuò)大人類lncRNA中的疾病相關(guān)SNP;鑒定lncRNA TFBS中與疾病相關(guān)的SNP;更新1000基因組計(jì)劃的LD-SNPs;和收集更多實(shí)驗(yàn)支持的SNP-lncRNA疾病關(guān)聯(lián)。此外，研究人員開發(fā)了三種靈活的在線工具來檢索和分析數(shù)據(jù)。 Linc-Mart是用戶自定義數(shù)據(jù)的便捷方式。 Linc-Browse是用于所有數(shù)據(jù)可視化的工具。 Linc-Score預(yù)測(cè)lncRNA與疾病之間的聯(lián)系。他們?yōu)橛脩籼峁┝艘粋€(gè)新設(shè)計(jì)的，用戶友好的界面，用于搜索和下載LincSNP 2.0中的所有數(shù)據(jù)，并提供了一個(gè)將數(shù)據(jù)提交到數(shù)據(jù)庫中的界面。 LincSNP 2.0是一個(gè)不斷更新的數(shù)據(jù)庫，將作為調(diào)查人類疾病中l(wèi)ncRNAs的功能和機(jī)制的重要資源。

RenalDB
鑒于許多l(xiāng)ncRNA是以某些細(xì)胞類型和/或時(shí)間依賴性方式特異性表達(dá)，大多數(shù)lncRNA數(shù)據(jù)庫缺乏提供這樣的特征。路易斯維爾大學(xué)的研究人員開發(fā)了數(shù)據(jù)庫“RenalDB”，提供了重點(diǎn)在腎臟組織和細(xì)胞上的主要器官中RNA的表達(dá)譜。 RenalDB使用邏輯編程來描述定義表達(dá)，豐富或特異性的復(fù)雜解剖，樣本元數(shù)據(jù)和邏輯關(guān)系。

LncVar - 與長非編碼基因相關(guān)的遺傳變異數(shù)據(jù)庫
LncVar，一個(gè)與6個(gè)物種的長非編碼基因相關(guān)的遺傳變異數(shù)據(jù)庫，從NONCODE數(shù)據(jù)庫收集、評(píng)估、保存lncRNA信息，系統(tǒng)地整合了lncRNA的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)和m6A修飾位點(diǎn)，并提供了SNP對(duì)lncRNA轉(zhuǎn)錄和修飾的綜合作用。他們收集了lncRNA中推定的開放閱讀框架，并在ORF中確定了同義和非同義SNP。研究人員還從文獻(xiàn)中收集了lncRNA的表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)。此外，他們將CNV區(qū)域中的lncRNA作為癌癥的預(yù)后生物標(biāo)志物候選物，并從來自細(xì)胞系的RNA-seq數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)的lncRNA基因融合事件。 LncVar數(shù)據(jù)庫可用作評(píng)估變異對(duì)lncRNA生物學(xué)功能的影響的資源。

NCRO ontology（免費(fèi)）一種用于統(tǒng)一非編碼RNA生物學(xué)的綜合資源
測(cè)序技術(shù)已經(jīng)能夠識(shí)別出廣泛的非編碼RNA（ncRNA）。但ncRNA數(shù)據(jù)的注釋和整合落后于其識(shí)別。正在開發(fā)的Non-Coding RNA Ontology (NCRO)，提供對(duì)ncRNA域的系統(tǒng)結(jié)構(gòu)化和精確定義，從而有助于發(fā)現(xiàn)，分析，交換和推理關(guān)于ncRNAs結(jié)構(gòu)、它們的分子和細(xì)胞功能及其對(duì)表型的影響的數(shù)據(jù)。 NCRO的目標(biāo)是作為多種研究注釋的公用資源，以增強(qiáng)目前在不同來源中存在的無數(shù)資源的綜合和比較分析。開發(fā)人員認(rèn)為，NCRO可以在ncRNA生物學(xué)資源的綜合統(tǒng)一中發(fā)揮重要作用。這是為所有形式的ncRNAs的數(shù)據(jù)注釋提供資源的第一步。

DES-ncRNA - 一個(gè)基于文獻(xiàn)挖掘、用于探索人類miRNA和lncRNA信息的信息庫
阿卜杜拉國王科技大學(xué)（ King Abdullah University of Science and Technology ）的研究人員開發(fā)了DES-ncRNA，以支持從大量已出版的ncRNA相關(guān)研究中檢索關(guān)于miRNA和lncRNA的相關(guān)信息。 DES-ncRNA是一個(gè)知識(shí)庫，包含公共科學(xué)文獻(xiàn)和其他公共資源的文本和數(shù)據(jù)挖掘信息。DES-ncRNA包含大約878,000個(gè)專業(yè)術(shù)語關(guān)聯(lián)，其中36,222與miRNA相關(guān)，5,373與lncRNA有關(guān)。研究人員提供了幾種方法來探索有關(guān)ncRNAs的信息，包括控制生成關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)以及假設(shè)生成。示例展示了DES-ncRNA如何幫助阿爾茨海默病的研究，并提示法舒地爾Fasudil的潛在治療作用。 DES-ncRNA是一個(gè)強(qiáng)大的工具，可以自己使用或作為現(xiàn)有資源的補(bǔ)充，以支持人類ncRNA的研究。

KTCNlncDB - 調(diào)查人類圓錐角膜和非圓錐的角膜中表達(dá)的lncRNA的第一個(gè)平臺(tái)
華沙醫(yī)科大學(xué)（ Medical University of Warsaw ）的研究人員進(jìn)行RNA-Seq實(shí)驗(yàn)，旨在更好地表征KTCN轉(zhuǎn)錄組和鑒定可能參與KTCN的長非編碼RNA（lncRNA）病因。這是第一個(gè)專用于KTCN轉(zhuǎn)錄組的在線平臺(tái)。